PDB-7r3p: Apoform of the periplasmic FtrA/P19 protein from Rubrivivax gelat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r3p

タイトル

Apoform of the periplasmic FtrA/P19 protein from Rubrivivax gelatinosus (His-tag)

要素

FtrA-P19 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / COPPER BINDING / IRON TRANSPORT

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Rubrivivax gelatinosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Morera, S. / Vigouroux, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: New insights into the mechanism of iron transport through the bacterial Ftr system present in pathogens.
著者: Steunou, A.S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Plancqueel, S. / Boussac, A. / Ouchane, S. / Morera, S.

履歴

登録	2022年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r3p.cif.gz	147.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r3p.ent.gz	114.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r3sC 7r4uC 7r4vC 7r4zC 7r5eC 7r5gC 7r5pC 3lzlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FtrA-P19 protein

B: FtrA-P19 protein

ヘテロ分子

39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.160, 80.300, 82.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FtrA-P19 protein 分子量: 19473.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rubrivivax gelatinosus (バクテリア) 遺伝子: EV684_12117 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 2 M AS, 0.1 M citrate sodium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→48.12 Å / Num. obs: 78363 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 21.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / Num. unique obs: 12299 / CC_1/2: 0.718

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LZL

3lzl

解像度: 1.4→48.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.057 / SU R_free Blow DPI: 0.058 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.054

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	3919	5 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.18	78363	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.96 Å² / B_iso mean: 26.52 Å² / B_iso min: 13.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9282 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5104 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5822 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→48.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2478	0	33	400	2911
B_iso mean	-	-	44.14	39.63	-
残基数	-	-	-	-	314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	889	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	459	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2694	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	338	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3385	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2694	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3685	HARMONIC	2	1.11
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				4.81
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.63

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.41 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3463	78	4.97 %
R_work	0.3042	1490	-
all	0.3064	1568	-
obs	-	-	88.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6794	0.1889	-0.1994	0.4683	-0.1112	0.5549	0.0051	-0.0076	-0.0808	0.0083	-0.0042	0.0181	0.0322	-0.0071	-0.0009	-0.0451	0.0035	-0.0096	-0.032	-0.0002	-0.0233	0.1493	-26.3914	-3.5813
2	0.6698	-0.1507	0.0756	0.7412	-0.391	0.8665	0.0382	0.1556	0.0879	-0.1225	-0.0948	-0.0531	-0.0756	0.0574	0.0565	0.112	0.0082	0.0041	0.1289	0.0186	0.0993	13.9042	-10.0132	-18.0789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	1 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	1 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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