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- PDB-7qx4: mosquitocidal Cry11Aa determined at pH 7 from naturally-occurring... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qx4
タイトルmosquitocidal Cry11Aa determined at pH 7 from naturally-occurring nanocrystals by Serial femtosecond crystallography
要素Pesticidal crystal protein Cry11Aa
キーワードTOXIN / naturally-occurring crystals mosquitocidal toxin serial femtosecond crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pesticidal crystal protein Cry11Aa
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者De Zitter, E. / Tetreau, G. / Andreeva, E.A. / Coquelle, N. / Colletier, J.-P.
資金援助 フランス, 6件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0018-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-2018-CE11-0005-02 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG) フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: De novo determination of mosquitocidal Cry11Aa and Cry11Ba structures from naturally-occurring nanocrystals.
著者: Tetreau, G. / Sawaya, M.R. / De Zitter, E. / Andreeva, E.A. / Banneville, A.S. / Schibrowsky, N.A. / Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Grunbein, M.L. / Kovacs, G.N. / Hunter, M.S. / Kloos, M. / ...著者: Tetreau, G. / Sawaya, M.R. / De Zitter, E. / Andreeva, E.A. / Banneville, A.S. / Schibrowsky, N.A. / Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Grunbein, M.L. / Kovacs, G.N. / Hunter, M.S. / Kloos, M. / Sierra, R.G. / Schiro, G. / Qiao, P. / Stricker, M. / Bideshi, D. / Young, I.D. / Zala, N. / Engilberge, S. / Gorel, A. / Signor, L. / Teulon, J.M. / Hilpert, M. / Foucar, L. / Bielecki, J. / Bean, R. / de Wijn, R. / Sato, T. / Kirkwood, H. / Letrun, R. / Batyuk, A. / Snigireva, I. / Fenel, D. / Schubert, R. / Canfield, E.J. / Alba, M.M. / Laporte, F. / Despres, L. / Bacia, M. / Roux, A. / Chapelle, C. / Riobe, F. / Maury, O. / Ling, W.L. / Boutet, S. / Mancuso, A. / Gutsche, I. / Girard, E. / Barends, T.R.M. / Pellequer, J.L. / Park, H.W. / Laganowsky, A.D. / Rodriguez, J. / Burghammer, M. / Shoeman, R.L. / Doak, R.B. / Weik, M. / Sauter, N.K. / Federici, B. / Cascio, D. / Schlichting, I. / Colletier, J.P.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pesticidal crystal protein Cry11Aa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4071
ポリマ－72,4071
非ポリマー00
水4,702261
1
A: Pesticidal crystal protein Cry11Aa

A: Pesticidal crystal protein Cry11Aa

A: Pesticidal crystal protein Cry11Aa

A: Pesticidal crystal protein Cry11Aa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,6294
ポリマ－289,6294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area9660 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area97470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.640, 155.690, 171.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

HOH

21A-952-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pesticidal crystal protein Cry11Aa / 72 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryXIA(a)


分子量: 72407.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア)
遺伝子: cry11Aa, cryD, cryIVd, cryXIA(a) / プラスミド: pWF53
発現宿主: Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア)
株 (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P21256
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell / pH: 7
詳細: In cell crystallization by recombinant expression in the Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain 4Q7 devoid of its pBt plasmid.

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→33.55 Å / Num. obs: 24198 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 341.09 % / Biso Wilson estimate: 47.58 Å2 / CC1/2: 1 / R split: 0.107 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 230.58 % / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 1583 / CC1/2: 0.38 / R split: 0.954 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 5 µm2 / Pulse duration: 50 fsec. / Pulse photon energy: 9.8 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: pure water / Crystal conc.: 40000000000 / 解説: GVDN / Filter size: 20 µm / Injector nozzle: GDVN / Jet diameter: 6 µm / Power by: gas
Preparation: crystals rinsed and kept in water after sucrose gradient purification
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 48652 / Frames total: 792623 / Lattices indexed: 1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CRANK2位相決定
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFEL0.8.0データ削減
CrystFEL0.8.0データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→33.55 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 1210 5 %
Rwork0.1715 22986 -
obs0.175 24196 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.8 Å2 / Biso mean: 50.6408 Å2 / Biso min: 19.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→33.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5014 0 0 261 5275
Biso mean---46.15 -
残基数----631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.70.34981320.277425072639
2.7-2.830.32981320.267225192651
2.83-2.980.34131320.256625092641
2.98-3.160.33411340.224425242658
3.16-3.410.29461340.200425462680
3.41-3.750.23581320.170325332665
3.75-4.290.21921360.144225632699
4.29-5.40.17491360.123725812717
5.4-33.550.18721420.135927042846

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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