PDB-8qno: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase treated ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qno

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase treated at 368 K from Pyrococcus furiosus in complex with inosine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Complex / S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) / S-adenosyl-L-methionine (SAM)

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.033 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Koeppl, L.H. / Popadic, D. / Andexer, J.N.

資金援助

ドイツ, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structure, function and substrate preferences of archaeal S-adenosyl-L-homocysteine hydrolases.
著者: Koeppl, L.H. / Popadic, D. / Saleem-Batcha, R. / Germer, P. / Andexer, J.N.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qno.cif.gz	194.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qno.ent.gz	145.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qno_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qno_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8qno_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	8qno_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r37C 7r38C 7r39C 7r3aC 8codC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
202 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.714, 111.714, 122.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 421 / Label seq-ID: 21 - 441

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 49620.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: ahcY, PF0343 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P50251, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-NOS / INOSINE 分子量: 268.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.15 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Before crystallization, enzyme was heat treated at 95 degree celsius (or 368 Kelvin). 26% (w/v) PEG 1500 with 100 mM MMT, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.28022 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28022 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.033→48.31 Å / Num. obs: 50113 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 26.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.14 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.2373 / R_pim(I) all: 0.0466 / Net I/σ(I): 15.36
反射シェル	解像度: 2.033→2.106 Å / Num. unique obs: 4818 / CC_1/2: 0.681

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.033→48.308 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.459 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2032	2507	5.003 %
R_work	0.1547	47604	-
all	0.157	-	-
obs	-	50111	99.749 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.033→48.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6648	0	126	300	7074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6918
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.653	9344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.467	1.581	15452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.452	5	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.418	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.002	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.95	10	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.093	10	300
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	6169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.452	3.188	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.45	3.188	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.392	5.721	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.392	5.721	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.218	3.791	3542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.218	3.791	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.423	6.699	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.423	6.698	5125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.67	36.655	7843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.668	36.653	7831
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	13835

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07437	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07437	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.033-2.086	0.314	176	0.3	3340	0.301	3633	0.939	0.94	96.7795	0.296
2.086-2.143	0.252	179	0.216	3403	0.218	3582	0.958	0.968	100	0.204
2.143-2.205	0.274	173	0.197	3275	0.201	3448	0.954	0.974	100	0.18
2.205-2.273	0.223	168	0.198	3201	0.2	3369	0.962	0.974	100	0.178
2.273-2.347	0.206	163	0.164	3095	0.166	3258	0.971	0.984	100	0.144
2.347-2.43	0.222	159	0.165	3016	0.168	3175	0.969	0.983	100	0.142
2.43-2.521	0.202	153	0.152	2902	0.154	3055	0.974	0.986	100	0.129
2.521-2.624	0.221	148	0.151	2810	0.154	2958	0.973	0.987	100	0.126
2.624-2.74	0.216	142	0.149	2691	0.152	2833	0.972	0.987	100	0.125
2.74-2.873	0.195	135	0.155	2573	0.157	2708	0.976	0.986	100	0.131
2.873-3.028	0.228	129	0.149	2470	0.153	2599	0.969	0.987	100	0.128
3.028-3.211	0.217	123	0.159	2324	0.162	2447	0.97	0.984	100	0.139
3.211-3.432	0.19	116	0.162	2207	0.163	2323	0.976	0.984	100	0.144
3.432-3.705	0.199	108	0.15	2055	0.152	2163	0.982	0.987	100	0.138
3.705-4.056	0.173	101	0.132	1906	0.134	2007	0.984	0.99	100	0.123
4.056-4.531	0.174	92	0.121	1740	0.124	1832	0.983	0.992	100	0.118
4.531-5.224	0.177	81	0.124	1544	0.127	1625	0.986	0.992	100	0.121
5.224-6.38	0.192	69	0.158	1333	0.16	1403	0.982	0.989	99.9287	0.15
6.38-8.945	0.154	56	0.129	1064	0.13	1120	0.987	0.992	100	0.127
8.945-48.308	0.204	36	0.162	655	0.164	691	0.978	0.984	100	0.175

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