[日本語] English
万見
- PDB-7r6p: Solution structure of peptide toxin MIITX2-Mg1a from the venom of... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6p
タイトルSolution structure of peptide toxin MIITX2-Mg1a from the venom of the Australian giant red bull ant Myrmecia gulosa
要素U-myrmeciitoxin(02)-Mg1a
キーワードTOXIN / molecular mimicry / chemical mimicry / epidermal growth factor receptor / hormone / convergent evolution / venom toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic nuclear division / epidermal growth factor receptor signaling pathway / toxin activity / positive regulation of cell population proliferation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
OMEGA-myrmeciitoxin(02)-Mg1a
類似検索 - 構成要素
生物種Myrmecia gulosa (アリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chin, Y.K. / Eagle, D. / Bankala, K. / Robinson, S.D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: A peptide toxin in ant venom mimics vertebrate EGF-like hormones to cause long-lasting hypersensitivity in mammals.
著者: Eagles, D.A. / Saez, N.J. / Krishnarjuna, B. / Bradford, J.J. / Chin, Y.K. / Starobova, H. / Mueller, A. / Reichelt, M.E. / Undheim, E.A.B. / Norton, R.S. / Thomas, W.G. / Vetter, I. / King, G.F. / Robinson, S.D.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: U-myrmeciitoxin(02)-Mg1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8611
ポリマ－5,8611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with best stereochemical properties
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: タンパク質 U-myrmeciitoxin(02)-Mg1a / MIITX(02)-Mg1a / U-MIITX(02)-Mg1a


分子量: 5861.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myrmecia gulosa (アリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DSL4
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D (H)CCH-COSY
151isotropic12D 1H-13C HSQC
161isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
181isotropic23D 1H-15N NOESY
191isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HNCA

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 350 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] MIITX2-Mg1a, 50 mM MES, 95% H2O/5% D2O
Label: 15N-13C / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMMIITX2-Mg1a[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMMESnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinv.3.2Bruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
TALOS-NYang Shen and Ad Baxgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with best stereochemical properties
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る