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- PDB-7re8: Class I MHC (HLA-A*02) presenting alpha fetoprotein peptide (AFP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7re8
タイトルClass I MHC (HLA-A*02) presenting alpha fetoprotein peptide (AFP)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen, A-2 alpha chain
  • PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
キーワードIMMUNE SYSTEM / Class I Major Histocompatibility Complex (HLA-A*02) / Alpha fetoprotein peptide (AFP).
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Dasgupta, M. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Validation and promise of a TCR mimic antibody for cancer immunotherapy of hepatocellular carcinoma.
著者: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. / ...著者: Liu, C. / Liu, H. / Dasgupta, M. / Hellman, L.M. / Zhang, X. / Qu, K. / Xue, H. / Wang, Y. / Fan, F. / Chang, Q. / Yu, D. / Ge, L. / Zhang, Y. / Cui, Z. / Zhang, P. / Heller, B. / Zhang, H. / Shi, B. / Baker, B.M. / Liu, C.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
F: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
D: MHC class I antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,57924
ポリマ－90,1406
非ポリマー2,43918
水1,04558
1
A: MHC class I antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,29012
ポリマ－45,0703
非ポリマー1,2199
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
2
F: PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE
D: MHC class I antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,29012
ポリマ－45,0703
非ポリマー1,2199
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.207, 87.310, 78.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))
21(chain D and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))
12(chain B and (resid 1 through 100 or resid 203))
22(chain E and (resid 1 through 100 or resid 201))
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))A2 - 276
121(chain A and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))A301 - 302
131(chain A and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))A304 - 305
211(chain D and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))D2 - 276
221(chain D and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))D301 - 302
231(chain D and (resid 2 through 276 or resid 301 through 302 or resid 304 through 305))D304 - 305
112(chain B and (resid 1 through 100 or resid 203))B0
212(chain E and (resid 1 through 100 or resid 201))E0
113chain CC1 - 9
213chain FF1 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 MHC class I antigen, A-2 alpha chain


分子量: 31985.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B8RNS7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド PHE-MET-ASN-LYS-PHE-ILE-TYR-GLU-ILE


分子量: 1205.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 76分子

#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25 mM MES pH6.5, 150 mM NaCl, 25% v/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→58.48 Å / Num. obs: 20564 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.82→2.87 Å / Num. unique obs: 1016 / CC1/2: 0.918

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIXモデル構築
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 5 / 解像度: 2.82→58.47 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2019 10 %
Rwork0.1855 18163 -
obs0.191 20182 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.1 Å2 / Biso mean: 29.6049 Å2 / Biso min: 0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→58.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6338 0 162 58 6558
Biso mean--40.86 21.08 -
残基数----768
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2703X-RAY DIFFRACTION9.627TORSIONAL
12D2703X-RAY DIFFRACTION9.627TORSIONAL
21B1007X-RAY DIFFRACTION9.627TORSIONAL
22E1007X-RAY DIFFRACTION9.627TORSIONAL
31C85X-RAY DIFFRACTION9.627TORSIONAL
32F85X-RAY DIFFRACTION9.627TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.82-2.890.27771410.23581234137594
2.89-2.970.27441370.2311252138994
2.97-3.060.31061410.23451254139596
3.06-3.150.28981450.2141280142595
3.15-3.270.28181420.2171277141996
3.27-3.40.29871410.21621275141698
3.4-3.550.28261350.20761258139395
3.55-3.740.21621530.18281340149399
3.74-3.970.24451430.17151312145599
3.98-4.280.20461460.15671308145499
4.28-4.710.19091500.142913231473100
4.71-5.390.1921500.143113451495100
5.4-6.790.21871460.18931333147998
6.79-58.470.21511490.18091372152199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45570.7685-0.2832.314-0.94693.33840.0411-0.0223-0.026-0.124-0.1353-0.096-0.27920.209-0.30880.17480.05380.0120.1653-0.04350.04222.77793.140133.1089
23.87851.10781.07614.74310.31193.28850.0926-0.06060.28980.0786-0.12220.3685-0.2269-0.4021-0.14490.16250.00840.03430.2571-0.01730.148616.90221.754543.0975
31.8387-0.0286-1.36840.7898-1.01432.3375-0.0820.1915-0.02580.09940.0138-0.295-0.2604-0.2467-0.39770.2518-0.03190.00180.2155-0.0440.120931.49243.671538.1645
41.6903-0.34940.07910.4662-0.29671.61130.06130.08390.0341-0.2731-0.20620.06030.0491-0.00830.11370.24370.06430.01190.1489-0.04730.079728.9293-5.838426.2596
53.94420.8481-2.40092.8654-1.37794.2537-0.1574-0.1924-0.4194-0.2088-0.094-0.20620.1790.49450.15610.19280.01390.03940.1645-0.02520.197938.1742-9.529829.3966
62.31332.0847-1.0483.56310.64523.4850.0377-0.0277-0.3050.552-0.1905-0.1285-0.2115-0.2248-0.25520.26240.0417-0.03040.0616-0.00580.136619.5707-13.794444.1741
75.3188-1.2192.06152.7122-1.34113.17470.024-0.0821-0.2421-0.0010.33050.5266-0.4302-0.3564-0.31230.18630.0283-0.00090.1033-0.02390.2842-5.2672-6.153826.742
81.4203-0.14250.49671.48960.08292.27680.1310.2468-0.0576-0.44060.0963-0.058-0.06270.00773.06170.141-0.04310.01510.20420.03680.0151-3.6038-7.473120.0358
92.94680.07821.27341.5215-0.37542.16910.08260.3738-0.6015-0.32940.0826-0.06870.38580.1297-0.20480.16740.0172-0.05850.209-0.04020.2441-5.1179-8.924417.6447
101.1397-0.4011-0.94840.81290.14381.4231-0.2707-0.1098-0.32890.16810.02240.10640.33840.2156-0.69350.28560.1250.05390.21650.10030.13613.3446.559824.6345
114.3649-1.1416-1.12461.1227-0.16362.0384-0.01050.0550.66840.13670.0172-0.1844-0.47180.028-0.5570.19590.01940.03010.2639-0.05540.15339.23110.488828.0255
122.75090.72060.14921.4629-0.60071.63420.3346-0.00820.46740.0992-0.21450.2999-0.5088-0.23270.18670.26280.08470.00860.1998-0.01820.16491.648112.737824.422
131.94220.10480.02831.59560.45842.49140.1671-0.11580.11950.0872-0.17910.13430.3022-0.1167-0.19970.2003-0.0156-0.00130.1296-0.01280.02558.7237-46.146618.5223
141.24260.096-0.23992.50650.20884.32780.4170.0672-0.08940.4312-0.1939-0.30950.3150.33020.20630.1639-0.0316-0.06250.1960.0210.161514.6358-44.674428.4815
154.29372.36154.06382.38933.2225.6232-0.0020.22640.20910.2993-0.07140.30950.58810.2754-0.12150.10860.0220.04180.17050.03730.1710.0274-46.641423.6183
162.6746-0.26370.90180.1412-0.08451.8646-0.08990.10690.2029-0.2814-0.06240.2075-0.1714-0.05330.03020.24790.0515-0.02090.16390.03560.08892.6105-37.290411.5173
174.15580.83932.41892.22542.45343.5761-0.0324-0.26340.4671-0.2772-0.21020.0897-0.4016-0.2920.31860.24810.04970.00620.17520.04710.2351-6.6782-33.558814.8248
184.2387-0.332-1.08073.8576-2.10721.5312-0.2746-0.37360.150.5163-0.0001-0.181-0.1972-0.0418-0.53280.18750.0641-0.00960.0907-0.06980.211112.0355-29.120229.2593
196.6754-1.8937-4.22861.65881.89435.50970.3033-0.09410.2324-0.20580.0816-0.2273-0.24960.0424-0.34930.23530.0089-0.02640.06980.02590.22436.7393-36.842412.1435
202.3050.2961-1.17281.75-0.31022.94260.03090.14220.1581-0.21990.02420.0733-0.03670.1655-0.07870.14070.00590.00350.17240.01870.111235.3895-35.82383.0237
210.63360.25790.29872.1655-1.91022.14240.16560.31820.99010.43550.27040.0148-0.7468-0.01250.11310.3927-0.12050.14250.2997-0.0080.635840.2272-27.46128.0455
220.3536-0.12690.03081.40010.79962.87710.1257-0.04090.09760.0010.0653-0.1728-0.07340.02011.13970.3096-0.00910.01650.3547-0.16360.197611.5768-51.33351.13
232.3863-0.69460.53321.39640.10561.8118-0.0981-0.1605-0.30550.2368-0.0477-0.07590.1498-0.0367-0.15990.11350.0270.00910.09060.02030.085928.3968-51.998313.0264
241.2078-0.2477-1.03331.25671.01671.42120.0055-0.2205-0.33450.54740.22060.14780.3059-0.10942.52090.360.0206-0.09340.21940.16760.271727.9804-61.372618.4834
253.03710.04110.86960.8920.23620.3494-0.2437-0.07290.20030.2672-0.05760.01110.07260.0752-0.53220.20450.04290.03250.10670.04630.146919.8974-48.237214.3382
260.9813-0.6439-0.11640.5761-0.25660.73740.3510.5814-0.5659-0.2887-0.0644-0.35110.32850.32720.13970.30510.0917-0.01740.211-0.08840.45429.4052-59.61477.7114
275.49542.19480.56146.49151.66553.10840.16360.70740.4422-0.55320.1967-0.40720.15760.2509-0.30930.2770.05780.06610.18110.040.188335.1783-53.29536.5254
285.64563.971.69035.4104-1.43593.14060.7347-0.3441-0.27950.4106-0.3057-0.48190.13250.32740.50190.33190.0380.06710.18660.03010.194433.9977-3.832937.7657
295.23382.0161.61865.33470.51185.19680.2153-0.67790.77150.4692-0.08540.6288-0.6754-0.6620.9190.28790.11970.04430.2951-0.06310.3304-2.5289-39.18823.2734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 29 )A2 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 57 )A30 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 85 )A58 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 138 )A86 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 163 )A139 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 164 through 175 )A164 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 176 through 198 )A176 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 199 through 220 )A199 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 221 through 276 )A221 - 276
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 20 )B1 - 20
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 21 through 62 )B21 - 62
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 63 through 100 )B63 - 100
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 2 through 29 )D2 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 30 through 57 )D30 - 57
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 58 through 85 )D58 - 85
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 86 through 138 )D86 - 138
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 139 through 163 )D139 - 163
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 164 through 175 )D164 - 175
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 176 through 198 )D176 - 198
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 199 through 264 )D199 - 264
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 265 through 276 )D265 - 276
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 6 )E1 - 6
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 7 through 42 )E7 - 42
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 43 through 52 )E43 - 52
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 53 through 72 )E53 - 72
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 73 through 91 )E73 - 91
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 92 through 100 )E92 - 100
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 1 through 9 )C1 - 9
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 1 through 9 )F1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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