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- PDB-7r6h: RHCC in complex with o-carborane -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6h
タイトルRHCC in complex with o-carborane
要素Tetrabrachion
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Right-handed coiled coil / Carborane / Nanotube
機能・相同性Tetrabrachion / Tetrabrachion, parallel right-handed coiled coil domain / Tetrabrachion / membrane / ortho-carborane / Tetrabrachion
機能・相同性情報
生物種Staphylothermus marinus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Heide, F. / McDougall, M. / Stetefeld, J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)201610PJT-152935 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-004954-2017 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Boron rich nanotube drug carrier system is suited for boron neutron capture therapy.
著者: Heide, F. / McDougall, M. / Harder-Viddal, C. / Roshko, R. / Davidson, D. / Wu, J. / Aprosoff, C. / Moya-Torres, A. / Lin, F. / Stetefeld, J.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrabrachion
B: Tetrabrachion
C: Tetrabrachion
D: Tetrabrachion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9917
ポリマ－23,5954
非ポリマー3963
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.450, 55.920, 110.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Tetrabrachion


分子量: 5898.720 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1238-1287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Staphylothermus marinus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54436
#2: 化合物 ChemComp-1KW / ortho-carborane


分子量: 132.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2B10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % / 解説: Rod-shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate, 10% v/v 2-propanol, 0.015 M magnesium acetate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年10月28日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→18.69 Å / Num. obs: 22224 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique obs: 5798 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.208 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YBK

1ybk


解像度: 2.2→18.69 Å / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.0921
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 1502 7.3 %
Rwork0.2223 19076 -
obs0.2253 20578 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1617 0 36 59 1712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00271720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.38852577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0344293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2005249
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.270.26591370.24981770X-RAY DIFFRACTION99.01
2.27-2.350.36011340.25091744X-RAY DIFFRACTION99.1
2.35-2.450.28621470.23941748X-RAY DIFFRACTION99.16
2.45-2.560.28671380.22311737X-RAY DIFFRACTION99.42
2.56-2.690.23571480.21921714X-RAY DIFFRACTION99.1
2.69-2.860.30851440.24221765X-RAY DIFFRACTION98.71
2.86-3.080.27961410.22831694X-RAY DIFFRACTION97.66
3.08-3.390.26721280.24231703X-RAY DIFFRACTION97.71
3.39-3.870.23491120.20721758X-RAY DIFFRACTION97.91
3.87-4.870.21481230.17791737X-RAY DIFFRACTION98.05
4.87-18.690.28031500.24111706X-RAY DIFFRACTION98.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18681450904-0.879033569331-2.507627352110.5080490248211.134853003612.96740450348-0.105372256048-0.234242742277-0.03254728955670.1737361906380.123852815794-0.03470270732340.330640367730.03471673252880.03408060186850.1783407549320.0002080663825650.003026295867090.73426429425-0.004853098075160.1163634907215.5277001915-5.7248792568716.1016846303
21.007747893130.16499871848-0.1135479291590.371157426425-0.02146585566930.9738640117260.0404778588874-0.142598420086-0.08274904664630.0979670507859-0.0066173346404-0.0227646122990.129791399795-0.171155538651-0.1101214630630.152829285587-0.0469674498488-0.05462611571410.733626341472-0.07026668917310.123353248249.34087744202-3.063497778967.87712543538
36.32564057393-0.796718451733-4.60505496541.006487401350.5265786960973.929177367050.2917036816790.2616762511540.702569423252-0.05960540732690.03074457892980.0487157406693-0.497780766085-0.348271394658-0.315517104360.1700843552530.06340594429340.0239289525360.548972413155-0.03144840122320.20193357790313.4632636066.659223376997.96581260091
43.96260431454-0.753295684512-3.006786999931.122887380110.4769292263523.303274593910.230672826281-0.1013588783160.2764963774450.135434125052-0.0326912547596-0.0533465537357-0.345995548349-0.00471129568727-0.1302622232950.198305834955-0.02690247186220.00178957463240.613624344422-0.08654368608670.11437181023219.1888208214.0086357157616.264184686
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 52 )AA1 - 521 - 52
22chain 'B' and (resid 2 through 52 )BB2 - 521 - 51
33chain 'C' and (resid 3 through 52 )CC3 - 521 - 50
44chain 'D' and (resid 1 through 52 )DD1 - 521 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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