PDB-7rfo: SeMet Tailspike protein 4 (TSP4) phage CBA120, residues 1-335, ob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rfo

タイトル

SeMet Tailspike protein 4 (TSP4) phage CBA120, residues 1-335, obtained in the presence of LiSO4

要素

Tailspike protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / tailspike protein-protein interaction / TSP4 attachment to the tail baseplate / triple beta-helix / beta jellyroll

機能・相同性

Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Tailspike protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia virus CBA120 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Chao, K. / Shang, X. / Grenfield, J. / Linden, S.B. / Nelson, D.C. / Herzberg, O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structure of Escherichia coli O157:H7 bacteriophage CBA120 tailspike protein 4 baseplate anchor and tailspike assembly domains (TSP4-N).
著者: Chao, K.L. / Shang, X. / Greenfield, J. / Linden, S.B. / Alreja, A.B. / Nelson, D.C. / Herzberg, O.

履歴

登録	2021年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rfo.cif.gz	368.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rfo.ent.gz	317.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rfo_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rfo_full_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示
XML形式データ	7rfo_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	7rfo_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rejC 7rfvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vr9-2 1yq4-d 4ysy-1 4yt0-2 3sfe-d 2wqy-1 3aeb-d 3aea-d 3aee-d 5c3j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tailspike protein

B: Tailspike protein

C: Tailspike protein

110 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.900, 67.900, 607.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Tailspike protein / Tailspike protein 4 分子量: 36656.230 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-335) / 変異: L12M, I31M, L145M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia virus CBA120 (ウイルス) 遺伝子: orf213 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3M192
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M lithium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromato / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.02→48.01 Å / Num. obs: 28173 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 66.9 % / B_iso Wilson estimate: 119.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.228 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 3.02→3.2 Å / Num. unique obs: 3193 / CC_1/2: 0.256

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
TRUNCATE		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.02→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 58.21 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2956	1370	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2249	-	-	-
obs	0.2281	26761	94.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 324.53 Å² / B_iso mean: 141.892 Å² / B_iso min: 72.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.02→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7073	0	0	0	7073
残基数	-	-	-	-	983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	7243
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	6107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.843	1.652	9934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.535	1.564	14237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.677	5	979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.572	24.389	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.344	15	915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.146	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1407

LS精密化シェル

解像度: 3.02→3.094 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.53	55	-
R_work	0.455	937	-
obs	-	-	45.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2112	-0.9698	-1.815	3.5607	2.5323	3.8585	-0.1871	0.0802	-0.1842	0.0298	0.0566	0.0069	-0.1109	-0.1727	0.1304	0.1068	-0.0421	0.1671	0.0678	-0.1371	0.3662	30.863	74.354	288.923
2	2.0473	0.0624	-0.5026	3.5793	1.4279	6.2226	0.0897	0.6113	-0.073	-1.0917	0.0428	-0.0008	-0.0956	0.4401	-0.1325	0.3704	0.0401	0.0399	0.2891	-0.1731	0.4111	49.327	57.618	247.449
3	6.321	-1.0254	-1.0758	0.9	-0.474	1.1496	-0.0906	-0.0345	-0.2161	0.0384	-0.0199	-0.2821	0.0448	0.2642	0.1106	0.0655	-0.0232	0.0552	0.1916	-0.1943	0.3927	71.124	55.926	270.452
4	0.8617	-1.6389	0.2453	6.8861	0.5107	1.099	0.046	0.1403	-0.2209	-0.0605	-0.1566	0.1203	0.1699	0.0642	0.1106	0.084	-0.0471	0.128	0.0828	-0.1433	0.3282	47.589	34.114	268.607
5	0.0163	0.0277	-0.0128	0.082	-0.0248	0.0121	0.0448	-0.0051	-0.1336	-0.0664	-0.1454	-0.2928	-0.0483	0.0532	0.1006	1.0764	-0.0105	0.0537	1.3992	0.0613	1.2842	77.046	22.756	255.61
6	3.6669	-3.9714	0.8163	4.9257	-1.2068	0.3781	-0.1215	-0.3574	-0.3823	-0.7849	0.0451	-0.0932	0.5448	-0.0701	0.0764	1.6705	-0.0626	0.4423	1.5829	0.0534	2.1459	59.226	25.853	239.898
7	1.561	0.0953	0.2079	0.0064	0.0128	0.04	0.1269	-0.2901	-0.0634	0.0117	-0.0458	-0.0087	0.1329	-0.0265	-0.0812	1.629	-0.0919	-0.112	1.381	0.0615	1.1533	76.803	40.481	239.158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	80 - 255
6	X-RAY DIFFRACTION	4	C	80 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	256 - 337
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	256 - 336
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	256 - 336

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)