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- PDB-7r39: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Sul... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r39

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Sulfolobus acidocaldarius in complex with adenosine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Complex / S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) / S-adenosyl-L-methionine (SAM)

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Popadic, D. / Andexer, J.N.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structure, function and substrate preferences of archaeal S-adenosyl-L-homocysteine hydrolases.
著者: Koeppl, L.H. / Popadic, D. / Saleem-Batcha, R. / Germer, P. / Andexer, J.N.

履歴

登録	2022年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r39.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r39.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7r39_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r39_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	7r39_validation.xml.gz	122.6 KB	表示
CIF形式データ	7r39_validation.cif.gz	160.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r39	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7r37C 7r38C 7r3aC 8codC 8qnoC 3h9uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

E: Adenosylhomocysteinase

F: Adenosylhomocysteinase

G: Adenosylhomocysteinase

H: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

397 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

E: Adenosylhomocysteinase

G: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
199 kDa, 4 ポリマー
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B: Adenosylhomocysteinase

H: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

D: Adenosylhomocysteinase

F: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
199 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.362, 88.364, 138.537
Angle α, β, γ (deg.)	78.863, 74.849, 64.843
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 48699.668 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: ahcY, Saci_0646 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4JAZ7, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 with 200 mM ammonium iodide

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.86 Å / Num. obs: 107558 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 39.32 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.24 / Num. unique obs: 15731 / CC_1/2: 0.936

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H9U

3h9u

解像度: 2.5→46.16 Å / SU ML: 0.3752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.7492
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2817	5267	5.01 %
R_work	0.2292	99957	-
obs	0.2318	105224	87.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25760	0	504	284	26548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	26688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9586	36096
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	4136
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5244	9864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.419	146	0.3033	2996	X-RAY DIFFRACTION	79
2.53-2.56	0.3716	179	0.3049	3215	X-RAY DIFFRACTION	84.07
2.56-2.59	0.3577	190	0.2925	3595	X-RAY DIFFRACTION	94.11
2.59-2.62	0.3388	169	0.3069	3585	X-RAY DIFFRACTION	94.04
2.62-2.66	0.3896	189	0.3261	3435	X-RAY DIFFRACTION	89.24
2.66-2.69	0.4072	179	0.3319	3189	X-RAY DIFFRACTION	84.88
2.69-2.73	0.3264	177	0.296	3577	X-RAY DIFFRACTION	92.94
2.73-2.77	0.3406	201	0.2798	3507	X-RAY DIFFRACTION	93.4
2.77-2.82	0.3167	177	0.2766	3655	X-RAY DIFFRACTION	94.06
2.82-2.86	0.3354	195	0.2776	3549	X-RAY DIFFRACTION	94.21
2.86-2.91	0.3464	194	0.2662	3597	X-RAY DIFFRACTION	93.49
2.91-2.96	0.3553	195	0.272	3500	X-RAY DIFFRACTION	93.33
2.96-3.02	0.3285	179	0.2658	3630	X-RAY DIFFRACTION	93.45
3.02-3.08	0.3389	207	0.2662	3491	X-RAY DIFFRACTION	93.03
3.08-3.15	0.356	188	0.2601	3529	X-RAY DIFFRACTION	92.49
3.15-3.22	0.3147	178	0.2618	3485	X-RAY DIFFRACTION	91.23
3.22-3.3	0.3377	172	0.2554	3496	X-RAY DIFFRACTION	91.22
3.3-3.39	0.3455	173	0.2562	3365	X-RAY DIFFRACTION	87.79
3.39-3.49	0.3291	119	0.2538	2581	X-RAY DIFFRACTION	68.16
3.49-3.61	0.3221	148	0.2511	3113	X-RAY DIFFRACTION	81.4
3.61-3.73	0.3217	93	0.2471	2191	X-RAY DIFFRACTION	56.55
3.73-3.88	0.3147	153	0.2348	2811	X-RAY DIFFRACTION	74.03
3.88-4.06	0.2796	171	0.2046	2830	X-RAY DIFFRACTION	74.56
4.06-4.27	0.2345	205	0.19	3549	X-RAY DIFFRACTION	93.71
4.27-4.54	0.2279	186	0.1782	3562	X-RAY DIFFRACTION	93.7
4.54-4.89	0.2231	202	0.1746	3539	X-RAY DIFFRACTION	92.74
4.89-5.38	0.2033	199	0.1926	3427	X-RAY DIFFRACTION	90.65
5.38-6.16	0.2737	185	0.2068	3398	X-RAY DIFFRACTION	89.24
6.16-7.76	0.2088	187	0.1914	3157	X-RAY DIFFRACTION	82.92
7.76-46.16	0.1583	131	0.159	3403	X-RAY DIFFRACTION	88.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.41794565784	1.13355719135	-0.312433579446	1.98848190029	-0.42785047496	2.38422141037	0.0365787023924	-0.0217880749218	0.165540744808	0.340941104247	-0.0807812788518	0.0775015018058	-0.443223185316	-0.235633509153	0.0631157235038	0.417147898493	0.154039026754	-0.00534803309541	0.239242332099	-0.0250225960532	0.299172309405	-27.4082076417	6.11068622958	-73.8768486082
2	2.26933063084	-0.194624540345	0.656459692124	2.27754524938	0.944683903069	2.16130385068	0.0975049380045	-0.265648645613	0.241900219663	0.498665541588	0.139310494067	0.114791017525	-0.185674591108	-0.563602489611	-0.212261101414	0.574088514804	0.131591356937	0.109578852528	0.43355531191	-0.0171905096118	0.278784010638	-29.0029269013	-0.123182341509	-56.5778167892
3	2.04412973161	-0.811132343896	0.0667561407061	1.29821915204	0.147007317556	1.80556079384	-0.11126601719	-0.00741073678915	-0.164481860231	0.303673099896	0.0237220060403	-0.03199144298	-0.168443976067	-0.152568759832	0.0926897105159	0.248295848544	-0.0181102970524	0.0278860847192	0.149460939448	-0.0207061799713	0.194616562249	-10.6610843125	-15.3601458473	-66.162083562
4	3.43184129105	-0.0335848551337	-0.785733574268	3.08380281499	-0.532142574069	3.78990735655	-0.130787801237	-0.400778618237	0.37581401432	0.0605142598447	0.0609287728301	-0.059890846175	-1.19200035898	0.163682397179	0.0397377532427	0.586264277537	-0.0403966882947	-0.134281675814	0.201781294028	-0.00757692556864	0.322361591071	1.01930806	-2.96434891011	-61.2173332714
5	6.75930800212	0.236953264882	1.26196099035	4.56169850506	-0.563300371592	4.93662878967	-0.0484455150225	-0.56838342582	0.0751240990024	0.150182113014	0.160940990349	-0.404615792193	-1.02338783026	0.40569943128	-0.0511233099824	0.517534361697	-0.0512204002677	-0.0239602324274	0.375528719123	-0.106015197861	0.256581507668	4.43930181457	-0.0947782547803	-67.5280789167
6	2.85914636004	0.665735632748	0.333871956835	2.01720328905	0.327178980473	1.33748630867	0.0312885008349	-0.313174156641	-0.104879974157	0.165822685402	0.0240851422887	0.265333692779	0.030564345786	-0.269988568548	-0.0556803598827	0.25650041715	0.0375312808264	0.0381662890705	0.242609100932	0.00435816158525	0.395950423565	-31.1513603663	-9.22638607102	-69.8671559
7	2.03368385895	0.266809650276	0.537109842972	1.25137998542	-0.415298197476	2.77298890262	0.103671446096	-0.181957365592	0.00130053830588	-0.589449060514	0.265615882053	0.652456960258	0.426518986403	-0.932370344784	-0.230001943302	0.427023631249	-0.112061609735	-0.0195113471271	0.395978945833	-0.0482638004473	0.464645204156	-40.1157957582	-38.1529470197	-74.0357238619
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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