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- PDB-7rft: Domain 1 of Starch adherence system protein 20 (Sas20) from Rumin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rft
タイトルDomain 1 of Starch adherence system protein 20 (Sas20) from Ruminococcus bromii with maltotriose
要素Dockerin domain-containing protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Starch-binding protein domain in the Ruminococcus bromii amylosome protein Sas20
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / Dockerin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Koropatkin, N. / Cerqueira, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31 GM137488 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Sas20 is a highly flexible starch-binding protein in the Ruminococcus bromii cell-surface amylosome.
著者: Cerqueira, F.M. / Photenhauer, A.L. / Doden, H.L. / Brown, A.N. / Abdel-Hamid, A.M. / Morais, S. / Bayer, E.A. / Wawrzak, Z. / Cann, I. / Ridlon, J.M. / Hopkins, J.B. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dockerin domain-containing protein
B: Dockerin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,26012
ポリマ－51,8012
非ポリマー1,45910
水10,106561
1
A: Dockerin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6927
ポリマ－25,9011
非ポリマー7926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dockerin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5685
ポリマ－25,9011
非ポリマー6674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.837, 64.668, 64.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Dockerin domain-containing protein


分子量: 25900.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア)
遺伝子: RBL236_01231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N0URA4
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 569分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 27% PEG 4000, 0.2M MgCl, 0.1M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→30 Å / Num. obs: 74182 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.254 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 339801
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.53-1.5641.44436990.3640.8281.6711.05799.9
1.56-1.584.41.16936870.4740.631.3321.021100
1.58-1.624.61.03237020.5690.5441.171.056100
1.62-1.654.60.82236770.6490.4350.9331.062100
1.65-1.684.60.63537040.7630.3350.721.085100
1.68-1.724.60.51937180.8010.2740.5891.109100
1.72-1.774.60.40236840.8890.2120.4561.151100
1.77-1.814.60.31336830.9310.1650.3551.174100
1.81-1.874.60.24237060.9550.1270.2741.197100
1.87-1.934.60.19136760.9710.1010.2171.291100
1.93-24.60.13836870.9830.0720.1561.267100
2-2.084.60.10637200.9920.0560.121.3799.9
2.08-2.174.70.08237160.9940.0430.0931.409100
2.17-2.294.60.06536910.9960.0340.0741.41100
2.29-2.434.70.05537100.9970.0280.0621.422100
2.43-2.624.70.04837090.9980.0250.0551.525100
2.62-2.884.70.04137360.9980.0210.0461.586100
2.88-3.294.70.03137400.9990.0160.0351.463100
3.29-4.154.60.02337300.9990.0120.0261.14699.8
4.15-304.50.02338070.9990.0120.0261.19399.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RAW

7raw


解像度: 1.53→29.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.128 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1971 3699 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1761 70481 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.77 Å2 / Biso mean: 24.288 Å2 / Biso min: 14.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20.03 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.53→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3565 0 88 561 4214
Biso mean--23.93 36.06 -
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.6835253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2311.6047934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3945494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29325.09167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.41815571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.618156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02795
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.567 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 251 -
Rwork0.319 5079 -
obs--97.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1436-0.0674-0.00450.33920.01210.5432-0.01720.00690.00950.01550.0183-0.0323-0.01120.0103-0.00120.0033-0.00520.00020.03960.0010.025738.043830.848939.2443
20.6434-0.24580.26040.4164-0.05010.1369-0.0456-0.07790.03980.07470.0518-0.0317-0.0229-0.0541-0.00630.02170.02470.00480.05170.0040.026521.977851.920848.3933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 532
2X-RAY DIFFRACTION2B34 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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