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万見
- PDB-7qw7: Adenine-specific DNA methyltransferase M.BseCI complexed with Ado... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qw7
タイトルAdenine-specific DNA methyltransferase M.BseCI complexed with AdoHcy and cognate fully methylated DNA duplex
要素
  • (Fully methylated DNA duplex) x 2
  • Modification methylase BseCI
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / DNA-modification / Adenine-N6 methylation / Base flipping
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / Type II methyltransferase M.BseCI
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
Not funded ギリシャ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of M.BseCI DNA methyltransferase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modification methylase BseCI
Z: Fully methylated DNA duplex
Y: Fully methylated DNA duplex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2644
ポリマ－73,8793
非ポリマー3841
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.010, 88.010, 155.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Modification methylase BseCI / M.BseCI / Adenine-specific methyltransferase BseCI


分子量: 67761.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: bseCIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43423, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: DNA鎖 Fully methylated DNA duplex


分子量: 3059.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
#3: DNA鎖 Fully methylated DNA duplex


分子量: 3059.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: Glycerol ethoxylate, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.01 Å / Num. obs: 19732 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 72.05 Å2 / CC1/2: 0.927 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.68 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.317 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2101 / CC1/2: 0.189 / Rpim(I) all: 1.325 / Rrim(I) all: 2.683 / Χ2: 0.81 / % possible all: 82.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QW5

7qw5


解像度: 2.6→44.01 Å / SU ML: 0.4861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 973 4.95 %Random selection
Rwork0.1981 18677 --
obs0.1991 19650 93.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.9 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4472 402 26 47 4947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00845048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89366902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0525755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.55261920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.45541210.40782341X-RAY DIFFRACTION82.34
2.74-2.910.3441460.31972799X-RAY DIFFRACTION98.86
2.91-3.130.3111450.28332827X-RAY DIFFRACTION99.13
3.13-3.440.29031460.25672724X-RAY DIFFRACTION99.38
3.47-3.950.19141180.19312280X-RAY DIFFRACTION84.92
3.95-4.970.16561530.15712834X-RAY DIFFRACTION99.6
4.97-44.010.18681440.162872X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.345119520480.157471349730.9803954330781.909149045650.5119422429783.667929018160.215518494494-0.67590320815-0.156615176461-0.133614549621-0.3543491595240.198042466614-0.283379423627-1.014637265750.298416238310.181533308503-0.02315271086970.03009312546430.423405342699-0.01762171666790.25742715313258.264849664657.517150284314.0517835949
20.209158417518-0.50264251067-0.3937060179713.17487313373-0.1617860585711.44188704472-0.1022707038310.188810271283-0.3697953411780.7893838816450.2396104678450.285884015579-0.269421831650.2606260952360.9432190374070.546577948433-0.128939023822-0.01723235638860.616370488433-0.071452542610.37159317217756.510108859456.946823157516.4151263755
31.89660837770.819266379201-0.5448255462572.918080858180.1632363902612.06140553420.0163160985128-0.01254002659180.168716909366-0.07153089240770.04820729905010.0924304806884-0.303318939889-0.08345626696981.59065201111E-80.642058744008-0.01687441105490.002987136577920.5569663852920.006364731294450.5860706778572.770282293175.77215520062.67443921234
41.9602582612-0.007238670110460.4293747976262.72803975285-0.4836702980822.00754595281-0.0570607847028-0.0908497753783-0.2558879355750.07024743875560.152639894647-0.4382911000850.1483997979510.3178653285688.79870606988E-80.5789732947750.03212540698970.002786391187660.542250978732-0.06400357439110.63422719672180.789246106957.79924159386.03666777243
52.318518727220.0734901879987-0.2333026084491.918406020110.192076217091.439545646580.109820561815-0.299192647938-0.04991578831180.234981590229-0.1114460119740.1434677564550.412228989821-0.17876812790.000108562135930.616392351915-0.1087286833770.0313408184490.5292114165810.0366339674680.50333775227253.099281672143.29668118716.9332568312
60.490411110191-0.3568353714690.127955606550.413071890818-0.3172010617730.3793720463950.144728419471-0.115865775191-0.3480093845960.418806126077-0.368418605067-0.0977513515950.7598739558710.0389583626625-0.00256650044751.06812415056-0.035017405842-0.02273868777660.5489964221760.158541819110.74901467629371.142846288125.490988883918.6376755267
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'Z' and (resid 1 through 10 )ZD1 - 10
22chain 'Y' and (resid 11 through 20 )YD11 - 20
33chain 'A' and (resid 9 through 192 )AA9 - 1921 - 172
44chain 'A' and (resid 193 through 309 )AA193 - 309173 - 286
55chain 'A' and (resid 310 through 534 )AA310 - 534287 - 511
66chain 'A' and (resid 535 through 576 )AA535 - 576512 - 553

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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