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- PDB-7rfk: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rfk
タイトルCamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Inhibitor Sinefungin
要素
  • DNA Strand 1
  • DNA Strand 2
  • Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SINEFUNGIN / DNA / DNA (> 10) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Epigenetics / 年: 2022
タイトル: Repurposing epigenetic inhibitors to target the Clostridioides difficile- specific DNA adenine methyltransferase and sporulation regulator CamA.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Yu, D. / Ren, R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
E: DNA Strand 2
D: DNA Strand 1
F: DNA Strand 1
G: DNA Strand 2
H: DNA Strand 1
I: DNA Strand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,08839
ポリマ－232,3379
非ポリマー2,75130
水20,9871165
1
A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
E: DNA Strand 2
D: DNA Strand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,36313
ポリマ－77,4463
非ポリマー91710
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
2
B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
F: DNA Strand 1
G: DNA Strand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,58817
ポリマ－77,4463
非ポリマー1,14214
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
3
C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
H: DNA Strand 1
I: DNA Strand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1389
ポリマ－77,4463
非ポリマー6926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.155, 160.446, 231.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase


分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 EGIDFH

#2: DNA鎖 DNA Strand 2


分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA Strand 1


分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 1195分子

#4: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21~24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0~7.5, 0.28 M potassium citrate
PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.29 Å / Num. obs: 177994 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 34.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.279 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 15920 / CC1/2: 0.395 / Rpim(I) all: 0.676 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LT5

7lt5


解像度: 2.05→47.29 Å / SU ML: 0.2851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1992 1.12 %
Rwork0.1889 175344 -
obs0.1893 177336 92.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13975 1686 180 1165 17006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004916348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.732322343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04862452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00522499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.46776195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.42961060.36879380X-RAY DIFFRACTION70.15
2.1-2.160.33481290.313911349X-RAY DIFFRACTION85.02
2.16-2.220.33181300.270311617X-RAY DIFFRACTION86.72
2.22-2.30.28911370.248411937X-RAY DIFFRACTION89.15
2.3-2.380.26711390.236412244X-RAY DIFFRACTION91.69
2.38-2.470.26461410.229912457X-RAY DIFFRACTION92.51
2.47-2.580.28291430.230812548X-RAY DIFFRACTION93.58
2.58-2.720.27461440.210212680X-RAY DIFFRACTION94.47
2.72-2.890.24641480.206712947X-RAY DIFFRACTION96.17
2.89-3.110.22341510.197413303X-RAY DIFFRACTION98.46
3.11-3.430.20511540.180813521X-RAY DIFFRACTION99.61
3.43-3.920.20111540.163313570X-RAY DIFFRACTION99.91
3.92-4.940.17131560.141613671X-RAY DIFFRACTION99.99
4.94-47.290.19791600.161614120X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.631377817507-1.021149492960.6835281611992.566470705760.1043078724492.171460572990.135629283357-0.6554654032020.09666750314280.374131695866-0.1293857003230.973860285050.0593231722051-0.608910514756-0.1229674113920.218937861634-0.07554865078880.1255682226270.5665638861660.008102573978250.33989457661-31.7891436584-20.23902880164.06394985726
20.946573314073-0.7880364642150.9861978339462.83368236699-0.2430131514671.23424414608-0.1236740507160.0102664490632-0.27365312436-0.0439896991199-0.01053062570160.5522532099910.320530557425-0.6675029706460.08391253913350.181473356154-0.134515111308-0.01164901977660.412829047709-0.04752471107940.277673961716-29.0351680608-19.29681943092.40775199589
32.05483374083-0.848233987824-1.081806138020.8364830334340.285439890120.5684258304240.115769914389-0.2655046980680.248047158384-0.013643274592-0.175493517639-0.219717416658-0.1806480977260.5396246625590.03276747138330.255110766966-0.1164213701620.007555406768220.4017697810850.05662529918370.2345772576544.81563147919-2.7545434616-25.9621378338
41.538416706340.186406151688-1.166086957192.1695358592-1.66649878743.2563549009-0.221738871728-0.08525464704290.297347907419-0.1400621341530.0764234377397-0.378921124008-0.02654691061230.3344538115090.1520078646250.251769317688-0.07560100212840.06271544873920.2269816169520.01873335497210.2748078852487.81154462591-0.200143085103-28.9335817487
51.70694884696-1.310111395030.6565291582911.895005153280.8208437023643.57226075049-0.0824270513448-0.07104964449160.205059931864-0.1473959181340.0122260327643-0.628953020765-0.3871447424390.4613101809910.1032596700050.259203514416-0.02138600997860.04118590459630.3135542813460.09673522711450.44606240060131.792796394132.4678813549-41.9650417953
61.52237567737-1.72628235605-0.3385390894681.904869451480.5390942748083.498845709130.0700996723843-0.5311527310230.6189679729250.0124052974729-0.266594815529-0.625105855746-0.4132244755510.9238778754010.02005916030560.274615595176-0.101960450443-0.04488871285930.4101383257050.06162885776440.57493232235934.906028728736.3448869799-41.6507688825
70.5947422107270.8606117307120.5642193506042.898343993582.930008644795.346016074140.02034272325820.06810363607060.0680112033064-0.129434908311-0.1561003115960.232754627659-0.413881610116-0.3494286236540.1631201864330.3377669020480.08013828526540.03087800272330.295818862927-0.02941977422140.292425698184-35.49866002513.5426511215131.359867287
81.18429799943-0.271057235409-0.3433270044762.674787841751.097379737662.929282639570.03132248083470.06251178105740.170350376564-0.1143620047030.0669146053006-0.118427540663-0.4416988441540.106979968847-0.10532410920.263765098451-0.03714625711780.05440775324440.276987560827-0.03581163786640.22440999776-22.5581036518-3.3711694807918.8041411407
90.195932493648-0.272110684082-0.2076705243561.250613854440.2525160792853.27178450962-0.0583144850788-0.08343969917110.05207650315830.2738196856480.04191453544090.03293976210580.1395014778160.04711493670560.008586531055180.20048998712-0.03936916516420.03126297861430.286798010307-0.01008513710440.246084549959-18.2702710932-23.761242249818.907456692
102.59748466939-0.4598444393680.8644693985572.690865438820.4207684884311.650155734790.07241870040730.598839385912-0.0618446449508-0.8753612194750.05448845365510.4081839452470.226540693565-0.265300698906-0.1340606804890.375980158106-0.0426119833209-0.0497738541470.46645832785-0.01877281875990.250009125767-28.8015657704-27.0382253973-16.4120822036
111.40567732962-0.334402109310.5923428257722.40099262393-1.519686909142.598290598810.02983892749560.0778558216117-0.132260573681-0.246426897103-0.0985613562809-0.09022273843740.3267964714070.2414448173020.0562237560280.174041549020.0116269189930.05225388656780.297487920918-0.03108489401180.174173269958-15.2052664382-35.58710816163.46428894195
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141.03792920445-0.203289222454-0.3503976177962.398409474340.1109421236231.79410916059-0.246672526747-0.6301446883920.1042434971871.094094718660.198469202616-0.123952387435-0.2544291353180.1048223873980.03653259764020.7394022494860.13954652094-0.08790623281640.560072928415-0.007531961869180.36551531674922.435151234345.5530461278-18.5033267154
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 2 through 14 )EG2 - 14
22chain 'D' and (resid 1 through 14 )DH1 - 14
33chain 'F' and (resid 1 through 14 )FI1 - 14
44chain 'G' and (resid 1 through 14 )GJ1 - 14
55chain 'H' and (resid 1 through 14 )HK1 - 14
66chain 'I' and (resid 1 through 14 )IL1 - 14
77chain 'A' and (resid 6 through 130 )AB6 - 1302 - 126
88chain 'A' and (resid 131 through 273 )AB131 - 273127 - 265
99chain 'A' and (resid 274 through 359 )AB274 - 359266 - 351
1010chain 'A' and (resid 360 through 428 )AB360 - 428352 - 420
1111chain 'A' and (resid 429 through 577 )AB429 - 577421 - 569
1212chain 'B' and (resid 3 through 175 )BD3 - 1752 - 174
1313chain 'B' and (resid 176 through 577 )BD176 - 577175 - 576
1414chain 'C' and (resid 6 through 301 )CE6 - 3011 - 286
1515chain 'C' and (resid 302 through 381 )CE302 - 381287 - 366
1616chain 'C' and (resid 382 through 428 )CE382 - 428367 - 413
1717chain 'C' and (resid 429 through 577 )CE429 - 577414 - 562

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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