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Yorodumi- PDB-7r5p: Strep-tag FtrA-P19 from Rubrivivax gelatinosus in complex with co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r5p | ||||||
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Title | Strep-tag FtrA-P19 from Rubrivivax gelatinosus in complex with copper and iron | ||||||
Components | FtrA-P19 protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Copper binding / iron transport | ||||||
Function / homology | COPPER (I) ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Rubrivivax gelatinosus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.68 Å | ||||||
Authors | Morera, S. / Vigouroux, A. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2022 Title: New insights into the mechanism of iron transport through the bacterial Ftr system present in pathogens. Authors: Steunou, A.S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Plancqueel, S. / Boussac, A. / Ouchane, S. / Morera, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r5p.cif.gz | 391.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r5p.ent.gz | 319.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r5p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7r5p_validation.pdf.gz | 472.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7r5p_full_validation.pdf.gz | 477.1 KB | Display | |
Data in XML | 7r5p_validation.xml.gz | 37 KB | Display | |
Data in CIF | 7r5p_validation.cif.gz | 52.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5p | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7r3pSC 7r3sC 7r4uC 7r4vC 7r4zC 7r5eC 7r5gC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21525.312 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rubrivivax gelatinosus (bacteria) / Gene: EV684_12117 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) #2: Chemical | ChemComp-CU1 / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 25% PEG4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.980115 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.980115 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.68→49 Å / Num. obs: 92927 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.68→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Num. unique obs: 4342 / CC1/2: 0.725 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7R3P Resolution: 1.68→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
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Displacement parameters | Biso max: 132.9 Å2 / Biso mean: 32.94 Å2 / Biso min: 8.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.68→32.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.68→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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