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- PDB-7rgf: Protocadherin gammaC4 EC1-4 crystal structure disrupted trans int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rgf
タイトルProtocadherin gammaC4 EC1-4 crystal structure disrupted trans interface
要素Protocadherin gamma C4
キーワードCELL ADHESION / Cadherin / Cell-surface receptor / Neuronal self-avoidance
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synapse organization / negative regulation of neuron apoptotic process / calcium ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like ...Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Protocadherin gamma C4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goodman, K.M. / Mannepalli, S. / Honig, B. / Shapiro, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH114817 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: How clustered protocadherin binding specificity is tuned for neuronal self-/nonself-recognition.
著者: Goodman, K.M. / Katsamba, P.S. / Rubinstein, R. / Ahlsen, G. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Dan, H. / Sampogna, R.V. / Shapiro, L. / Honig, B.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin gamma C4
B: Protocadherin gamma C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,92136
ポリマ－94,0142
非ポリマー4,90734
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8600 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area46000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.944, 103.948, 200.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA1 - 191 - 19
12ASPASPTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA22 - 2722 - 27
13LEULEUSERSER(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA30 - 3130 - 31
14ARGARGGLNGLN(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA34 - 12134 - 121
15PHEPHELEULEU(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA123 - 125123 - 125
16ALAALAGLUGLU(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA128 - 326128 - 326
17GLYGLYILEILE(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA328 - 394328 - 394
18VALVALSERSER(chain 'A' and (resid 1 through 20 or resid 22...AA396 - 417396 - 417
21GLNGLNVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB1 - 191 - 19
22ASPASPTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB22 - 2722 - 27
23LEULEUSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB30 - 3130 - 31
24ARGARGGLNGLN(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB34 - 12134 - 121
25PHEPHELEULEU(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB123 - 125123 - 125
26ALAALAGLUGLU(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB128 - 326128 - 326
27GLYGLYILEILE(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB328 - 394328 - 394
28VALVALSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 11 or (resid 12...BB396 - 417396 - 417

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protocadherin gamma C4 / Protocadherin gamma subfamily C / 4


分子量: 47006.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdhgc4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91XX0

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糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1422.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-4-3-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 151分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 1 M LiCl, 0.1 M Mes pH 6.0, and 10% (w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 42979 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 51.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4175 / CC1/2: 0.924 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 0.56 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JGZ

7jgz


解像度: 2.4→38.16 Å / SU ML: 0.3231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0313 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 2144 5.01 %
Rwork0.1956 40671 -
obs0.1977 42815 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6327 0 284 125 6736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65339217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04321108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.57563984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.37461450.31072430X-RAY DIFFRACTION89.66
2.46-2.520.34621640.28392583X-RAY DIFFRACTION97
2.52-2.590.35751440.28012700X-RAY DIFFRACTION99.06
2.59-2.660.32991310.27982686X-RAY DIFFRACTION99.12
2.66-2.750.31291660.25362687X-RAY DIFFRACTION99.55
2.75-2.850.31071380.26052680X-RAY DIFFRACTION99.16
2.85-2.960.32521300.24792710X-RAY DIFFRACTION98.85
2.96-3.090.29131410.23912727X-RAY DIFFRACTION99.38
3.09-3.260.2981430.23872729X-RAY DIFFRACTION99.24
3.26-3.460.27071390.22072748X-RAY DIFFRACTION99.83
3.46-3.730.22371300.20112754X-RAY DIFFRACTION99.83
3.73-4.10.25121360.18112740X-RAY DIFFRACTION99.45
4.1-4.70.17011470.15282783X-RAY DIFFRACTION99.29
4.7-5.910.19351410.15462810X-RAY DIFFRACTION99.29
5.91-38.160.19561490.15712904X-RAY DIFFRACTION97.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.583854435820.418904296575-1.14660997813.630878939910.6711881444393.77080921405-0.005603398717250.23305522619-0.176708566961-0.07076047259020.204243446699-0.02847704204990.609679601749-0.111033660411-0.2037197519760.361372380476-0.0393875657949-0.0227528488240.414714546578-0.02588203101950.38476753209735.1871228536228.279553796101.625032439
23.81822980082-0.796539423761-1.775058267712.7495020342-0.5380722577333.107073244570.5190575131160.0799351079247-0.188169068096-0.675035267711-0.05532965873260.09694705889311.089489141320.0177537574338-0.4583785412071.013826020070.25427544011-0.0709059079370.8191782595680.04424836092280.483123026828-11.1845008113225.046060063-23.9067679603
33.287539168881.756949981793.827689669462.024961905251.742320666074.44274959670.1350567381190.202050085086-0.0954221945241-0.2182033879730.367233378162-0.0657448519537-0.1341397116390.74557744279-0.5333865030830.78909719038-0.1140149672960.02341413535010.870193176578-0.1161586566920.51744565803727.2230043122226.49065549558.4165443671
42.33315213827-0.0721737113906-1.113289614493.021328719451.32181181537.031738422220.209942655424-0.09995678692770.0436927615311-0.3048116643230.0210279005299-0.0692762680978-1.23668639739-0.344857375624-0.1965386647310.5782710087360.02322417362940.02298685004580.383792378936-0.05427593976170.39334632539814.926337791215.26051245110.1265234309
52.5276946155-0.1848783293830.3712114641192.63300355273-0.519282202062.251590407820.07784487237950.4241833982410.166238554789-0.02042089475590.2186525501020.260679652624-1.55021609948-0.960731286971-0.1465640282751.221366033670.3657439568470.2449627600910.8153335078420.1833976631790.5689468541979.34241281708217.212641342-38.4372788759
62.94796535973-0.868452181384.264534133192.49510784332-1.906475591349.544253258180.249528659183-0.0508449673249-0.1563140895950.1335627410520.07957447598550.0397897925353-0.1239031624830.212639641237-0.3124788728540.5424765527760.01400556866480.02092473979260.6223575036470.01327994833060.399240323228-3.27100916041226.40454138819.3342350716
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 97)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 97)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 98 through 206)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 207 through 314)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'A' and resid 315 through 418)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'B' and resid 98 through 206)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'B' and resid 207 through 314)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'B' and resid 315 through 418)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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