PDB-7red: Holo Hemophilin from A. baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7red

タイトル

Holo Hemophilin from A. baumannii

要素

Hemophilin

キーワード

METAL TRANSPORT / Heme Binding / Secreted

機能・相同性

Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii NIPH 201 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Bateman, T.J. / Shah, M. / Moraes, T.F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A Slam-dependent hemophore contributes to heme acquisition in the bacterial pathogen Acinetobacter baumannii.
著者: Bateman, T.J. / Shah, M. / Ho, T.P. / Shin, H.E. / Pan, C. / Harris, G. / Fegan, J.E. / Islam, E.A. / Ahn, S.K. / Hooda, Y. / Gray-Owen, S.D. / Chen, W. / Moraes, T.F.

履歴

登録	2021年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7red.cif.gz	105.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7red.ent.gz	79.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7red.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7red_validation.pdf.gz	785.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7red_full_validation.pdf.gz	785.3 KB	表示
XML形式データ	7red_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	7red_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7red ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7red	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7re4C 7reaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k06-1 7k05-2 3exv-d 1nqn-d 3uyw-2 3pn6-1 1xk9-2 7dna-2 2vlb-2 3uyw-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemophilin

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.900, 59.550, 63.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hemophilin 分子量: 25128.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii NIPH 201 (バクテリア) 遺伝子: F922_02812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N9GH75
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.15 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.15, 3.25 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→38.692 Å / Num. obs: 29892 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 14.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 31.93
反射シェル	解像度: 1.53→1.585 Å / Num. unique obs: 2914 / CC_1/2: 0.979

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.53→38.692 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1669	1494	5 %
R_work	0.1476	28396	-
obs	0.1486	29890	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 43.85 Å² / B_iso mean: 12.247 Å² / B_iso min: 4.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.53→38.692 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1685	0	43	250	1978
B_iso mean	-	-	13.03	23.83	-
残基数	-	-	-	-	243

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.53-1.5794	0.2054	133	0.1655	2526
1.5794-1.6358	0.2006	134	0.1613	2555
1.6358-1.7013	0.1837	134	0.1496	2536
1.7013-1.7788	0.1799	134	0.1437	2551
1.7788-1.8725	0.1633	135	0.1498	2559
1.8725-1.9899	0.1565	134	0.147	2547
1.9899-2.1435	0.1569	135	0.1352	2573
2.1435-2.3592	0.1589	136	0.1454	2581
2.3592-2.7005	0.1863	136	0.1609	2590
2.7005-3.402	0.1719	139	0.1487	2631
3.402-38.692	0.1469	144	0.1407	2747

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.518	-3.7473	-1.5382	5.1846	3.4536	3.506	-0.2001	-0.2936	-0.4711	0.3091	0.1317	-0.1096	0.4902	0.183	0.0623	0.1492	0.0237	0.0132	0.0978	0.0405	0.1354	39.5639	24.8579	40.7389
2	1.9599	-0.6583	-0.4231	1.843	2.0318	2.3379	-0.028	-0.0017	-0.2033	0.1292	0.0342	0.1412	0.1797	-0.0462	-0.0297	0.1229	-0.0154	0.0131	0.0454	0.0271	0.1069	33.3897	20.7192	33.7394
3	2.6624	1.1348	0.6613	2.3348	-0.252	3.4781	0.1128	-0.0921	-0.0727	0.1787	-0.0524	0.0997	0.1396	-0.0278	-0.0417	0.0832	-0.0134	0.0059	0.05	-0.0076	0.0682	31.7685	21.4696	31.3253
4	1.2017	-1.4756	1.1528	8.2037	-1.7416	6.3676	0.0453	0.1291	-0.0233	-0.2328	0.011	-0.0347	0.0259	-0.041	-0.0554	0.052	-0.0289	0.0031	0.0931	-0.0168	0.0499	31.0792	29.9182	19.6652
5	4.8562	0.2386	1.353	1.3918	0.5136	1.1528	-0.0895	0.3097	0.1682	0.0004	0.0427	0.0202	-0.0066	-0.0481	0.0289	0.0773	0.0021	-0.0066	0.0473	-0.008	0.0349	34.3576	33.9786	24.4502
6	5.6264	-1.216	-2.1072	1.6728	0.1294	2.8546	-0.0327	0.1404	-0.1054	-0.0517	-0.0023	0.0054	0.1127	0.0223	0.0438	0.0461	-0.0087	-0.0016	0.0485	-0.0069	0.0316	41.0587	30.4442	28.4991
7	5.8767	-2.5464	1.9014	3.5531	2.8191	6.3533	0.0117	0.1205	-0.0098	-0.0226	-0.0544	0.1694	-0.001	-0.1966	0.0636	0.0445	0.0009	0.017	0.0811	0.0165	0.0593	27.7568	36.8382	36.844
8	1.7295	-0.0201	-0.0027	0.6365	-0.118	0.5622	0.0224	0.0844	-0.1311	-0.0353	-0.0349	-0.0739	0.0506	0.0557	0.0103	0.0624	0.0046	-0.0066	0.0659	0.0007	0.049	47.1557	32.311	34.0277
9	2.8606	-1.9927	0.5262	2.3832	-0.4038	0.6145	-0.0084	-0.0654	-0.0294	0.0881	0.0065	-0.0867	0.001	0.0592	0.011	0.0503	-0.0112	-0.0142	0.0773	0.0256	0.0773	53.5866	38.5563	38.6286
10	1.9544	-2.5612	-0.3773	4.4189	0.8892	0.9514	-0.0104	-0.0459	-0.0164	0.1147	-0.0247	-0.0338	0.0297	-0.0451	0.0325	0.0449	-0.0116	-0.004	0.0886	0.0229	0.0484	47.5651	38.5407	44.0556
11	1.3286	-0.859	-0.1048	2.4228	0.5958	0.666	-0.0209	0.0183	-0.0245	0.0938	-0.0272	-0.0612	0.0374	-0.0092	0.0479	0.0366	-0.009	-0.0113	0.0494	0.0135	0.0389	46.9891	34.8	37.1499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:29)	A	22 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 30:53)	A	30 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 54:65)	A	54 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 66:96)	A	66 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 97:113)	A	97 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 114:121)	A	114 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 122:158)	A	122 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 159:198)	A	159 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 199:223)	A	199 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 224:251)	A	224 - 251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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