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- PDB-7quf: The STK17A (DRAK1) Kinase Domain Bound to CK156 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7quf
タイトルThe STK17A (DRAK1) Kinase Domain Bound to CK156
要素Serine/threonine-protein kinase 17A
キーワードTRANSFERASE / Kinase Inhibitor Small-molecule binder Macrocycle
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 17A, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F8I / Serine/threonine-protein kinase 17A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mathea, S. / Preuss, F. / Chatterjee, D. / Dederer, V. / Kurz, C. / Hanke, T. / Knapp, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Illuminating the Dark: Highly Selective Inhibition of Serine/Threonine Kinase 17A with Pyrazolo[1,5- a ]pyrimidine-Based Macrocycles.
著者: Kurz, C.G. / Preuss, F. / Tjaden, A. / Cusack, M. / Amrhein, J.A. / Chatterjee, D. / Mathea, S. / Berger, L.M. / Berger, B.T. / Kramer, A. / Weller, M. / Weiss, T. / Muller, S. / Knapp, S. / Hanke, T.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 17A
B: Serine/threonine-protein kinase 17A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7994
ポリマ－63,0082
非ポリマー7912
水27015
1
A: Serine/threonine-protein kinase 17A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9002
ポリマ－31,5041
非ポリマー3951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase 17A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9002
ポリマ－31,5041
非ポリマー3951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.070, 83.066, 115.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 17A / DAP kinase-related apoptosis-inducing protein kinase 1


分子量: 31504.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK17A, DRAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UEE5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-F8I / ~{N}-~{tert}-butyl-7,10-dioxa-13,17,18,21-tetrazatetracyclo[12.5.2.1^{2,6}.0^{17,20}]docosa-1(20),2(22),3,5,14(21),15,18-heptaene-5-carboxamide


分子量: 395.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG3350, 0.2 M ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.27 Å / Num. obs: 21966 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 70.02 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2158 / CC1/2: 0.908

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.1.017精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LM0

3lm0


解像度: 2.6→49.27 Å / SU ML: 0.4263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.64 / 位相誤差: 32.3566
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2937 1121 5.1 %
Rwork0.2315 20845 -
obs0.2347 21966 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3769 0 58 15 3842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95965328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.203599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.4151530.342525X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-2.860.34091360.27472591X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.040.35121220.27412579X-RAY DIFFRACTION99.93
3.04-3.280.39341360.29032593X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.610.29911430.23432588X-RAY DIFFRACTION99.85
3.61-4.130.26391520.22512583X-RAY DIFFRACTION99.67
4.13-5.20.25031270.19842643X-RAY DIFFRACTION99.43
5.2-49.270.28681520.22032743X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.07564822671-1.287563155963.138039569542.223181930421.812952657798.450363289050.2156586793350.1807173457760.2832042166340.1307529290070.269770321760.3640622220860.00253689393813-0.25201213333-0.4543652902850.491551448442-0.0005237557162190.04270395016120.412169612450.1734920521390.94395002903-17.838741657312.12109700131.4878790184
22.79989937595-1.3127397779-1.856108714633.413816963741.292308303142.582574524130.138021908350.2414893045490.288833528291-0.1981908667940.0125995421302-0.261884565062-0.0899020620208-0.266231228453-0.1600437871010.440380649964-0.00555537167219-0.008033176575730.3625384577650.06999705595080.686408356739-8.42560376601-0.43048334339829.6431031793
30.9214220807391.96046978708-0.7089253014384.84946798215-1.275860225551.83862260192-0.113300309329-0.2083857814030.4176265783020.182605482914-0.364378851561-1.372830753330.8271468772020.7790736226460.567486650320.637076831770.1938766632120.0003273231790680.61930334660.07372211304780.907883247707-2.36441341783-11.905599273644.2629505923
40.972917077415-2.866465499112.41789596489.51435885593-7.432222021575.95087824442-0.326212744715-0.0372479576560.336533270557-0.324616185063-0.58938829945-0.2946454256951.902287130170.2515821719160.8983430055631.199632559810.2143152018190.2131725844330.73505950970.06319745158950.637758923972-2.43139056113-26.437126790649.6719850826
54.79207051930.0341911170750.272164209373.367794025660.5767740990547.58962218109-0.01767264772330.0114908456015-0.387406320604-0.238581310952-0.234233372027-0.3740310082760.914899387584-0.3884524522240.258441406010.610354816652-0.01535252103470.1517993659920.276891220646-0.0514791504330.684068008718-6.09682297979-21.472457932823.7059782654
63.32571746778-1.466329190260.03830837739165.217944538082.07511023588.40793276233-0.1183230478510.154959735948-0.142546628186-0.158112294564-0.1035067688120.5438422242780.405654518883-0.02886831929190.1943910836260.413034075506-0.1636426930820.05880577825730.618346399628-0.1132195619760.577042799928-37.0919098383-24.185647503143.5731605745
70.6492168137850.00453131405987-0.2369270016321.099334954591.507891180163.02539804588-0.1548821943421.09054976096-1.202762520790.01202060310520.2987746580650.2289463685990.12339372916-1.10081798698-0.04026401506260.4577773215070.0230908563153-0.1162507519320.857644932597-0.1901141233771.01638754952-49.7172632958-22.308883252577.315759858
84.78696991632-0.02167693993920.5174062158847.799079258583.381961296778.408688894690.133930894655-0.3629935072930.735844327833-0.211548272274-0.4751070877370.725553221244-0.517045326174-0.7115937372960.2604534772370.45921154527-0.0201779376949-0.004909881853720.491124837874-0.01279048552910.608805302168-39.9464732946-4.3674012475953.3987385298
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 48 through 93 )AA48 - 931 - 46
22chain 'A' and (resid 94 through 205 )AA94 - 20547 - 153
33chain 'A' and (resid 206 through 226 )AA206 - 226154 - 174
44chain 'A' and (resid 227 through 241 )AA227 - 241175 - 189
55chain 'A' and (resid 242 through 322 )AA242 - 322190 - 270
66chain 'B' and (resid 55 through 219 )BB55 - 2191 - 146
77chain 'B' and (resid 220 through 241 )BB220 - 241147 - 168
88chain 'B' and (resid 242 through 322 )BB242 - 322169 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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