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- PDB-7qu3: X-ray structure of FAD domain of NqrF of Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qu3
タイトルX-ray structure of FAD domain of NqrF of Pseudomonas aeruginosa
要素Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
キーワードFLAVOPROTEIN / NADH oxidizing
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 4-(benzimidazol-1-ylmethyl)benzenecarbonitrile / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
Model detailsin complex with 3-[(furan-2-yl)methyl]-1-(2-methylphenyl)thiourea
データ登録者Stegmann, D. / Steuber, J. / Fritz, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Fast fragment- and compound-screening pipeline at the Swiss Light Source.
著者: Kaminski, J.W. / Vera, L. / Stegmann, D.P. / Vering, J. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Huang, C.Y. / Meier, N. / Steuber, J. / Wang, M. / Fritz, G. / Wojdyla, J.A. / Sharpe, M.E.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4098
ポリマ－32,0531
非ポリマー1,3567
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.543, 57.669, 101.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-NQR subunit F / Na(+)-translocating NQR subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F


分子量: 32053.072 Da / 分子数: 1 / 断片: FAD binding domain / 変異: residues 130-407 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues Gly and Pro originate from N-terminal purification tag (His-tag) after Prescission protease cleavage.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: nqrF, PA14_25350 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q02PF8, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)

-
非ポリマー , 5種, 238分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-RYM / 4-(benzimidazol-1-ylmethyl)benzenecarbonitrile / 4-(1H-ベンゾイミダゾ-ル-1-イルメチル)ベンゾニトリル


分子量: 233.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11N3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES, PEG 4000, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.52 Å / Num. obs: 38938 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.147 % / Biso Wilson estimate: 24.84 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.883 / Net I/σ(I): 20.13 / Num. measured all: 511924 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.812.4381.0232.5814077811586113180.861.06797.7
1.8-1.913.3620.4266.354411407740720.9680.44399.9
1.9-214.1660.26310.5646664329432940.9860.273100
2-313.6590.09824.0819211214081140650.9990.10299.9
3-412.1890.0452.2942539351034900.9990.04299.4
4-613.5370.03264.83251121855185510.033100
6-1012.7220.03163.33824464864810.032100
10-44.5210.5310.02960.720641981960.9990.03199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UAJ

4uaj


解像度: 1.6→44.52 Å / SU ML: 0.2206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1962 1947 5 %
Rwork0.1711 36989 -
obs0.1724 38936 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 88 231 2573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01492458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31063352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0867330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0118436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8881336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.36921260.32522404X-RAY DIFFRACTION92.54
1.64-1.680.31111380.29362616X-RAY DIFFRACTION99.42
1.68-1.730.29151380.2352616X-RAY DIFFRACTION99.53
1.73-1.790.2551370.1982598X-RAY DIFFRACTION99.27
1.79-1.850.19861380.1842630X-RAY DIFFRACTION99.57
1.85-1.930.21881380.18152624X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.010.21581400.18372651X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.120.19161390.16082644X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.250.21391400.1622657X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.430.21911380.1722640X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.670.24211410.18662670X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.060.18891420.17922684X-RAY DIFFRACTION99.33
3.06-3.850.18741410.15632704X-RAY DIFFRACTION99.44
3.85-44.520.15281510.14992851X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18848033029-0.247993316997-0.2659875337230.8813176316850.0115500881591.050344771470.06891802630290.001082486194930.318306174317-0.08913512238710.0912084649207-0.0504795416293-0.2289696700780.02070128767070.00019044940190.202200093724-0.01907833949170.02688601702570.216905899907-0.01635641548080.24553272030816.3505718208-5.89945844281-13.3144395468
20.9132876977810.27183733693-0.04438372206630.2001131618820.3969472379431.246804034470.0842556985972-0.08485669288270.1720874927890.005543752448910.0426418802756-0.0279430525036-0.2147295206830.193227793020.0001182921611280.182558945192-0.01793201997060.02107928602590.2016563700370.009255165460990.23082444915718.1709345671-9.34433540423-11.1211665925
30.8294725292620.285565704909-0.8200908236490.582681571344-0.03023188480750.919821572968-0.0549357309839-0.048725414776-0.2323700186230.07176343358750.02745427395220.09917534119660.0991789988548-0.1504188539696.88221818646E-50.19837748644-0.0189354244057-0.007832686414170.237760769135-0.01983803587050.2245300521916.10247408417-18.7422748322-4.67397842301
40.1727435823830.072541662761-0.0916335691540.3993146307110.2005933681340.666722336676-0.104085983803-0.04096486754540.1230522804490.3555133416820.0463957109708-0.0498697678884-0.6933044768610.367162215331-0.003666143536050.341525846323-0.0460524088567-0.01871005641140.197643655365-0.002297066495470.2751974348218.8648901954-6.63825997828-20.6774454386
50.1792969260310.02591352822020.04636255876050.3190798695720.5459518885280.9218022205160.09335561412770.0582577269919-0.09475576978930.0312249424677-0.02836241275780.2876092830330.0719403448220.120550362755-0.0002579504252760.169683306463-0.00526779194081-0.004417234583720.1913232575890.01125889658180.25695814900311.3045477644-19.3885172599-11.3937479589
60.6583810290190.5130591892410.2551987206340.4904075549140.6065333810691.35860102804-0.09755664799560.1041178771910.0963159530328-0.1876377980980.0808027492565-0.0110347609437-0.2817025942090.140437715819-0.0001645675611210.250042689202-0.004802123484180.0104300809450.1809232767220.01759685885720.21232994893614.1190508316-9.08647954474-26.3899091423
71.173615504141.018734440180.7921212186541.193403055010.3336279095860.970943596580.0952521150401-0.2062504498260.04433439580650.138433458513-0.3075002640470.230098126381-0.435136463778-0.424563572365-0.2764903906750.3163983372420.149976915084-0.01437650359690.2323066398120.0006944109688050.2155747598550.713483099151-5.87419013323-25.4075609095
80.821055346798-0.148502186780.5503986816010.7657070979430.2803074914620.545337449607-0.1879279311530.187986133597-0.0938248002966-0.1469914069730.01453908481470.271632241132-0.0899210582521-0.501164172143-0.01501059062580.2863016259140.0352178076989-0.023729999740.2670752267270.01116757578920.269803304619-4.99966535661-12.7818827873-28.9085050025
91.114885041750.185774504398-0.6412380228740.9008091769340.01156784067881.32257205839-0.07249185448370.243948318755-0.430666414094-0.188460325237-0.0030766613756-0.1666625366040.3638181921210.173855964862-1.9085689261E-50.349544202070.02058547971470.02513338873570.238586207415-0.04667992025920.2625830572747.92936364799-21.6138159012-37.2029716059
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 128 through 153 )128 - 1531 - 26
22chain 'A' and (resid 154 through 185 )154 - 18527 - 58
33chain 'A' and (resid 186 through 207 )186 - 20759 - 80
44chain 'A' and (resid 208 through 222 )208 - 22281 - 95
55chain 'A' and (resid 223 through 242 )223 - 24296 - 115
66chain 'A' and (resid 243 through 310 )243 - 310116 - 183
77chain 'A' and (resid 311 through 328 )311 - 328184 - 201
88chain 'A' and (resid 329 through 353 )329 - 353202 - 226
99chain 'A' and (resid 354 through 406 )354 - 406227 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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