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- PDB-7qu1: Machupo virus GP1 glycoprotein in complex with Fab fragment of an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qu1
タイトルMachupo virus GP1 glycoprotein in complex with Fab fragment of antibody MAC1
要素
  • Fab MAC1 heavy chain
  • Fab MAC1 light chain
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードIMMUNE SYSTEM / Arenavirus / Glycoprotein / Monoclonal Antibody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Machupo mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Ng, W.M. / Sahin, M. / Krumm, S.A. / Seow, J. / Zeltina, A. / Harlos, K. / Paesen, G. / Pinschewer, D.D. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 8件
組織認可番号国
Wellcome Trust203797/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N002091/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K024426/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Swiss National Science Foundation310030_173132/1 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V031635/1 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Contrasting Modes of New World Arenavirus Neutralization by Immunization-Elicited Monoclonal Antibodies.
著者: Ng, W.M. / Sahin, M. / Krumm, S.A. / Seow, J. / Zeltina, A. / Harlos, K. / Paesen, G.C. / Pinschewer, D.D. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab MAC1 heavy chain
B: Fab MAC1 light chain
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,52017
ポリマ－70,3763
非ポリマー3,14414
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.692, 100.731, 164.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 21050.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Machupo mammarenavirus (ウイルス)
遺伝子: GPC, AVI34_00004 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PXP4

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Fab MAC1 heavy chain


分子量: 25234.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab MAC1 light chain


分子量: 24090.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 368分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.4 M sodium malonate (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50.37 Å / Num. obs: 59374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 35.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.515 / Num. unique obs: 2930 / CC1/2: 0.571 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NUZ

5nuz


解像度: 1.91→50.37 Å / SU ML: 0.2714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 3021 5.09 %
Rwork0.1944 56293 -
obs0.1962 59314 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→50.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4568 0 207 358 5133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00654892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81766623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.60311817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.940.41171490.37092478X-RAY DIFFRACTION99.17
1.94-1.970.41151230.32752546X-RAY DIFFRACTION99.85
1.97-2.010.31851230.29912540X-RAY DIFFRACTION99.74
2.01-2.040.30441510.27792491X-RAY DIFFRACTION99.92
2.04-2.080.30691300.2612555X-RAY DIFFRACTION99.85
2.08-2.120.27551390.24552531X-RAY DIFFRACTION99.89
2.12-2.170.27991360.24582543X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.220.29951380.23592534X-RAY DIFFRACTION99.89
2.22-2.280.26331340.22512548X-RAY DIFFRACTION99.85
2.28-2.340.2711200.22972550X-RAY DIFFRACTION99.85
2.34-2.410.25141370.24212539X-RAY DIFFRACTION99.74
2.41-2.480.29331470.23882547X-RAY DIFFRACTION99.89
2.48-2.570.31491430.23562521X-RAY DIFFRACTION99.92
2.57-2.680.2311360.22362574X-RAY DIFFRACTION99.93
2.68-2.80.25951580.20462533X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.950.23851170.20512579X-RAY DIFFRACTION99.96
2.95-3.130.25111460.20522563X-RAY DIFFRACTION99.93
3.13-3.370.19921320.18692586X-RAY DIFFRACTION99.96
3.37-3.710.20111270.16092589X-RAY DIFFRACTION99.96
3.71-4.250.20451430.15372598X-RAY DIFFRACTION100
4.25-5.350.14091480.13612617X-RAY DIFFRACTION100
5.35-50.370.22731440.18762731X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.2064952757 Å / Origin y: 49.6124351035 Å / Origin z: 57.4155423281 Å
111213212223313233
T0.318428398446 Å20.0274572635407 Å20.0376011303572 Å2-0.340306285957 Å2-0.0597945733625 Å2--0.215590385908 Å2
L0.738039007951 °20.456011024711 °20.411080985817 °2-0.721736894649 °20.467093966656 °2--0.844622893276 °2
S-0.00824984649735 Å °0.00786913983631 Å °0.0901137855677 Å °0.0712797067523 Å °-0.100722542283 Å °0.148266510677 Å °0.0301127160217 Å °-0.100026839468 Å °0.11690382038 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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