ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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BUSTER | 2.10.3精密化 | | XDS | | データ削減 | | XSCALE | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7R3P 解像度: 2.2→41.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.178
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.196 | 774 | 5.15 % | RANDOM |
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Rwork | 0.17 | - | - | - |
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obs | 0.172 | 15039 | 99.8 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso max: 114.87 Å2 / Biso mean: 34.45 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.9952 Å2 | 0 Å2 | -1.9378 Å2 |
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2- | - | -1.0888 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.0937 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→41.08 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2454 | 0 | 11 | 100 | 2565 |
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Biso mean | - | - | 50.09 | 35.04 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 311 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | 数 | Restraint function | Weight | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d824 | SINUSOIDAL2 | | X-RAY DIFFRACTION | t_trig_c_planes | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes425 | HARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_it2544 | HARMONIC20 | | X-RAY DIFFRACTION | t_nbd0 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_improper_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_pseud_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion316 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_sum_occupancies | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_distance | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact2752 | SEMIHARMONIC4 | | X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d2544 | HARMONIC2 | 0.01 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg3459 | HARMONIC2 | 1.08 | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion | | | 3.77 | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion | | | 18.36 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 38
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.4476 | 21 | 5.3 % |
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Rwork | 0.2689 | 375 | - |
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all | 0.2786 | 396 | - |
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obs | - | - | 96.81 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.6848 | -0.4485 | 1.0356 | 1.1893 | -0.2286 | 1.64 | -0.0301 | -0.0298 | 0.1032 | -0.0038 | -0.0058 | -0.1736 | -0.0099 | 0.0648 | 0.0359 | -0.0721 | 0.0048 | -0.0086 | -0.1174 | -0.0045 | -0.0782 | -0.0719 | 3.0715 | 25.4537 | 2 | 2.1364 | -0.6779 | 0.5773 | 2.7096 | 0.2121 | 1.4164 | 0.0506 | 0.041 | -0.1828 | -0.4317 | -0.0291 | 0.3667 | 0.1143 | -0.0754 | -0.0215 | 0.2008 | 0.0007 | -0.0784 | 0.0658 | -0.0095 | 0.0892 | -18.1552 | -3.2542 | 8.3964 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { A|* }A0 - 156 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { B|* }B2 - 155 | | | | |
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