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- PDB-7r3f: Monomeric PqsE mutant E187R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3f
タイトルMonomeric PqsE mutant E187R
要素2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
キーワードHYDROLASE / QUORUM SENSING / PSEUDOMONAS / PROTEIN / PQS / THIOESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / CACODYLATE ION / : / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Borgert, S.R. / Schmelz, S. / Blankenfeldt, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Moonlighting chaperone activity of the enzyme PqsE contributes to RhlR-controlled virulence of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / ...著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / Bronstrup, M. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9445
ポリマ－34,5741
非ポリマー3714
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.535, 60.174, 128.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase


分子量: 34573.574 Da / 分子数: 1 / 変異: E187R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutation at position 187: E187R
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pqsE, PA1000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20581, 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.16 M CaAcetate, 0.08 M NaCacodylate pH 6.5, 14.4% PEG 8000, 20% Glycerol protein conc: 7.5mg/ml cryoprotectant: 10 % (v/v) (2R,3R) -(-)-2,3-Butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.29 Å / Num. obs: 88338 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 8.08 % / Biso Wilson estimate: 12.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.0384 / Net I/σ(I): 14.36
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 8841 / Rpim(I) all: 0.3157 / % possible all: 95.72

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å29.29 Å
Translation1.8 Å29.29 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HIO

5hio


解像度: 1.65→29.29 Å / SU ML: 0.197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.369
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 2115 4.89 %
Rwork0.2038 41116 -
obs0.2055 43231 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 16 266 2599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74343286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5415337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.28151500.26112683X-RAY DIFFRACTION99.89
1.69-1.730.30491170.25642706X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.780.26871450.25722693X-RAY DIFFRACTION99.93
1.78-1.830.29731740.25552684X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.890.28091220.25852753X-RAY DIFFRACTION99.97
1.89-1.960.26221250.23872691X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.030.25831210.22562725X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.130.26231250.22062741X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.240.26221610.21422706X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.380.23331460.20712743X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.560.22491280.2012747X-RAY DIFFRACTION99.97
2.56-2.820.2441520.1962752X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.230.21491530.18352766X-RAY DIFFRACTION99.93
3.23-4.070.22491530.16122779X-RAY DIFFRACTION99.46
4.07-29.290.18551430.17552947X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2764094687490.0366350807528-0.04292720985160.531551209661-0.132803513350.361997284092-0.0260560394727-0.179510235039-0.10529457190.07178462187370.07586600913320.293492360562-0.00238716552082-0.1754897213280.01106052347480.04310222962660.01644468520620.03386966392580.1060077111770.03290879782590.0872070004753-13.3271122865-12.989000298827.7146946759
20.1819755351620.0712340769445-0.06670088250170.0651868589230.04086000864560.113122438935-0.0149881070636-0.0226445856811-0.013313279699-0.02273917406250.02562383855950.006186777678-0.06577016225130.103072914028-0.002519165379360.0771887100741-0.00234877110748-0.001795541743070.0484903680239-0.01635398675610.06336258880651.16666201295-6.0916669018519.7941772621
30.02526316127040.0212623335512-0.02831751897760.02677614773170.02424949339290.0791767679585-0.02265632733910.07119818828340.0452273716503-0.07427724790810.002982431474650.0122783682977-0.09107405475630.203949912375-0.0009290122372970.106121895699-0.0205188439950.02101410928390.14396304092-0.03816443614340.07813067814637.2255362899-8.168933037763.57983118134
40.2873240760780.1279783951070.02113313802570.08782502838380.01726091007950.0117409634046-0.03640817269490.148478071896-0.215717443259-0.0479759932570.0445725873285-0.0994146124640.0211431488717-0.0569108216874-0.005585462003220.115986707135-0.004917761281490.00553201597630.106149244626-0.04781889038980.0911164797797-1.94087741375-19.78256571124.78231201435
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 18 through 185 )18 - 1851 - 168
22chain 'A' and (resid 186 through 249 )186 - 249169 - 232
33chain 'A' and (resid 250 through 271 )250 - 271233 - 254
44chain 'A' and (resid 272 through 311 )272 - 311255 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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