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- PDB-7ray: Crystal structure of MBD2 with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ray
タイトルCrystal structure of MBD2 with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*A)-R(P*(5MC))-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA binding protein-DNA complex / MBD / TAM / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / response to mechanical stimulus ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / response to mechanical stimulus / embryonic organ development / heterochromatin / RNA Polymerase I Promoter Opening / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Liu, K. / Dong, A. / Loppnau, P. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MBD2 with DNA
著者: Liu, K. / Dong, A. / Loppnau, P. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*A)-R(P*(5MC))-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*A)-R(P*(5MC))-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1605
ポリマ－16,1603
非ポリマー02
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.599, 71.992, 126.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Demethylase / DMTase / Methyl-CpG-binding protein MBD2


分子量: 8805.196 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 143-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBB5
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*A)-R(P*(5MC))-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M disodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→42.04 Å / Num. obs: 33442 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.78-1.827.30.47149380.9710.1850.50698.5
9.08-42.045.60.0321550.9980.0150.03698.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1439精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6C2Z

6c2z


解像度: 1.78→36 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.43 / 位相誤差: 27.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 1587 5.05 %
Rwork0.2092 29843 -
obs0.2113 31430 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.66 Å2 / Biso mean: 34.74 Å2 / Biso min: 16.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数557 488 2 72 1119
Biso mean--35.65 34.58 -
残基数----98
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2171645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.22459
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7801-1.83750.32071600.3001270898
1.8375-1.90320.34431640.305264898
1.9032-1.97940.31771760.2737267299
1.9794-2.06950.33571240.2641273499
2.0695-2.17860.29271550.2638267499
2.1786-2.3150.34431450.25352730100
2.315-2.49370.2591190.2415276299
2.4937-2.74460.28581470.25362725100
2.7446-3.14160.24071260.2297274899
3.1416-3.95730.2341330.1859269899
3.9573-35.9960.1831380.1432744100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2328-0.7239-0.07950.5108-0.84021.8566-0.3644-0.6817-0.0560.18080.2657-0.1522-0.2598-0.1150.03070.25060.1169-0.01660.29440.00950.154-27.91319.376710.5959
20.0170.18870.89220.97590.46031.0392-0.1593-0.0875-0.10430.28930.01560.14810.2203-0.0837-0.00030.27490.0480.07280.22940.05190.3001-41.370614.043917.9895
31.0537-1.20360.7841.17740.98020.5201-0.1474-0.0265-0.16670.50150.02610.3246-0.0537-0.0901-0.01290.24580.08230.08690.24480.02520.2589-41.704714.105416.6324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA142 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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