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- PDB-7r3h: PROSS optimitzed variant of RhlR (75 mutations) in complex with n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3h
タイトルPROSS optimitzed variant of RhlR (75 mutations) in complex with native autoinducer C4-HSL
要素PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
キーワードTRANSCRIPTION / QUORUM SENSING / LuxR-type TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PSEUDOMONAS / DNA BINDING PROTEIN / GENE REGULATION / mBTL / rhamnolipid
機能・相同性N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]butanamide
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Henke, S. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)281361126/GRK2223 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Moonlighting chaperone activity of the enzyme PqsE contributes to RhlR-controlled virulence of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / ...著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / Bronstrup, M. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
A: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
C: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
D: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5336
ポリマ－111,1904
非ポリマー3422
水00
1
B: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
A: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9384
ポリマ－55,5952
非ポリマー3422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
2
C: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations
D: PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5952
ポリマ－55,5952
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.952, 91.560, 117.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
PROSS optimized variant of RhlR with 75 mutations


分子量: 27797.574 Da / 分子数: 4
変異: L9D: D12E: G13D: P20S: H22T: G26E: G46C: T50P: K57R: T58I: E59F: V60M: H61F: T63N: K66P: L69Q: R71H: M74A: G78F: V80I: A83T: L85R: N86H: G87C: S91G: E92N: M93H: V94I: S99D: D102A: Q103D: ...変異: L9D: D12E: G13D: P20S: H22T: G26E: G46C: T50P: K57R: T58I: E59F: V60M: H61F: T63N: K66P: L69Q: R71H: M74A: G78F: V80I: A83T: L85R: N86H: G87C: S91G: E92N: M93H: V94I: S99D: D102A: Q103D: S104A: R105Q: M106E: N109D: E110D: W114Y: C117R: V118H: L122H: P123S: I124C: R125M: N129G: L130V: L131M: S132G: V133F: D139S: Q140S: Q141P: N142A: S145P: F146H: I151L: L155M: M158L: T163H: K165T: D168E: E170N: M173S: M175Q: S176P: N177Q: V179I: H183K: Q190R: S197T: G199A: I203K: S206G: H216L: D224N: L230Q
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HL4 / N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]butanamide / N-butyryl-L-homoserine lactone / N-ブタノイル-L-ホモセリンラクトン


分子量: 171.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M NaSCN, 20 % (w/v) PEG 3350 3.5 mg/ml protein Cryoprotectant: 10 % (v/v) (2R,3R) -(-)-2,3-Butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→72.18 Å / Num. obs: 12584 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 82.44 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.35 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.365 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 161488
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.49-3.6813.51.4592432218040.7610.4091.5162.5100
11.04-72.1811.40.0652584620.9980.0180.06326.799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20-4459精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted structure of RhlR with phyre2

解像度: 3.49→70.37 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 594 4.74 %
Rwork0.2227 11942 -
obs0.225 12536 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.72 Å2 / Biso mean: 85.7799 Å2 / Biso min: 37.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.49→70.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7278 0 50 0 7328
Biso mean--108.21 --
残基数----941
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.49-3.840.32031420.263229383080
3.84-4.40.29861430.232629303073
4.4-5.540.25931490.221929803129
5.54-70.370.24081600.201730943254
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.242 Å / Origin y: -5.1102 Å / Origin z: 9.7514 Å
111213212223313233
T0.4522 Å20.0053 Å2-0.0153 Å2-0.4464 Å2-0.0017 Å2--0.451 Å2
L0.1652 °2-0.1332 °20.0477 °2-0.1148 °2-0.033 °2--0.0276 °2
S-0.0791 Å °-0.0299 Å °0.0881 Å °-0.0063 Å °0.0237 Å °0.0791 Å °-0.0073 Å °0.0164 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 241
2X-RAY DIFFRACTION1allB301
3X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 241
4X-RAY DIFFRACTION1allA301
5X-RAY DIFFRACTION1allC5 - 241
6X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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