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- PDB-7r9t: Crystal structure of HPK1 in complex with compound 17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r9t
タイトルCrystal structure of HPK1 in complex with compound 17
要素Hematopoietic progenitor kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / MAP4K1 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / Citron homology (CNH) domain / CNH domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / Citron homology (CNH) domain / CNH domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TR / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wu, P. / Lehoux, I. / Wang, W.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Spiro-azaindoline Inhibitors of Hematopoietic Progenitor Kinase 1 (HPK1).
著者: Chan, B.K. / Seward, E. / Lainchbury, M. / Brewer, T.F. / An, L. / Blench, T. / Cartwright, M.W. / Chan, G.K.Y. / Choo, E.F. / Drummond, J. / Elliott, R.L. / Gancia, E. / Gazzard, L. / Hu, B. ...著者: Chan, B.K. / Seward, E. / Lainchbury, M. / Brewer, T.F. / An, L. / Blench, T. / Cartwright, M.W. / Chan, G.K.Y. / Choo, E.F. / Drummond, J. / Elliott, R.L. / Gancia, E. / Gazzard, L. / Hu, B. / Jones, G.E. / Luo, X. / Madin, A. / Malhotra, S. / Moffat, J.G. / Pang, J. / Salphati, L. / Sneeringer, C.J. / Stivala, C.E. / Wei, B. / Wang, W. / Wu, P. / Heffron, T.P.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic progenitor kinase
B: Hematopoietic progenitor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2234
ポリマ－66,4132
非ポリマー8102
水11,782654
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.257, 58.272, 61.677
Angle α, β, γ (deg.)69.910, 66.210, 68.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hematopoietic progenitor kinase / HKP1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 33206.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2TR / 6-amino-3-[(1S,3R)-4'-chloro-3-hydroxy-1',2'-dihydrospiro[cyclopentane-1,3'-pyrrolo[2,3-b]pyridin]-5'-yl]-2-fluoro-N,N-dimethylbenzamide


分子量: 404.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22ClFN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 12% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35176 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 20.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 1.177 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 77472
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.072.10.31231310.7650.2680.4130.72177.9
2.07-2.152.20.27536270.7910.2370.3650.8189.9
2.15-2.252.20.2436320.8510.2050.3170.8590
2.25-2.372.20.20235890.8880.1720.2670.96188.6
2.37-2.522.20.16933550.9220.1440.2231.12582.9
2.52-2.712.20.14936120.9340.1250.1961.16790
2.71-2.992.20.12636440.9530.1040.1651.30290
2.99-3.422.20.10334690.9710.0830.1321.53385.6
3.42-4.312.20.08836410.9710.0710.1141.54890.6
4.31-502.20.08334760.9740.0680.1081.66885.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122_final精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CQD

6cqd


解像度: 2→46.03 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 1639 4.66 %
Rwork0.1983 33527 -
obs0.1997 35166 86.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.33 Å2 / Biso mean: 24.468 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4549 0 56 654 5259
Biso mean--22.99 29.5 -
残基数----576
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.060.24491320.23652181231368
2.06-2.120.30761480.23732777292586
2.12-2.20.24071600.22652894305490
2.2-2.290.28441470.22252924307190
2.29-2.390.24961330.20752868300188
2.39-2.520.26081100.2172664277482
2.52-2.680.24051470.21112899304689
2.68-2.880.22471270.22122932305990
2.88-3.170.22131280.20332875300388
3.17-3.630.20751390.18372847298687
3.63-4.570.1931340.16212858299289
4.58-46.030.21461340.18282808294286
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8070.3582-0.07760.4003-0.38350.6615-0.02190.3097-0.0166-0.17450.0023-0.11450.07970.19910.00020.22150.0068-0.00690.27550.04240.2505-34.909-71.336254.231
20.2465-0.04030.2290.71540.55141.31070.01160.0457-0.0452-0.0293-0.00340.00440.01140.014500.13270.0007-0.01110.1176-0.00890.1427-56.947-82.02259.26
30.4737-0.00970.01310.3725-0.46740.67980.0528-0.18070.1669-0.0245-0.0754-0.34040.02380.60410.00160.29150.0282-0.00210.41210.02970.3661-34.258-118.638233.346
40.80480.0496-0.19610.66010.31891.35330.0011-0.04760.062-0.03190.0154-0.05-0.08020.08680.00030.1476-0.0012-0.00080.11230.00210.1308-56.031-106.626228.135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:93 )A3 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 94:293 )A94 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 4:93 )B4 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 94:294 )B94 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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