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- PDB-7rfo: SeMet Tailspike protein 4 (TSP4) phage CBA120, residues 1-335, ob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rfo
タイトルSeMet Tailspike protein 4 (TSP4) phage CBA120, residues 1-335, obtained in the presence of LiSO4
要素Tailspike protein
キーワードVIRAL PROTEIN / tailspike protein-protein interaction / TSP4 attachment to the tail baseplate / triple beta-helix / beta jellyroll
機能・相同性Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Tailspike protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia virus CBA120 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Chao, K. / Shang, X. / Grenfield, J. / Linden, S.B. / Nelson, D.C. / Herzberg, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM110202 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structure of Escherichia coli O157:H7 bacteriophage CBA120 tailspike protein 4 baseplate anchor and tailspike assembly domains (TSP4-N).
著者: Chao, K.L. / Shang, X. / Greenfield, J. / Linden, S.B. / Alreja, A.B. / Nelson, D.C. / Herzberg, O.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tailspike protein
B: Tailspike protein
C: Tailspike protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9693
ポリマ－109,9693
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17340 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area44210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.900, 67.900, 607.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Tailspike protein / Tailspike protein 4


分子量: 36656.230 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-335) / 変異: L12M, I31M, L145M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia virus CBA120 (ウイルス)
遺伝子: orf213 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3M192
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M lithium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromato / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→48.01 Å / Num. obs: 28173 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 66.9 % / Biso Wilson estimate: 119.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 3.02→3.2 Å / Num. unique obs: 3193 / CC1/2: 0.256

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
TRUNCATEデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.02→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 58.21 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2956 1370 4.9 %RANDOM
Rwork0.2249 ---
obs0.2281 26761 94.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 324.53 Å2 / Biso mean: 141.892 Å2 / Biso min: 72.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.13 Å20 Å20 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3----4.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.02→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7073 0 0 0 7073
残基数----983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0137243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0176107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8431.6529934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5351.56414237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6775979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57224.389303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.34415915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1461521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021407
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.094 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.53 55 -
Rwork0.455 937 -
obs--45.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2112-0.9698-1.8153.56072.53233.8585-0.18710.0802-0.18420.02980.05660.0069-0.1109-0.17270.13040.1068-0.04210.16710.0678-0.13710.366230.86374.354288.923
22.04730.0624-0.50263.57931.42796.22260.08970.6113-0.073-1.09170.0428-0.0008-0.09560.4401-0.13250.37040.04010.03990.2891-0.17310.411149.32757.618247.449
36.321-1.0254-1.07580.9-0.4741.1496-0.0906-0.0345-0.21610.0384-0.0199-0.28210.04480.26420.11060.0655-0.02320.05520.1916-0.19430.392771.12455.926270.452
40.8617-1.63890.24536.88610.51071.0990.0460.1403-0.2209-0.0605-0.15660.12030.16990.06420.11060.084-0.04710.1280.0828-0.14330.328247.58934.114268.607
50.01630.0277-0.01280.082-0.02480.01210.0448-0.0051-0.1336-0.0664-0.1454-0.2928-0.04830.05320.10061.0764-0.01050.05371.39920.06131.284277.04622.756255.61
63.6669-3.97140.81634.9257-1.20680.3781-0.1215-0.3574-0.3823-0.78490.0451-0.09320.5448-0.07010.07641.6705-0.06260.44231.58290.05342.145959.22625.853239.898
71.5610.09530.20790.00640.01280.040.1269-0.2901-0.06340.0117-0.0458-0.00870.1329-0.0265-0.08121.629-0.0919-0.1121.3810.06151.153376.80340.481239.158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 79
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 79
4X-RAY DIFFRACTION2A80 - 255
5X-RAY DIFFRACTION3B80 - 255
6X-RAY DIFFRACTION4C80 - 255
7X-RAY DIFFRACTION5A256 - 337
8X-RAY DIFFRACTION6B256 - 336
9X-RAY DIFFRACTION7C256 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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