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万見
- PDB-7rja: Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rja
タイトルComplex III2 from Candida albicans, inhibitor free
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 3
  • (Ubiquinol--cytochrome-c reductase ...) x 5
  • Cytochrome b
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Candida albicans / mitochondrial complex III2 / indazole-derivative inhibitor / Rieske head domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of filamentous growth / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / heterochromatin ...regulation of filamentous growth / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / heterochromatin / aerobic respiration / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily ...Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / UBIQUINONE-10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex catalytic subunit, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex reductase subunit, mitochondrial ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / UBIQUINONE-10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex catalytic subunit, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex reductase subunit, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Di Trani, J.M. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, スウェーデン, 5件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN154288 カナダ
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0043 スウェーデン
Swedish Research Council2018-04619 スウェーデン
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Rieske head domain dynamics and indazole-derivative inhibition of Candida albicans complex III.
著者: Justin M Di Trani / Zhongle Liu / Luke Whitesell / Peter Brzezinski / Leah E Cowen / John L Rubinstein /
要旨: Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ...Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ubiquinol to ubiquinone, transferring electrons to cytochrome c and translocating protons through a mechanism known as the Q cycle. The Q cycle involves ubiquinol oxidation and ubiquinone reduction at two different sites within each CIII monomer, as well as movement of the head domain of the Rieske subunit. We determined structures of Candida albicans CIII by cryoelectron microscopy (cryo-EM), revealing endogenous ubiquinone and visualizing the continuum of Rieske head domain conformations. Analysis of these conformations does not indicate cooperativity in the Rieske head domain position or ligand binding in the two CIIIs of the CIII dimer. Cryo-EM with the indazole derivative Inz-5, which inhibits fungal CIII and is fungicidal when administered with fungistatic azole drugs, showed that Inz-5 inhibition alters the equilibrium of Rieske head domain positions.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24482
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit
K: Cytochrome b
D: Ubiquinol--cytochrome-c reductase catalytic subunit
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
F: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 8
H: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 6
I: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 9
C: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
J: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit
T: Cytochrome b
N: Ubiquinol--cytochrome-c reductase catalytic subunit
Q: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
P: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 8
R: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 6
S: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 9
M: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
L: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,42430
ポリマ－471,91618
非ポリマー7,50812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area78480 Å2
ΔGint-653 kcal/mol
Surface area143100 Å2

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要素

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Ubiquinol--cytochrome-c reductase ... , 5種, 10分子 AJDNFPHRIS

#1: タンパク質 Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit


分子量: 48004.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PP59
#3: タンパク質 Ubiquinol--cytochrome-c reductase catalytic subunit


分子量: 32261.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PHA3
#5: タンパク質 Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 8


分子量: 11125.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PHA2
#6: タンパク質 Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 6


分子量: 16042.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PJT8
#7: タンパク質 Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 9


分子量: 7518.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PLP3

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タンパク質 , 1種, 2分子 KT

#2: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 43738.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: P0C8L0

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 3種, 6分子 GQCMBL

#4: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 14440.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: Q5ABS1
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 23233.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PJX3, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Cytoplasmic antigenic protein 5 / Ubiquinol-cytochrome-c ...Complex III subunit 2 / Core protein II / Cytoplasmic antigenic protein 5 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 39593.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: P83782

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非ポリマー , 4種, 12分子

#10: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#11: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#12: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratory complex III2 from Candida albicans / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Candida albicans SC5314 (酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96783 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00530162
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59241116
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.8434170
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044580
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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