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- PDB-7r3e: Fusion construct of PqsE and RhlR in complex with the synthetic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3e
タイトルFusion construct of PqsE and RhlR in complex with the synthetic antagonist mBTL
要素2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase,Regulatory protein RhlR
キーワードTRANSCRIPTION / QUORUM SENSING / LuxR-type TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PSEUDOMONAS / DNA BINDING PROTEIN / GENE REGULATION / mBTL / rhamnolipid / PQS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pyocyanine biosynthetic process / positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / quorum sensing / secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of proteolysis / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex ...positive regulation of pyocyanine biosynthetic process / positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / quorum sensing / secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of proteolysis / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex / signaling receptor activity / gene expression / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Beta-Lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / 4-Layer Sandwich / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-K5G / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / HTH-type quorum-sensing regulator RhlR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Borgert, S.R. / Schmelz, S. / Blankenfeldt, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Moonlighting chaperone activity of the enzyme PqsE contributes to RhlR-controlled virulence of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / ...著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / Bronstrup, M. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase,Regulatory protein RhlR
B: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase,Regulatory protein RhlR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,6208
ポリマ－131,6802
非ポリマー9406
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area44300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)159.651, 159.651, 288.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 20 or (resid 21...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 70 or resid 72...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METLYSA4 - 73
d_12ens_1TYRASPA75 - 304
d_13ens_1GLYILEA309 - 545
d_14ens_1FEFEB
d_15ens_1FEFEC
d_16ens_1K5GK5GE
d_21ens_1METLYSF1 - 70
d_22ens_1TYRILEF72 - 538
d_23ens_1FEFEG
d_24ens_1FEFEH
d_25ens_1K5GK5GJ

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.958137545896, -0.122024580136, 0.259002789535), (-0.236562541907, -0.172172960344, -0.956239842034), (0.161278042245, -0.977479653788, 0.136098932842)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.958137545896, -0.122024580136, 0.259002789535), (-0.236562541907, -0.172172960344, -0.956239842034), (0.161278042245, -0.977479653788, 0.136098932842)
ベクター: -57.1148392797, -92.3608277728, -70.8983872578)

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要素

#1: タンパク質 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase,Regulatory protein RhlR / Elastase modulator


分子量: 65839.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PqsE-XTEN30-RhlR fusion construct,PqsE-XTEN30-RhlR fusion construct
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pqsE, PA1000, rhlR, lasM, vsmR, PA3477 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20581, UniProt: P54292, 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-K5G / 4-(3-bromophenoxy)-N-[(3S)-2-oxothiolan-3-yl]butanamide


分子量: 358.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16BrNO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M NaAcetat pH 4.22 1.029 M (NH4)2HPO4 Cryo: 10% (v/v) 2,3-Butandiol protein concentration: 12 mg/ ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.46→144.372 Å / Num. obs: 19574 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 155.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 3.46→3.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 980 / CC1/2: 0.562

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC1.0.5 (20210420)データ削減
autoPROC1.0.5 (20210420)データスケーリング
autoPROC1.0.5 (20210420)data processing
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HIQ

5hiq


解像度: 3.46→53.54 Å / SU ML: 0.4467 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.3229
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 943 4.82 %
Rwork0.2284 18611 -
obs0.229 19554 78.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 175.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.46→53.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8603 0 44 3 8650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.674912028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04171308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.73753272
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 5.64583802085 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.46-3.640.4054200.3625549X-RAY DIFFRACTION16.4
3.64-3.870.3557850.35551753X-RAY DIFFRACTION53.31
3.87-4.170.36271350.31482721X-RAY DIFFRACTION81.58
4.17-4.590.32781830.28023300X-RAY DIFFRACTION99.26
4.59-5.250.25371590.24613363X-RAY DIFFRACTION100
5.25-6.620.27391810.263376X-RAY DIFFRACTION100
6.62-53.540.18351800.17563549X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.65170399523-0.449499944451-0.5107471825147.05917371559-0.4957700466254.41116359762-0.396913571738-0.378781047034-0.3877510040010.88237985353-0.254063376322-0.977080252875-0.1599672610360.8412363130830.4581689655831.06281987724-0.0154966945424-0.2456173241751.345513280830.2033478945121.509809340675.03254598944-66.9173669616-24.924418225
20.837771896579-0.261256342276-0.7492050521122.68716673163-3.094103690844.913580793510.895241699739-1.04040611242-0.4074935347891.59993852997-0.4269744743190.00886485651493-0.585488711534-0.4393886551720.7746321904612.26868570282-0.243742286225-0.6917507696511.98559612587-0.1027348405321.541322157995.58075993738-51.7239911072-14.8601015062
35.44268545461-1.80674901924-0.2711833451047.65124947023-3.205068273482.29833993767-0.289065827154-0.0232304527620.7154232083760.580188246928-0.465619914872-1.34271109462-0.5135240060080.7062599630610.5153202427031.27140392866-0.177141497677-0.2812246599011.218578200190.1042092560721.581416224893.19340800661-55.6432711508-26.4236970782
46.24495220035-3.16500358188-2.059677224028.357419338722.198573021893.00849429632-0.306535582864-0.510331752228-0.2167642293151.1628074551-0.2343270161810.389306247741-0.37266236481-0.2020420090090.1311446260941.407325090280.0948699715564-0.03636800373361.1678736174-0.07286585788520.939216765808-16.9065300567-58.3175861527-20.8642758017
51.92107724284-1.70633391737-0.09286466240184.829787211912.020970141661.66783588376-0.879504988925-0.821728310974-0.8004400429121.078876828641.43497518221-0.0753592033083-0.229115003668-0.03522581300970.475090313491.967618924590.204904757331-0.01657920426131.79280066969-0.1065627370731.04031750433-19.809424205-43.9874171482-19.3677836084
65.38211178332-1.85491153093-1.03356627451.182699013140.5454532897912.21145943551-0.0145950813590.4617521294890.462513509542-0.8505391336790.1803021802-0.205083616217-0.4650995836110.3146513947140.2282400761811.412912620.130828721112-0.2245190709461.49596817595-0.3054136455181.04460317829-18.3733232878-34.5271560837-52.3018835534
75.19159172277-2.016075512240.132618717395.74163239572-1.456293648753.249919846580.147052719663-0.315726183599-0.834644007512-0.343784658175-0.004334229909350.9357375718980.0828268916496-0.2224133811240.2068761262491.22072891060.0250076133546-0.03671753842881.48663033722-0.02912365388220.978872692076-21.9820445232-40.307970766-49.5403291347
82.4723053903-0.02720088050891.636456314476.33344812294-0.8639603125631.20045831902-0.0896811851643-0.2016847223140.479203791389-0.515554683289-0.2293307330680.106268471862-0.5409184103540.3262897698750.08290092263021.6524172394-0.0554721886087-0.1449184720031.542446755860.03420042566151.12681824798-36.7863122234-9.02546797234-60.114926165
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101.84835411822-1.00595009713-1.216457295243.056007124280.7530526020130.790474277752-0.63609834549-0.334487400684-1.308189444470.9489850478630.114117067562.369382609571.15280398586-0.734239861295-0.9094417855682.036167892490.1366730949170.9441867194261.992701173180.9558260097993.40733589937-59.1632334738-71.8965652944-20.1564517142
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 88 )AA-2 - 881 - 91
22chain 'A' and (resid 89 through 116 )AA89 - 11692 - 119
33chain 'A' and (resid 117 through 168 )AA117 - 168120 - 171
44chain 'A' and (resid 169 through 273 )AA169 - 273172 - 276
55chain 'A' and (resid 274 through 354 )AA274 - 354277 - 327
66chain 'A' and (resid 355 through 429 )AA355 - 429328 - 402
77chain 'A' and (resid 430 through 500 )AA430 - 500403 - 473
88chain 'A' and (resid 501 through 572 )AA501 - 572474 - 545
99chain 'B' and (resid 1 through 88 )BF1 - 881 - 88
1010chain 'B' and (resid 89 through 116 )BF89 - 11689 - 116
1111chain 'B' and (resid 117 through 168 )BF117 - 168117 - 168
1212chain 'B' and (resid 169 through 273 )BF169 - 273169 - 273
1313chain 'B' and (resid 274 through 354 )BF274 - 354274 - 320
1414chain 'B' and (resid 355 through 428 )BF355 - 428321 - 394
1515chain 'B' and (resid 429 through 499 )BF429 - 499395 - 465
1616chain 'B' and (resid 500 through 524 )BF500 - 524466 - 490
1717chain 'B' and (resid 525 through 572 )BF525 - 572491 - 538

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る