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Yorodumi- PDB-7r3j: Nativ complex of PqsE and RhlR with the synthetic antagonist mBTL -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r3j | ||||||
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Title | Nativ complex of PqsE and RhlR with the synthetic antagonist mBTL | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / QUORUM SENSING / LuxR-type TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PSEUDOMONAS / DNA BINDING PROTEIN / GENE REGULATION / mBTL / rhamnolipid / PQS | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of pyocyanine biosynthetic process / positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / quorum sensing / secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of proteolysis / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex ...positive regulation of pyocyanine biosynthetic process / positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / quorum sensing / secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of proteolysis / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex / signaling receptor activity / gene expression / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.06 Å | ||||||
Authors | Borgert, S.R. / Schmelz, S. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Moonlighting chaperone activity of the enzyme PqsE contributes to RhlR-controlled virulence of Pseudomonas aeruginosa. Authors: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. ...Authors: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / Bronstrup, M. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r3j.cif.gz | 763.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r3j.ent.gz | 541.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r3j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7r3eC 7r3fC 7r3gC 7r3hC 7r3iC 8b4aC 5hiqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 36428.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: pqsE, PA1000 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P20581, 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase #2: Protein | Mass: 27611.596 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: rhlR, lasM, vsmR, PA3477 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P54292 #3: Chemical | ChemComp-FE / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.52 Å3/Da / Density % sol: 65.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M NaAcetate pH 4.90, 0.970 M (NH4)2HPO4, 10 mM TCEP pH7 equal mixture of His6-PqsE and RhlR (10mg/ml) Cryoprotectant: 20% (w/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 20, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.06→47.47 Å / Num. obs: 25599 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 102.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 17 |
Reflection shell | Resolution: 3.06→3.326 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1830 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.541 / % possible all: 74.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HIQ Resolution: 3.06→47.47 Å / SU ML: 0.507 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.0483 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 112.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.06→47.47 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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