[日本語] English
万見
- PDB-7qri: Regulatory domain dimer of tryptophan hydroxylase 2 in complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qri
タイトルRegulatory domain dimer of tryptophan hydroxylase 2 in complex with L-Phe
要素Tryptophan 5-hydroxylase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tryptophan hydroxylase 2 / serotonin biosynthesis / aromatic amino acid hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / neuron projection / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase ...Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / Tryptophan 5-hydroxylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Vedel, I.M. / Prestel, A. / Harris, P. / Peters, G.H.J. / Kragelund, B.B.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation#NNF18OC0032996 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of human tryptophan hydroxylase 2 reveals that L-Phe is superior to L-Trp as the regulatory domain ligand.
著者: Ida M Vedel / Andreas Prestel / Zhenwei Zhang / Natalia T Skawinska / Holger Stark / Pernille Harris / Birthe B Kragelund / Günther H J Peters /
要旨: Tryptophan hydroxylase 2 (TPH2) catalyzes the rate-limiting step in serotonin biosynthesis in the brain. Consequently, regulation of TPH2 is relevant for serotonin-related diseases, yet the ...Tryptophan hydroxylase 2 (TPH2) catalyzes the rate-limiting step in serotonin biosynthesis in the brain. Consequently, regulation of TPH2 is relevant for serotonin-related diseases, yet the regulatory mechanism of TPH2 is poorly understood and structural and dynamical insights are missing. We use NMR spectroscopy to determine the structure of a 47 N-terminally truncated variant of the regulatory domain (RD) dimer of human TPH2 in complex with L-Phe, and show that L-Phe is the superior RD ligand compared with the natural substrate, L-Trp. Using cryo-EM, we obtain a low-resolution structure of a similarly truncated variant of the complete tetrameric enzyme with dimerized RDs. The cryo-EM two-dimensional (2D) class averages additionally indicate that the RDs are dynamic in the tetramer and likely exist in a monomer-dimer equilibrium. Our results provide structural information on the RD as an isolated domain and in the TPH2 tetramer, which will facilitate future elucidation of TPH2's regulatory mechanism.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 5-hydroxylase 2
B: Tryptophan 5-hydroxylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8984
ポリマ－22,5682
非ポリマー3302
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Tryptophan 5-hydroxylase 2 / Neuronal tryptophan hydroxylase / Tryptophan 5-monooxygenase 2


分子量: 11283.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPH2, NTPH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IWU9, tryptophan 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
171isotropic22D 1H-15N HSQC
111isotropic23D HN(CA)CB
121isotropic23D HN(COCA)CB
131isotropic23D HNCO
141isotropic23D HN(CA)CO
151isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1121isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D HNCA
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic 13C/15N filtered
1111isotropic13D 1H-15N NOESY 13C/15N filtered
1191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1181isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic amino acid specific
1162isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1172isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Tryptophan hydroxylase 2 (GP+ 48 to 145), 10 mM L-Phe, 20 mM sodium phosphate, 100 mM ammonium sulfate, 125 uM DSS, 95% H2O/5% D2OProtein95% H2O/5% D2O
solution20.45 mM Tryptophan hydroxylase 2 (GP+ 48 to 145), 2.6 mM [U-13C; U-15N] L-Phe, 20 mM sodium phosphate, 100 mM ammonium sulfate, 125 uM DSS, 95% H2O/5% D2OL-Phe95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMTryptophan hydroxylase 2 (GP+ 48 to 145)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mML-Phenone1
20 mMsodium phosphatenone1
100 mMammonium sulfatenone1
125 uMDSSnone1
0.45 mMTryptophan hydroxylase 2 (GP+ 48 to 145)none2
2.6 mML-Phe[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenone2
100 mMammonium sulfatenone2
125 uMDSSnone2
試料状態イオン強度: 0.344 M / Label: Standard / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.44Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANA3.98.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
qMDDKazimierczuk, Orekhov解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る