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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qw5 | ||||||
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タイトル | Adenine-specific DNA methyltransferase M.BseCI complexed with AdoHcy and cognate unmethylated DNA duplex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Methyltransferase / DNA-modification / Adenine-N6 methylation / Base flipping | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M. | ||||||
資金援助 | ギリシャ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of M.BseCI DNA methyltransferase from Geobacillus stearothermophilus. 著者: Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qw5.cif.gz | 297 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qw5.ent.gz | 211.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qw5_validation.pdf.gz | 694.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qw5_full_validation.pdf.gz | 697.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qw5_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qw5_validation.cif.gz | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qw5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qw6C 7qw7C 7qw8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67761.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: bseCIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P43423, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 400, Tris-HCl, KCl, magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→42.91 Å / Num. obs: 38301 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 53.09 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3358 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→28.49 Å / SU ML: 0.3151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.4985 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.7 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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