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- PDB-7rd5: Crystal structure of Tspan15 large extracellular loop (Tspan15 LE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rd5
タイトルCrystal structure of Tspan15 large extracellular loop (Tspan15 LEL) in complex with 1C12 Fab
要素
  • 1C12 Fab Heavy Chain
  • 1C12 Fab Light Chain
  • Tetraspanin-15
キーワードCELL ADHESION / Tetraspanin / Membrane Protein / Protein Trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / tetraspanin-enriched microdomain / negative regulation of Notch signaling pathway / protein maturation / protein localization to plasma membrane / cell junction / late endosome membrane / nuclear body / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen ...regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / tetraspanin-enriched microdomain / negative regulation of Notch signaling pathway / protein maturation / protein localization to plasma membrane / cell junction / late endosome membrane / nuclear body / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / cell surface / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lipper, C.H. / Gabriel, K.H. / Seegar, T.C.M. / Durr, K.L. / Tomlinson, M.G. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 英国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA220340 米国
Other privateEdward B. Goodnow 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00783X/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103403 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Tspan15 LEL domain reveals a conserved ADAM10 binding site.
著者: Lipper, C.H. / Gabriel, K.H. / Seegar, T.C.M. / Durr, K.L. / Tomlinson, M.G. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1C12 Fab Light Chain
B: 1C12 Fab Heavy Chain
F: Tetraspanin-15
C: 1C12 Fab Light Chain
D: 1C12 Fab Heavy Chain
E: Tetraspanin-15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4246
ポリマ－126,4246
非ポリマー00
水00
1
A: 1C12 Fab Light Chain
B: 1C12 Fab Heavy Chain
F: Tetraspanin-15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2123
ポリマ－63,2123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 1C12 Fab Light Chain
D: 1C12 Fab Heavy Chain
E: Tetraspanin-15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2123
ポリマ－63,2123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.300, 124.640, 116.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.171, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain "A" and (resid 1 through 80 or (resid 81...
21(chain "C" and (resid 1 through 148 or (resid 149...
12(chain "B" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
22(chain "D" and ((resid 1 and (name N or name...
13(chain "F" and (resid 115 through 116 or (resid 117...
23(chain "E" and (resid 115 through 121 or (resid 122...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA1 - 2201 - 220
21ASPASPCD1 - 2201 - 220
12GLNGLNBB1 - 2261 - 226
22GLNGLNDE1 - 2261 - 226
13THRTHRFC115 - 2361 - 122
23THRTHREF115 - 2361 - 122

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999992949462, -0.00358197435106, 0.00112715846479), (0.00358671313799, 0.999984618494, -0.00423063392275), (-0.0011119871052, 0.00423464688858, 0.999990415579)-8.20165972175, 2.72237286895, 57.475859743
2given(0.999983510867, -0.00287683726556, 0.00497009076507), (0.00287672165545, 0.999995861765, 3.04098528697E-5), (-0.00497015768187, -1.61117837041E-5, 0.99998764856)-7.93327737524, 3.04921960376, 57.5023994249
3given(0.999774651704, -0.020609179591, 0.00508994369397), (0.0207577818764, 0.999300433837, -0.0311087997984), (-0.00444525609968, 0.0312074454243, 0.999503044042)-8.3234840046, 1.03211969185, 57.9809027046

-
要素

#1: 抗体 1C12 Fab Light Chain


分子量: 24295.867 Da / 分子数: 2 / 変異: N5Q, 215-220 is an expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 1C12 Fab Heavy Chain


分子量: 24570.713 Da / 分子数: 2 / 変異: 221-226 is an expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Tetraspanin-15 / Tspan-15 / Tetraspan NET-7 / Transmembrane 4 superfamily member 15


分子量: 14345.235 Da / 分子数: 2 / 変異: N118Q, N189D, 231-236 expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSPAN15, NET7, TM4SF15, UNQ677/PRO1311 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95858

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 3.4 M sodium nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→47.5 Å / Num. obs: 27150 / % possible obs: 95.77 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 121.58 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1577 / Rpim(I) all: 0.1196 / Rrim(I) all: 0.1991 / Net I/σ(I): 4.63
反射 シェル解像度: 3.6→3.729 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 6908 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.8215 / Rrim(I) all: 1.364 / % possible all: 97.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6bdz

6bdz


解像度: 3.6→47.5 Å / SU ML: 0.6118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.7174
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3093 1983 7.34 %
Rwork0.2707 25034 -
obs0.2735 27017 95.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 126.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8279 0 0 0 8279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00348490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.736411668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04561361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.22651208
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.528930218737
22BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.426172800629
32CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.581515166962
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.690.41541390.39211761X-RAY DIFFRACTION94.34
3.69-3.790.40381460.37161831X-RAY DIFFRACTION96.72
3.79-3.90.39211390.3571771X-RAY DIFFRACTION95.6
3.9-4.020.42421360.34961707X-RAY DIFFRACTION93.41
4.02-4.170.34661410.32851774X-RAY DIFFRACTION95.27
4.17-4.330.3451440.3041802X-RAY DIFFRACTION97.4
4.33-4.530.32531420.28491806X-RAY DIFFRACTION97.35
4.53-4.770.33911460.25871836X-RAY DIFFRACTION97.2
4.77-5.070.30731430.24931812X-RAY DIFFRACTION96.88
5.07-5.460.2631410.24961777X-RAY DIFFRACTION96.48
5.46-6.010.31121390.26411748X-RAY DIFFRACTION93.65
6.01-6.870.26041460.26421843X-RAY DIFFRACTION97.45
6.87-8.650.27791430.23251811X-RAY DIFFRACTION96.35
8.65-44.710.25341380.21521755X-RAY DIFFRACTION90.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57224211202-1.88074300307-0.2430050939883.615559450960.4345584452212.954141044940.3694748828780.717754953070.810286045518-0.411669685126-0.736410839248-0.739624533682-0.0907491878270.3817699234020.2090745100790.9532274689140.02586583692240.2294651789491.53172155320.155299791321.539919302542.8608832089-26.7891025576-59.8301693178
23.83305737593-0.913999951825-0.1773199047213.78319000649-1.302361797381.62256035710.3167607102530.727074562022-0.03015439132810.0477799319647-0.1235737674790.5880470445750.3949564664020.109142219376-0.2456592708421.124538319950.2556904358140.160829619311.40802756541-0.1374833949571.3524133759467.4474938845-55.9200949468-57.09433871
30.863148946308-0.280563275642-0.5813320819184.37886750031-0.9755458647280.6960336086330.596783829499-1.0812539941-0.5867680669980.461780443853-0.3345909494750.717842770755-0.0682447708411-0.6247358020390.05189573937411.316278350140.07480700953920.0638937145371.66595890968-0.07475560098161.590791806537.1695664256-45.2054580094-40.5995434707
42.03487818442-0.448806277501-0.1998467229785.34571544442-4.045612413453.13440737661-0.335600671623-0.6841574593250.02196156849960.45566136299-0.04787462328650.7609814748630.4055524189490.359417164078-0.234597689591.036177712650.1321247444750.0897703530221.623763894850.131251699391.5013633167529.3528088927-36.5747171106-43.980100894
53.9019803542-1.51986386091-0.4751681561954.776854695980.7995245956622.89888764451-0.436636188482-0.4697123178430.772981693021-0.3304841013590.7454559418880.01574255057530.1428117115280.613052543705-0.1448793429170.9779094011-0.01465288310390.06138469878011.29311491506-0.348921410991.8228132123736.1625909621-36.1398097242-47.5066951794
63.7401794028-1.755094449930.04106463397251.79386809151-0.04609141817653.645803990610.73367514392-0.9317416200761.05943957365-0.258429378912-0.0627775331535-0.486094757559-0.2366004378511.15046696273-0.3273051454621.143766541810.2393032746670.1102918661750.876952945841-0.1916526950531.2054128993559.6435359811-54.5204700751-45.5801771397
72.735349434340.2130401203720.1232991015743.85292362677-1.429447509941.51261431525-0.721529142535-1.025052904780.5059422986810.5462643510230.3456842874280.248448856319-0.0939217333025-0.27393915168-0.03840980564361.386929637370.2290416360580.06759773223611.5654582598-0.1947871301941.6476435534860.2383929591-50.1974356828-43.2718003965
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1717chain 'C' and (resid 91 through 113 )CD91 - 11391 - 113
1818chain 'C' and (resid 114 through 186 )CD114 - 186114 - 186
1919chain 'C' and (resid 187 through 204 )CD187 - 204187 - 204
2020chain 'C' and (resid 205 through 220 )CD205 - 220205 - 220
2121chain 'D' and (resid 1 through 16 )DE1 - 161 - 16
2222chain 'D' and (resid 17 through 67 )DE17 - 6717 - 67
2323chain 'D' and (resid 68 through 111 )DE68 - 11168 - 111
2424chain 'D' and (resid 112 through 124 )DE112 - 124112 - 124
2525chain 'D' and (resid 125 through 140 )DE125 - 140125 - 140
2626chain 'D' and (resid 141 through 204 )DE141 - 204141 - 204
2727chain 'D' and (resid 205 through 226 )DE205 - 226205 - 226
2828chain 'E' and (resid 115 through 152 )EF115 - 1521 - 38
2929chain 'E' and (resid 153 through 236 )EF153 - 23639 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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