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- PDB-7rfp: Mouse GITR (mGITR) with DTA-1 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rfp
タイトルMouse GITR (mGITR) with DTA-1 Fab fragment
要素
  • DTA-1 (heavy chain)
  • DTA-1 (light chain)
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced green fluorescent protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Mouse glucocorticoid-induced tumor necrosis factor receptor / mGITR / TNF receptor / DTA-1
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of cell adhesion / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / external side of plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 18 / Tumour necrosis factor receptor 18, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhanced green fluorescent protein / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Muromegalovirus G4 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Meyerson, J.R. / He, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Therapeutic antibody activation of the glucocorticoid-induced TNF receptor by a clustering mechanism.
著者: Changhao He / Rachana R Maniyar / Yahel Avraham / Roberta Zappasodi / Radda Rusinova / Walter Newman / Heidi Heath / Jedd D Wolchok / Rony Dahan / Taha Merghoub / Joel R Meyerson /
要旨: GITR is a TNF receptor, and its activation promotes immune responses and drives antitumor activity. The receptor is activated by the GITR ligand (GITRL), which is believed to cluster receptors into a ...GITR is a TNF receptor, and its activation promotes immune responses and drives antitumor activity. The receptor is activated by the GITR ligand (GITRL), which is believed to cluster receptors into a high-order array. Immunotherapeutic agonist antibodies also activate the receptor, but their mechanisms are not well characterized. We solved the structure of full-length mouse GITR bound to Fabs from the antibody DTA-1. The receptor is a dimer, and each subunit binds one Fab in an orientation suggesting that the antibody clusters receptors. Binding experiments with purified proteins show that DTA-1 IgG and GITRL both drive extensive clustering of GITR. Functional data reveal that DTA-1 and the anti-human GITR antibody TRX518 activate GITR in their IgG forms but not as Fabs. Thus, the divalent character of the IgG agonists confers an ability to mimic GITRL and cluster and activate GITR. These findings will inform the clinical development of this class of antibodies for immuno-oncology.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24444
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24444
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced green fluorescent protein
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced green fluorescent protein
H: DTA-1 (heavy chain)
L: DTA-1 (light chain)
I: DTA-1 (heavy chain)
M: DTA-1 (light chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,3666
ポリマ－264,3666
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced green fluorescent protein / Glucocorticoid-induced TNFR-related protein


分子量: 54848.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Muromegalovirus G4 (ウイルス)
遺伝子: Tnfrsf18, Gitr, eGFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35714, UniProt: A0A7G8ZY66
#2: 抗体 DTA-1 (heavy chain)


分子量: 51014.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 DTA-1 (light chain)


分子量: 26320.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mGITR with DTA-1 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 423425 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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