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- PDB-7r3j: Nativ complex of PqsE and RhlR with the synthetic antagonist mBTL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3j
タイトルNativ complex of PqsE and RhlR with the synthetic antagonist mBTL
要素
  • 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
  • Regulatory protein RhlR
キーワードTRANSCRIPTION / QUORUM SENSING / LuxR-type TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PSEUDOMONAS / DNA BINDING PROTEIN / GENE REGULATION / mBTL / rhamnolipid / PQS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pyocyanine biosynthetic process / positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / quorum sensing / secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of proteolysis / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex ...positive regulation of pyocyanine biosynthetic process / positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / quorum sensing / secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of proteolysis / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex / signaling receptor activity / gene expression / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / : ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-K5G / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / HTH-type quorum-sensing regulator RhlR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Borgert, S.R. / Schmelz, S. / Blankenfeldt, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Moonlighting chaperone activity of the enzyme PqsE contributes to RhlR-controlled virulence of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / ...著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / Bronstrup, M. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
B: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
C: Regulatory protein RhlR
D: Regulatory protein RhlR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,02010
ポリマ－128,0804
非ポリマー9406
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.256, 159.256, 284.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 20 or (resid 21...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 286 or (resid 287...
d_1ens_2(chain "C" and ((resid 3 through 4 and (name N...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 3 through 227 or (resid 228...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METASPA4 - 304
d_12ens_1FEFEB
d_21ens_1METASPE1 - 301
d_22ens_1FEFEF
d_11ens_2ASNILEI3 - 241
d_12ens_2K5GK5GJ
d_21ens_2ASNILEK1 - 239
d_22ens_2K5GK5GL

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.987872536261, -0.0723181281373, 0.137397017598), (-0.0839366231351, -0.495720375376, -0.864416538906), (0.130623487164, -0.865466000361, 0.483638405031)-55.2150910752, -109.504650267, -58.6708809411
2given(-0.986370503104, -0.0792357490257, 0.144204461385), (-0.131098358173, -0.151154598546, -0.97977829524), (0.0994306345715, -0.985329378134, 0.138706760808)-64.6707174423, -87.9821141405, -69.6001868837

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要素

#1: タンパク質 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase


分子量: 36428.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pqsE, PA1000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20581, 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
#2: タンパク質 Regulatory protein RhlR / Elastase modulator


分子量: 27611.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: rhlR, lasM, vsmR, PA3477 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54292
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-K5G / 4-(3-bromophenoxy)-N-[(3S)-2-oxothiolan-3-yl]butanamide


分子量: 358.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16BrNO3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M NaAcetate pH 4.90, 0.970 M (NH4)2HPO4, 10 mM TCEP pH7 equal mixture of His6-PqsE and RhlR (10mg/ml) Cryoprotectant: 20% (w/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→47.47 Å / Num. obs: 25599 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 102.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 3.06→3.326 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1830 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.541 / % possible all: 74.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HIQ

5hiq


解像度: 3.06→47.47 Å / SU ML: 0.507 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.0483
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2893 1248 4.88 %
Rwork0.269 24344 -
obs0.27 25592 73.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 112.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→47.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8623 0 44 23 8690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00288867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.612512041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04061308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.26663279
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.10295873795
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.69512143915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.190.5268300.4934461X-RAY DIFFRACTION12.92
3.19-3.330.4392660.38541338X-RAY DIFFRACTION37.18
3.33-3.510.35371040.38411819X-RAY DIFFRACTION50.87
3.51-3.730.45451110.37542462X-RAY DIFFRACTION67.55
3.73-4.010.36741750.33893365X-RAY DIFFRACTION92.12
4.01-4.420.33492010.29093641X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.060.30751610.25843676X-RAY DIFFRACTION100
5.06-6.370.26922040.27183699X-RAY DIFFRACTION99.92
6.37-47.470.21471960.20673883X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.265626671911.50592795919-0.7535477766631.90778271414-0.04853835463351.40422039161-0.359037763955-0.307747550037-0.925953168260.743338178243-0.464949145609-0.739862953726-0.4399356366490.4124172851090.5489460183010.700297771285-0.0884132742061-0.5059222689020.5329328879580.1739815881491.265255275515.0693758378-64.7480745847-24.6785888741
22.651885013410.1221647058070.3841338531881.71440865909-1.607485997651.58966489103-0.0885555413474-1.161445472110.06363668874261.25212543009-0.0301509654441-0.806368236521-0.2662239039960.0531224467874-0.04228598482661.57697676136-0.194240451273-0.8995838449061.1620996034-0.02193191189831.212825640698.74175770848-57.0591251679-11.7541094442
35.39461338485-0.417833932195-0.7514454173923.98441715568-0.106891356212.17902464416-0.01915682844020.1505594167050.07099919759330.804939365733-0.1858503139970.013482709194-0.732052923035-0.01990656143870.1126286757910.7754222638130.0401972469701-0.2032120674940.28791313287-0.04273982283310.380474598431-12.2683942662-56.8858679761-26.5897889022
40.49818966716-0.3705356083660.08470518637151.27213302846-0.5854771613660.286938921803-0.116361759462-0.486539016708-0.2043443534090.8797177296760.1087181193910.0049842348294-0.1315394155140.186259798413-0.1844923238792.331395418730.4565972292130.0407921462050.7985788461120.1069202834950.651746977354-17.4892575434-54.9321282156-8.04668296552
50.807317760937-0.4114953189540.03671336123311.0905046140.3931609851390.190642990421-0.168423538953-0.383114455041-0.4390946094920.7301644893250.4475408019510.94152313874-0.241318654483-0.2163051682630.125420683841.945042789110.8625878738461.13209959451.22827193830.5693861753442.04122607623-56.7152139891-52.79657215-9.97707612538
60.870666477521-0.4284271084180.1073813022490.273496099954-0.176198882550.216426429604-0.0675243345046-0.109807700602-0.6715639178870.6852073448620.4003627224171.18866497537-0.229994436535-0.6529940889850.4613600470271.318462936020.4259672839041.06910234251.093274877880.6984739530752.99256651378-61.2876169068-62.6464696889-19.2222700348
71.75024598689-0.9436685424440.1319202027231.659444780870.1492802280940.8168858381050.0577869963584-0.00504977818305-0.5986627091930.9198592096970.4689185989621.15728726046-0.252361097419-0.248305726984-0.3677787079091.047478601920.5356469990860.7845219161740.5004458721910.245466944221.74770179592-38.1918578178-63.5632047442-20.9955513637
81.96090361595-0.40712454924-1.061588262322.9169785188-0.3106685282330.9499654037960.07113490406590.469721996585-0.273033868524-0.1016968175420.08684311940290.495841739781-0.3638775620150.1827242729610.1603552649720.8441583941540.0774795055935-0.3145219760960.94203152752-0.2841543267210.112512506773-20.9381229409-36.6065297662-47.7524981243
95.80435172307-5.582445632681.957544641579.72957464634-4.293711096181.991220261640.2426275140010.688013700582-0.0994766485779-1.03173077393-1.06298587874-0.551122094978-0.0900845046208-0.5961391506240.4017495196321.39047733229-0.300328672165-0.185813161081.0233685386-0.2241958146970.69819798464-25.6017318842-15.5673802626-49.6150479916
101.450225208850.665185051828-0.410787790383.030798177890.859885534431.20286959215-0.0477027184019-0.02886636161680.356109800554-0.324275820103-0.03818107910440.520503245822-0.3922689940140.1898287662080.1858918887371.22606141670.021897990561-0.5071935887970.902845668432-0.04478845368530.398722353626-39.0606677838-6.96901393523-61.5552486036
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 101 )AA-2 - 1011 - 104
22chain 'A' and (resid 102 through 137 )AA102 - 137105 - 140
33chain 'A' and (resid 138 through 253 )AA138 - 253141 - 256
44chain 'A' and (resid 254 through 301 )AA254 - 301257 - 304
55chain 'B' and (resid 1 through 54 )BE1 - 541 - 54
66chain 'B' and (resid 55 through 155 )BE55 - 15555 - 155
77chain 'B' and (resid 156 through 301 )BE156 - 301156 - 301
88chain 'C' and (resid 1 through 169 )CI1 - 1691 - 169
99chain 'C' and (resid 170 through 182 )CI170 - 182170 - 182
1010chain 'C' and (resid 183 through 241 )CI183 - 241183 - 241
1111chain 'D' and (resid 3 through 19 )DK3 - 191 - 17
1212chain 'D' and (resid 20 through 97 )DK20 - 9718 - 95
1313chain 'D' and (resid 98 through 168 )DK98 - 16896 - 166
1414chain 'D' and (resid 169 through 193 )DK169 - 193167 - 191
1515chain 'D' and (resid 194 through 241 )DK194 - 241192 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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