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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r3t | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Dimeric C-terminal Big_2-CBM56 domains from Paenibacillus illinoisensis (Bacillus circulans IAM1165) beta-1,3-glucanase H | |||||||||
要素 | Beta-1,3-glucanase bglH | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / laminarinase / GH16 sub-family 8 / Big_2 / CBM56 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Paenibacillus illinoisensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.109 Å | |||||||||
データ登録者 | Najmudin, S. / Venditto, I. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P. | |||||||||
資金援助 | ポルトガル, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural and biochemical characterization of C-terminal Big_2-CBM56 domains of Paenibacillus illinoisensis IAM1165 beta-1,3-glucanase H and Paenibacillus sp CBM56 著者: Najmudin, S. / Venditto, I. / Pires, V.R. / Caseiro, C. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r3t.cif.gz | 256.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r3t.ent.gz | 202.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r3t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7r1nC 7quzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21407.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Big_2-CBM56 domains 由来: (組換発現) Paenibacillus illinoisensis (バクテリア) 遺伝子: bglH, beta-1,3-glucanase / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45095 |
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-非ポリマー , 5種, 113分子
#2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG6 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20/30/50 mg/ml Protein concentration in 0.2 Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5. 30% v/v PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.109→50.63 Å / Num. obs: 22371 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QUZ 解像度: 2.109→45.797 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 17.446 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.116 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.109→45.797 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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