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- PDB-7r3x: The crystal structure of the L439V variant of Pol2CORE in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3x
タイトルThe crystal structure of the L439V variant of Pol2CORE in complex with DNA and an incoming nucleotide
要素
  • DNA Primer
  • DNA Template
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ ...gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication proofreading / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mRNA binding / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily ...DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Barbari, S.R. / Beach, A.K. / Markgren, J.G. / Parkash, V. / Johansson, E. / Shcherbakova, P.V.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Cancerfonden スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Enhanced polymerase activity permits efficient synthesis by cancer-associated DNA polymerase ε variants at low dNTP levels.
著者: Barbari, S.R. / Beach, A.K. / Markgren, J.G. / Parkash, V. / Moore, E.A. / Johansson, E. / Shcherbakova, P.V.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
P: DNA Primer
T: DNA Template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4097
ポリマ－144,7783
非ポリマー6304
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area51990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.505, 70.685, 111.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / 3'-5' exodeoxyribonuclease / DNA polymerase II subunit A


分子量: 136596.016 Da / 分子数: 1 / 変異: L439V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 DNA Primer


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA Template


分子量: 4889.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 100分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8 % PEG 20K , 150 mM NaAc, 0-1,5% Glycerol, 50 mM MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→45.78 Å / Num. obs: 61906 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.25 % / Biso Wilson estimate: 56.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.944 / Net I/σ(I): 7.95
反射 シェル解像度: 2.46→2.65 Å / 冗長度: 4.25 % / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 12304 / CC1/2: 0.596 / Rrim(I) all: 0.944 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4m8o

4m8o


解像度: 2.46→45.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 27.253 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 3070 5 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
obs0.2119 58947 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.75 Å2 / Biso mean: 73.254 Å2 / Biso min: 29.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.31 Å2-0 Å20.23 Å2
2--1.13 Å2-0 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.46→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9036 529 36 96 9697
Biso mean--54.32 54.96 -
残基数----1148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0139880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0158979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.65113469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2971.57920721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99351118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50222.696497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.397151626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5281554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022232
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.524 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 211 -
Rwork0.358 4363 -
all-4574 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3745-0.2266-0.69160.6980.15911.1197-0.0796-0.2565-0.12060.1182-0.0072-0.0304-0.00030.05540.08690.07660.0133-0.09450.05740.01870.172627.8668-6.286521.2368
21.9972.5556-2.06877.48361.13926.0773-0.0789-0.23280.283-0.55140.37870.1322-0.73090.5977-0.29970.29030.0527-0.17210.377-0.11650.241435.07190.873638.7631
35.0257-0.01011.78370.38681.04934.9230.0271-0.6230.1439-0.06040.0974-0.242-0.53430.3856-0.12460.1466-0.0775-0.12710.20710.00020.357734.55152.283333.4
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 1304
2X-RAY DIFFRACTION2P1 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3T2 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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