PDB-7rfm: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rfm

タイトル

CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Inhibitor EPZ004777

要素

DNA Strand 1
DNA Strand 2
Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Epigenetics / 年: 2022
タイトル: Repurposing epigenetic inhibitors to target the Clostridioides difficile- specific DNA adenine methyltransferase and sporulation regulator CamA.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Yu, D. / Ren, R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.

履歴

登録	2021年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rfkC 7rflC 7rfnC 7lt5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7rfn-2 7lni-1 7lnj-2 7lnj-1 7lni-2 7rfl-1 7rfn-1 7lt5-1 7rfl-2 4zg6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

234 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
78.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.701, 161.167, 230.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

#1: タンパク質

Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase

分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridioides difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 EGIDFH

#2: DNA鎖	DNA Strand 2 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA Strand 1 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 307分子

#4: 化合物	ChemComp-0QK / 7-{5-[(3-{[(4-tert-butylphenyl)carbamoyl]amino}propyl)(propan-2-yl)amino]-5-deoxy-beta-D-ribofuranosyl}-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine / EPZ-004777 分子量: 539.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₁N₇O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.13 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 21~24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0~7.5, 0.28 M potassium citrate PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→46.89 Å / Num. obs: 84087 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 30.4 % / B_iso Wilson estimate: 54.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.488 / R_pim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.68→2.79 Å / R_merge(I) obs: 3.65 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7905 / CC_1/2: 0.32 / R_pim(I) all: 0.818 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LT5

7lt5

解像度: 2.68→46.89 Å / SU ML: 0.361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.0292
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	1998	2.38 %
R_work	0.1818	82089	-
obs	0.1829	84087	97.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→46.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13300	1686	142	294	15422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	15624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5782	21442
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0424	2362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	2386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.2928	5841

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.68-2.75	0.3894	117	0.3183	4789	X-RAY DIFFRACTION	80.48
2.75-2.82	0.344	136	0.302	5550	X-RAY DIFFRACTION	93.3
2.82-2.9	0.3314	138	0.2946	5641	X-RAY DIFFRACTION	95.13
2.9-3	0.3138	140	0.2709	5759	X-RAY DIFFRACTION	96.96
3-3.11	0.2985	144	0.248	5903	X-RAY DIFFRACTION	98.9
3.11-3.23	0.3022	144	0.2217	5954	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.23-3.38	0.28	145	0.1979	5950	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.38-3.55	0.2101	146	0.1796	6000	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.55-3.78	0.2139	145	0.1626	5974	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.78-4.07	0.2043	146	0.1513	6008	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.07-4.48	0.1765	146	0.1362	6014	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.48-5.12	0.1994	148	0.1345	6081	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.13-6.45	0.2072	149	0.1659	6107	X-RAY DIFFRACTION	99.92
6.45-46.89	0.1923	154	0.1746	6359	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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23	4.0662591911	1.3703142248	-5.11575345378	4.08412660726	-2.83106417505	6.66811082249	0.477958733016	-0.66017193917	0.373892649375	0.158417938344	-0.232712219754	-0.365053680107	-0.86103543384	0.994847654317	-0.22893247717	0.495900888844	-0.09072289981	0.0152638299964	0.468089447154	0.0238402723691	0.35512264787	5.20949979816	-2.49844097811	-25.5145356491
24	2.20506434152	-0.535174623713	0.665244340107	2.47461429941	-2.17335957388	3.0782467066	-0.111860810088	-0.0365921481809	0.344048093058	-0.323097543897	0.0161350033131	-0.546953353688	-0.445474239385	0.291919594487	0.184285970612	0.782175240852	-0.0531972416545	0.204155290711	0.291755626289	0.00646118981661	0.514558780105	8.21053058285	-0.0115355162451	-28.4493375198
25	1.80410635736	-0.46518820097	0.774003285239	0.830805925412	1.43528994004	4.16663285644	0.0203100557242	0.0048108476796	0.134739736258	0.109217433675	-0.287770086156	-1.472524604	-0.507393258395	0.721327523917	0.236271539325	0.869487455241	-0.141125408164	0.206741655275	0.599448405889	0.270246042542	1.13610590758	31.6852982785	32.9225985836	-41.5448193354
26	1.69492155151	-2.42929773288	-0.187484699728	5.02224548575	0.398567860142	5.25812357864	0.0478797992915	-0.881333262679	1.11965716124	-0.144584195122	-0.443932292134	-0.376047567379	-0.871356710355	1.15586619387	0.304997483331	0.668048607742	-0.190538772822	-0.00999084774653	0.600880558828	0.021818409539	0.94867636121	34.8474704267	36.7528166625	-41.1727112022

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 30 through 90 )	A	A	30 - 90	7 - 67
2	2	chain 'A' and (resid 91 through 206 )	A	A	91 - 206	68 - 179
3	3	chain 'A' and (resid 207 through 273 )	A	A	207 - 273	180 - 246
4	4	chain 'A' and (resid 274 through 311 )	A	A	274 - 311	247 - 284
5	5	chain 'A' and (resid 312 through 359 )	A	A	312 - 359	285 - 332
6	6	chain 'A' and (resid 360 through 399 )	A	A	360 - 399	333 - 372
7	7	chain 'A' and (resid 400 through 428 )	A	A	400 - 428	373 - 401
8	8	chain 'A' and (resid 429 through 535 )	A	A	429 - 535	402 - 508
9	9	chain 'A' and (resid 536 through 577 )	A	A	536 - 577	509 - 550
10	10	chain 'B' and (resid 29 through 130 )	B	B	29 - 130	7 - 108
11	11	chain 'B' and (resid 131 through 259 )	B	B	131 - 259	109 - 237
12	12	chain 'B' and (resid 260 through 292 )	B	B	260 - 292	238 - 270
13	13	chain 'B' and (resid 293 through 333 )	B	B	293 - 333	271 - 311
14	14	chain 'B' and (resid 334 through 577 )	B	B	334 - 577	312 - 555
15	15	chain 'C' and (resid 30 through 66 )	C	C	30 - 66	1 - 37
16	16	chain 'C' and (resid 67 through 175 )	C	C	67 - 175	38 - 135
17	17	chain 'C' and (resid 176 through 301 )	C	C	176 - 301	136 - 261
18	18	chain 'C' and (resid 302 through 381 )	C	C	302 - 381	262 - 341
19	19	chain 'C' and (resid 382 through 428 )	C	C	382 - 428	342 - 388
20	20	chain 'C' and (resid 429 through 577 )	C	C	429 - 577	389 - 537
21	21	chain 'E' and (resid 2 through 14 )	E	D	2 - 14
22	22	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	E	1 - 14
23	23	chain 'F' and (resid 1 through 14 )	F	F	1 - 14
24	24	chain 'G' and (resid 1 through 14 )	G	G	1 - 14
25	25	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	H	1 - 14
26	26	chain 'I' and (resid 1 through 14 )	I	I	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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