PDB-7qyd: mosquitocidal Cry11Ba determined at pH 6.5 from naturally-occurri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyd

タイトル

mosquitocidal Cry11Ba determined at pH 6.5 from naturally-occurring nanocrystals by Serial femtosecond crystallography

要素

Pesticidal crystal protein Cry11Ba

キーワード

TOXIN / naturally-occurring crystals mosquitocidal toxin serial femtosecond crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis serovar jegathesan (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

De Zitter, E. / Tetreau, G. / Andreeva, E.A. / Coquelle, N. / Colletier, J.-P. / Sawaya, M.R. / Schibrowsky, N.A. / Cascio, D. / Rodriguez, J.A.

資金援助

フランス, 6件

組織	認可番号	国
French National Research Agency	ANR-17-CE11-0018-01	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-2018-CE11-0005-02	フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)		フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)		フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)	ANR-10-INBS-05-02	フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)	ANR-17-EURE-0003	フランス

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: De novo determination of mosquitocidal Cry11Aa and Cry11Ba structures from naturally-occurring nanocrystals.
著者: Tetreau, G. / Sawaya, M.R. / De Zitter, E. / Andreeva, E.A. / Banneville, A.S. / Schibrowsky, N.A. / Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Grunbein, M.L. / Kovacs, G.N. / Hunter, M.S. / Kloos, M. / ...

履歴

登録	2022年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyd.cif.gz	405.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyd.ent.gz	304.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qx4SC 7qx5C 7qx6C 7qx7C 7r1eC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1873154 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pesticidal crystal protein Cry11Ba

B: Pesticidal crystal protein Cry11Ba

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.245, 158.528, 57.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Pesticidal crystal protein Cry11Ba / 81 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryXIB(a) 分子量: 81412.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar jegathesan (バクテリア) 遺伝子: cry11Ba, cry11B, cryXIB(a) 発現宿主: Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア) 参照: UniProt: Q45730
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: in cell / pH: 6.5 / 詳細: crystallized in vivo

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.304373 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.304373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42.1 Å / Num. obs: 61141 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 57.9 % / CC_1/2: 0.991 / R split: 0.0145 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 17.1 % / Num. unique obs: 2980 / CC_1/2: 0.359 / R split: 0.849 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 1 µm² / Pulse duration: 50 fsec. / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery	解説: microfluidic electrokinetic sample holder / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	解説: microfluidic electrokinetic sample holder
Serial crystallography data reduction	Lattices indexed: 19708

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
cctbx.xfel		データ削減
PHASER		位相決定
cctbx.xfel		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QX4

7qx4

解像度: 2.4→42.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2309	5991	9.8 %
R_work	0.1826	55060	-
all	0.187	-	-
obs	-	55060	99.92 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.446 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.253 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.699 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10064	0	0	622	10686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	9682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.324	1.644	14045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.266	1.577	22260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.112	5	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.531	22.777	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.513	15	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.891	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	8569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.494	4.855	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.487	4.854	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.216	7.267	6329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.216	7.269	6330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.253	5.218	5260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.253	5.218	5261
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.411	7.679	7712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.411	7.68	7713
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.983	55.362	11476
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.964	55.258	11389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.463	0.36	450	0.329	3960	X-RAY DIFFRACTION	99.9094
2.463-2.531	0.346	442	0.305	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.531-2.604	0.334	374	0.29	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.684	0.289	409	0.272	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.684-2.772	0.304	414	0.251	3580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.772-2.869	0.283	387	0.238	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.869-2.978	0.282	400	0.219	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.978-3.099	0.273	352	0.207	3237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.237	0.233	329	0.184	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.237-3.395	0.218	345	0.171	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.395-3.578	0.206	289	0.165	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.578-3.795	0.206	304	0.162	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.795-4.057	0.193	238	0.153	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
4.057-4.381	0.184	262	0.131	2381	X-RAY DIFFRACTION	100
4.381-4.799	0.158	223	0.125	2229	X-RAY DIFFRACTION	100
4.799-5.364	0.175	225	0.124	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
5.364-6.192	0.238	198	0.147	1785	X-RAY DIFFRACTION	100
6.192-7.578	0.215	141	0.167	1552	X-RAY DIFFRACTION	100
7.578-10.694	0.185	126	0.132	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
10.694-42.1	0.197	83	0.19	681	X-RAY DIFFRACTION	94.6716

精密化 TLS

L11: 0 °² / L12: 0 °² / L13: 0 °² / L22: 0 °² / L23: 0 °² / L33: 0 °² / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å² / T12: 0 Å² / T13: 0 Å² / T22: 0 Å² / T23: 0 Å² / T33: 0 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	23.2757	39.1654	2.9682
2	-24.9918	39.9813	25.4671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	12 - 658
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	16 - 656

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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