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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rqd | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site deacylated tRNA analog CACCA, P-site MTI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-ITM, and chloramphenicol at 2.50A resolution | ||||||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Chloramphenicol / linezolid / antibiotic / peptidyl-tRNA / 70S ribosome / X-ray structure / inhibition of translation / uncompetitive inhibition / peptidyl transferase center / context-specificity of drug action | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() dormancy process / negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / response to cold / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...dormancy process / negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / response to cold / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Syroegin, E.A. / Flemmich, L. / Klepacki, D. / Vazquez-Laslop, N. / Micura, R. / Polikanov, Y.S. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the context-specific action of the classic peptidyl transferase inhibitor chloramphenicol. 著者: Syroegin, E.A. / Flemmich, L. / Klepacki, D. / Vazquez-Laslop, N. / Micura, R. / Polikanov, Y.S. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 8分子 1A2A1B2B1a2a1w2w
#1: RNA鎖 | 分子量: 948021.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 39188.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #32: RNA鎖 | 分子量: 493863.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #54: RNA鎖 | 分子量: 1529.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic deacyl-tRNA-mimic CACCA / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...
#33: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #34: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #35: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #36: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #37: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #38: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #39: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #40: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #41: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #42: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #43: タンパク質 | 分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #44: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #45: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #46: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #47: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #48: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #49: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #50: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #51: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 1y2y
#53: タンパク質 | 分子量: 12803.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-P-site Peptidyl-tRNA Analog ... , 2種, 4分子 1x2x1v2v
#55: RNA鎖 | 分子量: 1222.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA part of the synthetic peptidyl-tRNA-mimic ACCA-ITM 由来: (合成) ![]() ![]() #56: タンパク質・ペプチド | 分子量: 363.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Peptide part of the synthetic peptidyl-tRNA-mimic ACCA-ITM 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 10771分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CLM.gif)
![](data/chem/img/ARG.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CLM.gif)
![](data/chem/img/ARG.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | #59: 化合物 | #60: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #61: 化合物 | ChemComp-ZN / #62: 化合物 | #63: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 % / 解説: Long needles |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日 / 詳細: S/N E-32-0124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97895 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→224.98 Å / Num. obs: 1966210 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.62 % / Biso Wilson estimate: 49.27 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 8.41 / Num. measured all: 9083103 / Scaling rejects: 5970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4Y4O 解像度: 2.5→224.98 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.35 Å2 / Biso mean: 50.7326 Å2 / Biso min: 8.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→224.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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