PDB-7r1e: Mosquitocidal Cry11Ba determined at pH 10.4 from naturally-occurr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1e

タイトル

Mosquitocidal Cry11Ba determined at pH 10.4 from naturally-occurring nanocrystals by Serial femtosecond crystallography

要素

Pesticidal crystal protein Cry11Ba

キーワード

TOXIN / naturally-occurring crystals mosquitocidal toxin serial femtosecond crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis serovar jegathesan (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Colletier, J.-P. / Sawaya, M.R. / Schibrowsky, N.A. / Cascio, D. / Rodriguez, J.A.

資金援助

フランス, 6件

組織	認可番号	国
French National Research Agency	ANR-17-CE11-0018-01	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-2018-CE11-0005-02	フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)		フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)		フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)	ANR-10-INBS-05-02	フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)	ANR-17-EURE-0003	フランス

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: De novo determination of mosquitocidal Cry11Aa and Cry11Ba structures from naturally-occurring nanocrystals.
著者: Tetreau, G. / Sawaya, M.R. / De Zitter, E. / Andreeva, E.A. / Banneville, A.S. / Schibrowsky, N.A. / Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Grunbein, M.L. / Kovacs, G.N. / Hunter, M.S. / Kloos, M. / ...

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r1e.cif.gz	556.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r1e.ent.gz	408.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qx4C 7qx5C 7qx6C 7qx7C 7qydSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1873154 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pesticidal crystal protein Cry11Ba

B: Pesticidal crystal protein Cry11Ba

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.499, 157.992, 57.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Pesticidal crystal protein Cry11Ba / 81 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryXIB(a) 分子量: 81412.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar jegathesan (バクテリア) 遺伝子: cry11Ba, cry11B, cryXIB(a) 発現宿主: Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア) 参照: UniProt: Q45730
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: in cell / pH: 10.4 / 詳細: crystallized in vivo

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.303351 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.303351 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→35.72 Å / Num. obs: 45243 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 77 % / B_iso Wilson estimate: 32.2 Å² / CC_1/2: 0.985 / R split: 0.224 / Net I/σ(I): 3.98
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 21 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 2204 / CC_1/2: 0.152 / R split: 0.84 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 1 µm² / Pulse duration: 41 fsec. / Pulse energy: 1.1 µJ / Pulse photon energy: 9.5 keV / Source distance: 140 m / Source size: 1 µm² / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery	解説: microfluidic electrokinetic sample holder / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	Carrier solvent: 50% glycerol, 0.1M CAPS buffer pH 10.4 / 解説: microfluidic electrokinetic sample holder / Flow rate: 1 µL/min
Serial crystallography data reduction	Lattices indexed: 15689

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
cctbx.xfel		データ削減
cctbx.prime		データスケーリング
PHENIX	1.20_4459	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7QYD

7qyd

解像度: 2.65→35.72 Å / SU ML: 0.4167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	4525	10 %
R_work	0.2365	40703	-
obs	0.2376	45228	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→35.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9900	0	12	119	10031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	10150
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4083	13794
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.6432	3656

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.68	0.4099	145	0.3662	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.71	0.3516	158	0.3613	1340	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.74	0.3472	145	0.3703	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.78	0.3682	146	0.3414	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.82	0.3473	163	0.3648	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.85	0.3442	150	0.3568	1359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9	0.3259	149	0.3411	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.94	0.2949	150	0.3285	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-2.98	0.2985	149	0.3103	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.03	0.3127	131	0.3105	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.09	0.3139	146	0.3142	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.14	0.3197	128	0.3097	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2	0.2916	149	0.2929	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.27	0.3004	146	0.2782	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.34	0.3128	152	0.2752	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.42	0.2622	149	0.2614	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.5	0.2706	163	0.26	1331	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.5-3.6	0.2687	156	0.2286	1367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.7	0.2331	162	0.2127	1308	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-3.82	0.2195	174	0.213	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-3.96	0.2175	152	0.2155	1323	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.96-4.12	0.2271	151	0.1968	1379	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.3	0.1877	158	0.1744	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.53	0.2001	141	0.1653	1389	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.81	0.1712	150	0.1594	1378	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.81-5.18	0.1733	162	0.1576	1357	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.18-5.7	0.1942	132	0.1831	1404	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7-6.52	0.2082	168	0.2032	1383	X-RAY DIFFRACTION	100
6.52-8.2	0.1873	160	0.2052	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2-35.72	0.215	140	0.1866	1510	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.348886326504	0.184198566957	-0.175692656818	0.0768286247521	-0.051878346963	0.255369134064	-0.0396316099163	-0.0348968410463	0.18513266352	-0.0155050335023	0.00597116666284	0.0383274403697	0.162966265722	0.0592597497212	-0.0203722314931	0.29077844237	0.128213674556	-0.00198837052013	0.277781341937	-0.0356185919973	0.280033053677	23.5883999507	38.6857278937	2.70757322577
2	0.547390415091	-0.00112605671711	-0.275199066946	0.0688602575789	-0.0799816878321	0.191091123137	-0.0335792986243	0.00935278971343	0.275474604778	-0.0279523316345	-0.0103589403172	-0.178302232017	0.223280470845	-0.0378291840174	-0.059744177559	0.30165289388	-0.135333323611	0.00675037321921	0.238172834756	0.0621906142685	0.103270444975	-24.7352592477	39.3753557037	25.6614268318

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain A	A	A - C	12 - 801	1
2	2	chain B	B	D	17 - 655	1 - 621

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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