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Yorodumi- PDB-7rd5: Crystal structure of Tspan15 large extracellular loop (Tspan15 LE... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7rd5 | |||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of Tspan15 large extracellular loop (Tspan15 LEL) in complex with 1C12 Fab | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / Tetraspanin / Membrane Protein / Protein Trafficking | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of membrane protein ectodomain proteolysis / tetraspanin-enriched microdomain / negative regulation of Notch signaling pathway / protein maturation / protein localization to plasma membrane / late endosome membrane / cell junction / nuclear body / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation ...regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / tetraspanin-enriched microdomain / negative regulation of Notch signaling pathway / protein maturation / protein localization to plasma membrane / late endosome membrane / cell junction / nuclear body / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / cell surface / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.6 Å | |||||||||||||||
Authors | Lipper, C.H. / Gabriel, K.H. / Seegar, T.C.M. / Durr, K.L. / Tomlinson, M.G. / Blacklow, S.C. | |||||||||||||||
| Funding support | United States, United Kingdom, 4items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2022Title: Crystal structure of the Tspan15 LEL domain reveals a conserved ADAM10 binding site. Authors: Lipper, C.H. / Gabriel, K.H. / Seegar, T.C.M. / Durr, K.L. / Tomlinson, M.G. / Blacklow, S.C. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7rd5.cif.gz | 522.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7rd5.ent.gz | 364.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7rd5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7rd5_validation.pdf.gz | 467.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7rd5_full_validation.pdf.gz | 480 KB | Display | |
| Data in XML | 7rd5_validation.xml.gz | 39.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7rd5_validation.cif.gz | 53.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rd5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7rdbC ![]() 6bdzS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN
NCS ensembles :
NCS oper:
|
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24295.867 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N5Q, 215-220 is an expression tag Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 24570.713 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: 221-226 is an expression tag Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)#3: Protein | Mass: 14345.235 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N118Q, N189D, 231-236 expression tag Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TSPAN15, NET7, TM4SF15, UNQ677/PRO1311 / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: O95858Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.85 Å3/Da / Density % sol: 74.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 / Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 3.4 M sodium nitrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.6→47.5 Å / Num. obs: 27150 / % possible obs: 95.77 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 121.58 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1577 / Rpim(I) all: 0.1196 / Rrim(I) all: 0.1991 / Net I/σ(I): 4.63 |
| Reflection shell | Resolution: 3.6→3.729 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 6908 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.8215 / Rrim(I) all: 1.364 / % possible all: 97.17 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6bdz Resolution: 3.6→47.5 Å / SU ML: 0.6118 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.7174 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 126.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.6→47.5 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States,
United Kingdom, 4items
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