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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rfv | ||||||
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タイトル | Tailspike protein 4 (TSP4) from phage CBA120, residues 1-250, obtained in the presence of PEG8000 | ||||||
要素 | Tailspike protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / tailspike protein-protein interaction / TSP4 attachment to the tail baseplate / triple beta-helix / beta jellyroll | ||||||
機能・相同性 | Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Tailspike protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia virus CBA120 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chao, K. / Shang, X. / Grenfield, J. / Linden, S.B. / Nelson, D.C. / Herzberg, O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: Structure of Escherichia coli O157:H7 bacteriophage CBA120 tailspike protein 4 baseplate anchor and tailspike assembly domains (TSP4-N). 著者: Chao, K.L. / Shang, X. / Greenfield, J. / Linden, S.B. / Alreja, A.B. / Nelson, D.C. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rfv.cif.gz | 58.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rfv.ent.gz | 41.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rfv_validation.pdf.gz | 423.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rfv_full_validation.pdf.gz | 428.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rfv_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rfv_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26670.260 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal fragment (UNP residues 1-250) / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Full-length protein degraded during crystal growth, exact cleavage site unknown 由来: (組換発現) Escherichia virus CBA120 (ウイルス) 遺伝子: orf213 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3M192 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.42 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 10.5 詳細: 20% w/v PEG8000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M CHAPS, pH 10.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→44.64 Å / Num. obs: 7883 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 138 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 3737 / CC1/2: 0.077 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 7REJ 解像度: 3.2→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 44.77 / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.575 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 250.66 Å2 / Biso mean: 151.627 Å2 / Biso min: 107.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.2→29.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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