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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qw8 | ||||||
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Title | Adenine-specific DNA methyltransferase M.BseCI | ||||||
![]() | Modification methylase BseCI | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Methyltransferase / DNA-modification / Adenine-N6 methylation / Base flipping | ||||||
Function / homology | ![]() N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of M.BseCI DNA methyltransferase from Geobacillus stearothermophilus. Authors: Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 358.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 449.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qw5SC ![]() 7qw6C ![]() 7qw7C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999959567523, 0.00141881611991, -0.0088797679987), (0.00179619653349, -0.999089045779, 0.0426362789546), (-0.00881118589669, -0.0426505048728, -0.999051198607)Vector: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999959567523, 0.00141881611991, -0.0088797679987), Vector: |
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Components
#1: Protein | Mass: 67761.094 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: bseCIM / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P43423, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: microdialysis / pH: 6.6 / Details: PEG, MES, ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 283 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 4, 1996 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.927 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→24.71 Å / Num. obs: 46250 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 46.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4485 / % possible all: 94.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7QW5 Resolution: 2.5→24.71 Å / SU ML: 0.2721 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.8276 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.8 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→24.71 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.813933024697 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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