[日本語] English
- PDB-7rpy: X25-2 domain of Sca5 from Ruminococcus bromii -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rpy
タイトルX25-2 domain of Sca5 from Ruminococcus bromii
要素Cohesin-containing protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Starch-binding protein domain in the Ruminococcus bromii amylosome protein Sca5
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / alpha-maltotriose / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Cerqueira, F. / Koropatkin, N.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2022
タイトル: Sas20 is a highly flexible starch-binding protein in the Ruminococcus bromii cell-surface amylosome.
著者: Cerqueira, F.M. / Photenhauer, A.L. / Doden, H.L. / Brown, A.N. / Abdel-Hamid, A.M. / Morais, S. / Bayer, E.A. / Wawrzak, Z. / Cann, I. / Ridlon, J.M. / Hopkins, J.B. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cohesin-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,09811
ポリマ-27,9961
非ポリマー1,10210
5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.820, 100.820, 87.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Cohesin-containing protein


分子量: 27995.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M NaAcetate pH=4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50.46 Å / Num. obs: 60154 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / 冗長度: 9 % / Num. unique obs: 5957 / CC1/2: 0.48 / CC star: 0.805 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.67→50.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.234 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1963 3049 5.1 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1823 57107 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.06 Å2 / Biso mean: 22.311 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→50.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1827 0 74 304 2205
Biso mean--34.59 36.9 -
残基数----241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.6742739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3071.6044081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.025262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42327.05395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.65815278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.682151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02415
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.714 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 248 -
Rwork0.302 4157 -
all-4405 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.5966 Å / Origin y: 54.7123 Å / Origin z: 33.8725 Å
111213212223313233
T0.0647 Å20.0212 Å20.0032 Å2-0.0138 Å20.0052 Å2--0.0166 Å2
L3.2733 °2-1.8537 °2-0.4607 °2-1.5153 °20.6034 °2--0.8569 °2
S0.087 Å °-0.0122 Å °0.0423 Å °-0.1157 Å °-0.0189 Å °-0.0938 Å °-0.0021 Å °0.0335 Å °-0.0681 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る