[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7raw: Domain 1 of Starch adherence system protein 20 (Sas20) from Rumin... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7raw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Domain 1 of Starch adherence system protein 20 (Sas20) from Ruminococcus bromii | ||||||
![]() | Dockerin domain-containing protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Starch-binding protein domain in the Ruminococcus bromii amylosome protein Sas20 | ||||||
Function / homology | ![]() cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cerqueira, F.M. / Koropatkin, N.M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Sas20 is a highly flexible starch-binding protein in the Ruminococcus bromii cell-surface amylosome. Authors: Cerqueira, F.M. / Photenhauer, A.L. / Doden, H.L. / Brown, A.N. / Abdel-Hamid, A.M. / Morais, S. / Bayer, E.A. / Wawrzak, Z. / Cann, I. / Ridlon, J.M. / Hopkins, J.B. / Koropatkin, N.M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 113.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 86.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 451 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 454.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rftC ![]() 7rpyC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Other databases |
|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 27524.311 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Domain 1 of Doc20 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-PEG / |
#3: Chemical | ChemComp-PGE / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.54 Å3/Da / Density % sol: 65.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.024M 1,6-Hexanediol; 0.024M 1-Butanol 0.024M 1,2-Propanediol; 0.024M 2-Propanol; 0.024M 1,4-Butanediol; 0.024M 1,3-Propanediol; 0.1M Imidazole; 0.1M MES monohydrate; 20% PEG 500 MME; 10% PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.099→41.12 Å / Num. obs: 21541 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 8.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.61 Å2 / Biso mean: 65.7003 Å2 / Biso min: 27.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -4.1371 Å / Origin y: 10.2686 Å / Origin z: -21.3276 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|