PDB-7r3t: Crystal structure of the Dimeric C-terminal Big_2-CBM56 domains f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r3t

タイトル

Crystal structure of the Dimeric C-terminal Big_2-CBM56 domains from Paenibacillus illinoisensis (Bacillus circulans IAM1165) beta-1,3-glucanase H

要素

Beta-1,3-glucanase bglH

キーワード

HYDROLASE / laminarinase / GH16 sub-family 8 / Big_2 / CBM56

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus illinoisensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.109 Å

データ登録者

Najmudin, S. / Venditto, I. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.

資金援助

ポルトガル, European Union, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and biochemical characterization of C-terminal Big_2-CBM56 domains of Paenibacillus illinoisensis IAM1165 beta-1,3-glucanase H and Paenibacillus sp CBM56
著者: Najmudin, S. / Venditto, I. / Pires, V.R. / Caseiro, C. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.

履歴

登録	2022年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r3t.cif.gz	256.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r3t.ent.gz	202.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r3t_validation.pdf.gz	753.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r3t_full_validation.pdf.gz	762.2 KB	表示
XML形式データ	7r3t_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	7r3t_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r1nC 7quzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-1,3-glucanase bglH

B: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-1,3-glucanase bglH

B: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

A: Beta-1,3-glucanase bglH

B: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: This tetramer is seen in two other crystal forms ie pdbs 7quz and 7r1n
87.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.630, 76.380, 106.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-410- HOH
2	1	A-453- HOH
3	1	B-443- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-1,3-glucanase bglH 分子量: 21407.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Big_2-CBM56 domains 由来: (組換発現) Paenibacillus illinoisensis (バクテリア) 遺伝子: bglH, beta-1,3-glucanase / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45095

-
非ポリマー , 5種, 113分子

#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20/30/50 mg/ml Protein concentration in 0.2 Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5. 30% v/v PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.109→50.63 Å / Num. obs: 22371 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.1 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.95-50.63	3.4	0.028	363	0.999	0.024	0.037
2.11-2.17	3	0.88	1566	0.365	0.806	1.197

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QUZ

7quz

解像度: 2.109→45.797 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 17.446 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2962	1055	4.719 %
R_work	0.2206	21303	-
all	0.224	-	-
obs	-	22358	90.934 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.529 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.605 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.924 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.109→45.797 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2666	0	46	106	2818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.938	1.649	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.315	1.57	5950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.808	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.866	26.731	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.368	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.228	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.28	2.365	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.279	2.364	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.1	3.539	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.1	3.541	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.373	2.552	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.372	2.554	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.284	3.763	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.284	3.765	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.273	28.962	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.242	28.877	2834

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.109-2.164	0.332	57	0.359	1351	X-RAY DIFFRACTION	80
2.164-2.223	0.339	61	0.32	1356	X-RAY DIFFRACTION	80.7407
2.223-2.287	0.374	77	0.301	1326	X-RAY DIFFRACTION	83.2641
2.287-2.358	0.298	68	0.276	1339	X-RAY DIFFRACTION	85.4281
2.358-2.435	0.323	69	0.267	1344	X-RAY DIFFRACTION	87.4381
2.435-2.521	0.359	59	0.276	1329	X-RAY DIFFRACTION	89.7801
2.521-2.616	0.331	86	0.268	1305	X-RAY DIFFRACTION	92.8571
2.616-2.722	0.298	58	0.243	1303	X-RAY DIFFRACTION	94.7112
2.722-2.843	0.365	67	0.229	1269	X-RAY DIFFRACTION	96.8116
2.843-2.982	0.374	63	0.226	1236	X-RAY DIFFRACTION	96.365
2.982-3.143	0.354	50	0.207	1167	X-RAY DIFFRACTION	96.1295
3.143-3.334	0.34	45	0.208	1117	X-RAY DIFFRACTION	96.995
3.334-3.564	0.193	54	0.207	1041	X-RAY DIFFRACTION	97.1606
3.564-3.849	0.266	53	0.191	984	X-RAY DIFFRACTION	96.7351
3.849-4.216	0.242	56	0.186	890	X-RAY DIFFRACTION	95.6522
4.216-4.712	0.259	33	0.158	811	X-RAY DIFFRACTION	95.0451
4.712-5.439	0.242	38	0.174	713	X-RAY DIFFRACTION	93.9925
5.439-6.658	0.276	31	0.201	605	X-RAY DIFFRACTION	92.1739
6.658-9.397	0.285	22	0.178	508	X-RAY DIFFRACTION	97.2477
9.397-45.797	0.542	8	0.233	309	X-RAY DIFFRACTION	94.3452

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4845	-0.4564	0.9608	0.8992	-1.0684	5.1012	0.046	0.0148	-0.1257	-0.0661	0.064	0.1081	0.5896	-0.5316	-0.1099	0.0822	-0.0875	0.0092	0.1371	-0.0168	0.043	-13.8751	-9.6051	1.23
2	0.8724	0.1012	0.7955	0.8897	-0.1577	5.2665	0.0537	0.077	-0.1309	-0.1783	-0.1086	-0.043	0.6322	0.5607	0.0549	0.1052	0.0842	0.0176	0.0765	0.0093	0.0267	7.2666	-8.972	-2.9626

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	24 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	25 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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