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Yorodumi- PDB-7r39: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Sul... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7r39 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Sulfolobus acidocaldarius in complex with adenosine | |||||||||
Components | Adenosylhomocysteinase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Complex / S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) / S-adenosyl-L-methionine (SAM) | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationL-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Sulfolobus acidocaldarius (acidophilic) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Saleem-Batcha, R. / Popadic, D. / Andexer, J.N. | |||||||||
| Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024Title: Structure, function and substrate preferences of archaeal S-adenosyl-L-homocysteine hydrolases. Authors: Koeppl, L.H. / Popadic, D. / Saleem-Batcha, R. / Germer, P. / Andexer, J.N. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 7r39.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7r39.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7r39.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 7r39_validation.pdf.gz | 4.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7r39_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | Display | |
| Data in XML | 7r39_validation.xml.gz | 122.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7r39_validation.cif.gz | 160.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r39 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7r37C ![]() 7r38C ![]() 7r3aC ![]() 8codC ![]() 8qnoC ![]() 3h9uS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 48699.668 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Sulfolobus acidocaldarius (acidophilic)Strain: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 Gene: ahcY, Saci_0646 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-ADN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% (w/v) PEG 3350 with 200 mM ammonium iodide |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 11, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→48.86 Å / Num. obs: 107558 / % possible obs: 89.3 % / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 39.32 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. unique obs: 15731 / CC1/2: 0.936 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3H9U Resolution: 2.5→46.16 Å / SU ML: 0.3752 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 36.7492 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 45.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→46.16 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Sulfolobus acidocaldarius (acidophilic)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, 2items
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