PDB-7rea: Apo Hemophilin from A. baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rea

タイトル

Apo Hemophilin from A. baumannii

要素

Hemophilin

キーワード

METAL TRANSPORT / Heme Binding / Secreted

機能・相同性

Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii NIPH 201 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Bateman, T.J. / Shah, M. / Moraes, T.F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A Slam-dependent hemophore contributes to heme acquisition in the bacterial pathogen Acinetobacter baumannii.
著者: Bateman, T.J. / Shah, M. / Ho, T.P. / Shin, H.E. / Pan, C. / Harris, G. / Fegan, J.E. / Islam, E.A. / Ahn, S.K. / Hooda, Y. / Gray-Owen, S.D. / Chen, W. / Moraes, T.F.

履歴

登録	2021年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rea.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rea.ent.gz	78.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7re4C 7redSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uh2-1 6a84-d 1rtv-d 5ldq-2 5aeh-1 4l0v-1 4z9d-2 5ldq-3 6du2-2 6ycc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemophilin

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.260, 68.480, 71.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hemophilin 分子量: 25128.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii NIPH 201 (バクテリア) 遺伝子: F922_02812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N9GH75
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: 30% (w/v) PEG8K, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→37.57 Å / Num. obs: 35995 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.43
反射シェル	解像度: 1.49→1.53 Å / Num. unique obs: 3549 / CC_1/2: 0.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7RED

7red

解像度: 1.49→37.566 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1673	1800	5 %
R_work	0.1461	34195	-
obs	0.1472	35995	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.76 Å² / B_iso mean: 12.2915 Å² / B_iso min: 3.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.49→37.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1691	0	0	322	2013
B_iso mean	-	-	-	25.12	-
残基数	-	-	-	-	244

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.49-1.5303	0.2018	136	0.1846	2587
1.5303-1.5753	0.2008	137	0.1567	2597
1.5753-1.6262	0.1813	135	0.1529	2578
1.6262-1.6843	0.1903	135	0.1475	2564
1.6843-1.7517	0.1787	138	0.1503	2620
1.7517-1.8314	0.1757	137	0.1439	2605
1.8314-1.928	0.1834	139	0.1418	2629
1.928-2.0488	0.1634	136	0.1374	2598
2.0488-2.207	0.1672	139	0.137	2638
2.207-2.429	0.1684	138	0.1499	2620
2.429-2.7804	0.1769	140	0.1511	2667
2.7804-3.5026	0.15	141	0.1416	2679
3.5026-37.566	0.1458	149	0.1428	2813

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9136	1.4656	0.8262	1.6048	0.9134	2.5967	-0.1367	0.3344	0.4118	-0.1789	0.167	0.1205	-0.2201	-0.0261	0.0038	0.079	-0.0008	-0.0151	0.0589	0.0196	0.1308	-11.4549	6.1527	9.4748
2	3.6812	0.4474	0.2646	2.5797	0.4006	2.4198	-0.0386	-0.1569	0.1054	0.1313	0.0123	0.1321	-0.3328	-0.1233	0.0123	0.1387	0.0143	0.0079	0.0488	-0.0011	0.0948	-10.6613	10.2223	19.0372
3	1.842	0.498	-1.1529	2.1414	1.06	1.6616	0.0495	0.0401	0.287	0.0179	0.0323	0.2204	-0.3641	-0.2434	-0.0709	0.1162	0.0304	0.0165	0.0999	-0.0055	0.1114	-14.8753	4.7912	23.4599
4	2.9544	2.9546	3.1291	4.2449	2.9912	3.3292	-0.0282	-0.7839	-0.2963	0.4353	-0.1076	0.4241	0.2553	-0.4919	0.1272	0.1312	0.0206	0.015	0.1418	0.0271	0.1175	-17.9249	-6.3563	32.0366
5	5.1877	-2.0896	-2.5827	1.392	1.2344	1.907	-0.16	-0.1101	-0.124	0.0946	0.0562	0.0453	0.141	-0.0103	0.102	0.07	-0.0082	-0.006	0.0457	-0.0002	0.0554	-13.2176	-7.3488	23.7593
6	5.7884	0.3103	0.2641	1.1243	-0.1624	1.2063	-0.0366	-0.0377	0.0604	0.0635	0.0293	0.0048	-0.0158	-0.0014	0.0017	0.0473	0.0056	-0.0043	0.0303	-0.0143	0.0274	-9.5849	-2.3515	18.2501
7	7.943	1.4935	-2.7638	6.3373	3.6307	5.8138	-0.06	-0.0073	0.001	-0.1266	-0.1077	0.2084	-0.0544	-0.3524	0.1611	0.0468	-0.0148	-0.0151	0.1238	-0.0087	0.0775	-24.6409	-5.7723	12.8399
8	1.4701	-0.1438	-0.3271	0.6567	0.0429	0.8687	0.0005	-0.0873	0.062	-0.0125	-0.0094	-0.0224	0.0219	0.043	0.0115	0.0441	0.001	-0.0089	0.0436	-0.0031	0.0253	-2.9938	-5.177	10.8086
9	6.4846	3.4685	-1.1129	2.4427	-0.496	0.357	-0.0629	0.0275	-0.1442	-0.0713	0.0149	-0.0642	0.0832	-0.0144	0.0496	0.0785	0.0088	0.001	0.0419	-0.0022	0.0386	-1.0162	-12.1524	4.2367
10	7.934	6.8483	0.7176	8.7303	0.6835	1.7007	-0.1787	0.2061	0.1772	-0.2107	0.1732	0.209	0.0256	0.0855	-0.007	0.0486	0.02	0.0092	0.0288	-0.0055	0.0328	1.276	-4.8993	-0.8671
11	1.4969	0.9006	0.0911	1.6366	0.0859	1.0919	-0.0496	-0.0158	0.0352	-0.1153	0.0476	0.0225	0.1063	-0.0146	0.0033	0.0481	0.0081	-0.0064	0.0405	-0.0026	0.0448	-4.3218	-5.5496	3.4026
12	3.6002	-0.1821	2.1189	1.493	0.2358	2.6717	-0.1146	0.0449	0.1692	-0.1051	0.0018	0.0853	-0.0009	-0.0604	0.1116	0.0511	-0.0164	0.0066	0.0234	0.0035	0.0321	-9.6204	-8.1944	6.1528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 21:44)	A	21 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 45:59)	A	45 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 60:65)	A	60 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 66:95)	A	66 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 96:114)	A	96 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 115:122)	A	115 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 123:164)	A	123 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 165:186)	A	165 - 186
9	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 187:197)	A	187 - 197
10	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 198:235)	A	198 - 235
11	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 236:251)	A	236 - 251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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