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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rck | ||||||
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Title | Crystal Structure of PMS2 with Substrate | ||||||
![]() | Mismatch repair endonuclease PMS2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Mismatch Repair / Variant of Uncertain Significance / ATPase Domain / DNA Repair Enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() single base insertion or deletion binding / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / MutLalpha complex / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / ATP-dependent DNA damage sensor activity ...single base insertion or deletion binding / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / MutLalpha complex / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / ATP-dependent DNA damage sensor activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | D'Arcy, B.M. / Prakash, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: PMS2 variant results in loss of ATPase activity without compromising mismatch repair. Authors: D'Arcy, B.M. / Arrington, J. / Weisman, J. / McClellan, S.B. / Yang, Z. / Deivanayagam, C. / Blount, J. / Prakash, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 296.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 197.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rcbC ![]() 7rciC ![]() 1h7sS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0100245310115, 0.999360484378, -0.0343239135571), (0.999033866038, 0.00854063579678, -0.0431090715356), (-0.0427883545661, -0.034722900283, -0.998480584142)Vector: - ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.0100245310115, 0.999360484378, -0.0343239135571), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 40513.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P54278, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 1:1 7.5 mg/mL protein with 8% v/v Tacsimate, pH 5.8, 25% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03317 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.04→38.71 Å / Num. obs: 49151 / % possible obs: 99.51 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06932 / Rpim(I) all: 0.03014 / Rrim(I) all: 0.07579 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 12.59 |
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.113 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5479 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 4825 / CC1/2: 0.844 / CC star: 0.957 / Rpim(I) all: 0.2504 / Rrim(I) all: 0.6044 / Χ2: 1 / % possible all: 99.32 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1H7S Resolution: 2.04→38.71 Å / SU ML: 0.2128 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.742 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→38.71 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 1.03522866106 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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