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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rgj | ||||||
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タイトル | DfrA1 complexed with NADPH and 5-(3-(7-(4-(aminomethyl)phenyl)benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)but-1-yn-1-yl)-6-ethylpyrimidine-2,4-diamine (UCP1223) | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase type 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Inhibitor / complex / antifolate / DHFR / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to methotrexate / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lombardo, M.N. / Wright, D.L. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure-guided functional studies of plasmid-encoded dihydrofolate reductases reveal a common mechanism of trimethoprim resistance in Gram-negative pathogens. 著者: Krucinska, J. / Lombardo, M.N. / Erlandsen, H. / Estrada, A. / Si, D. / Viswanathan, K. / Wright, D.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mqpC ![]() 7mylC ![]() 7mymC ![]() 7naeC ![]() 7r6gC ![]() 7rebC ![]() 7regC ![]() 7rgkC ![]() 7rgoC ![]() 5ecxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17592.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 215分子 ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/8MU.gif)
![](data/chem/img/560.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/8MU.gif)
![](data/chem/img/560.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-560 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Imidazole, calcium chloride, PEG 6,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→62.67 Å / Num. obs: 65686 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 20.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.493 Å / Num. unique obs: 6480 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ECX 解像度: 1.44→30.29 Å / SU ML: 0.1536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.6337 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.44→30.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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