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- PDB-7r9n: Crystal structure of HPK1 in complex with GNE1858 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r9n
タイトルCrystal structure of HPK1 in complex with GNE1858
要素Hematopoietic progenitor kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / inhibitor / MAP4K1 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F97 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wu, P. / Lehoux, I. / Wang, W.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Spiro-azaindoline Inhibitors of Hematopoietic Progenitor Kinase 1 (HPK1).
著者: Chan, B.K. / Seward, E. / Lainchbury, M. / Brewer, T.F. / An, L. / Blench, T. / Cartwright, M.W. / Chan, G.K.Y. / Choo, E.F. / Drummond, J. / Elliott, R.L. / Gancia, E. / Gazzard, L. / Hu, B. ...著者: Chan, B.K. / Seward, E. / Lainchbury, M. / Brewer, T.F. / An, L. / Blench, T. / Cartwright, M.W. / Chan, G.K.Y. / Choo, E.F. / Drummond, J. / Elliott, R.L. / Gancia, E. / Gazzard, L. / Hu, B. / Jones, G.E. / Luo, X. / Madin, A. / Malhotra, S. / Moffat, J.G. / Pang, J. / Salphati, L. / Sneeringer, C.J. / Stivala, C.E. / Wei, B. / Wang, W. / Wu, P. / Heffron, T.P.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic progenitor kinase
B: Hematopoietic progenitor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5276
ポリマ－66,4132
非ポリマー1,1144
水15,871881
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.006, 57.963, 61.562
Angle α, β, γ (deg.)70.360, 66.430, 68.570
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hematopoietic progenitor kinase / HKP1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 33206.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-F97 / N-{2-(3,3-difluoropyrrolidin-1-yl)-6-[(3R)-pyrrolidin-3-yl]pyrimidin-4-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-amine


分子量: 428.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26F2N8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 12% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.47 Å / Num. obs: 89913 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 12.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.592.20.24628924130490.8830.2210.3313.294.1
4.76-42.472.10.02589927930.9980.0180.02726.493

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.1-4122_final精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CQD

6cqd


解像度: 1.5→27.5 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 4474 4.98 %
Rwork0.1656 85439 -
obs0.1668 89913 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.79 Å2 / Biso mean: 20.1327 Å2 / Biso min: 6.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→27.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4557 0 78 881 5516
Biso mean--17.92 29.47 -
残基数----577
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.520.24351390.22622798293793
1.52-1.530.23441350.20562910304594
1.53-1.550.22171470.19272818296594
1.55-1.570.21681710.18772891306294
1.57-1.590.22041620.18982813297594
1.59-1.620.24011300.19442895302595
1.62-1.640.24741550.18992862301794
1.64-1.660.23281610.1832868302995
1.66-1.690.19271530.18172876302995
1.69-1.720.19911460.18442888303495
1.72-1.750.2121530.17512895304895
1.75-1.780.19321520.18032855300795
1.78-1.810.23161560.17932919307595
1.81-1.850.21161360.17872882301895
1.85-1.890.18761750.17582852302795
1.89-1.930.20371620.16812917307995
1.93-1.980.17821510.16952840299195
1.98-2.040.19841560.17042868302495
2.04-2.10.15881610.16442866302794
2.1-2.160.19281400.15882937307795
2.16-2.230.17261480.16122507265592
2.26-2.330.22031130.16272323243694
2.33-2.440.17721220.16752879300195
2.44-2.560.19051590.16422909306895
2.56-2.720.21761210.1662928304995
2.72-2.930.19861530.17682847300095
2.93-3.230.2081540.16452899305395
3.23-3.70.17721410.14632938307996
3.7-4.650.15431600.13272926308697
4.65-27.50.16071620.16012833299594
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -49.811 Å / Origin y: -93.314 Å / Origin z: 244.203 Å
111213212223313233
T0.0802 Å20.0059 Å2-0.0024 Å2-0.0984 Å20.0116 Å2--0.0937 Å2
L0.0092 °20.0428 °20.002 °2-0.3128 °20.2172 °2--0.2677 °2
S-0.0092 Å °0.005 Å °-0.0082 Å °-0.0038 Å °0.011 Å °-0.0356 Å °0.0106 Å °0.0495 Å °0.0029 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:293 ) OR ( CHAIN B AND RESID 4:293 )A3 - 293
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:293 ) OR ( CHAIN B AND RESID 4:293 )B4 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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