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万見
- PDB-7qre: Structure of the hetero-tetramer complex between precursor membra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qre
タイトルStructure of the hetero-tetramer complex between precursor membrane protein fragment (pr) and envelope protein (E) from tick-borne encephalitis virus
要素
  • Envelope protein E
  • Genome polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / class II fusion envelope protein / precursor membrane protein / chaperone / flavivirus maturation / trans-golgi acid pH
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. ...Immunoglobulin-like - #350 / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Vaney, M.C. / Dellarole, M. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Pasteur Institute フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-13-ISV8-0002-01 フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Evolution and activation mechanism of the flavivirus class II membrane-fusion machinery.
著者: Vaney, M.C. / Dellarole, M. / Duquerroy, S. / Medits, I. / Tsouchnikas, G. / Rouvinski, A. / England, P. / Stiasny, K. / Heinz, F.X. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 A resolution.
著者: Rey, F.A. / Heinz, F.X. / Mandl, C. / Kunz, C. / Harrison, S.C.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Genome polyprotein
A: Envelope protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,23012
ポリマ－61,3432
非ポリマー88710
水39622
1
D: Genome polyprotein
A: Envelope protein E
ヘテロ分子

D: Genome polyprotein
A: Envelope protein E
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The hetero-tetramer structure (pr/E)2 is a crystallographic hetero-dimer related by a two-fold axis. This assemby is the one that it is presented at the surface of the immature flavivirus virion at acidic pH.
  • 124 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,46024
ポリマ－122,6874
非ポリマー1,77320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_444-x-1/4,-z-1/4,-y-1/41
Buried area12540 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area42600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.320, 164.320, 164.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 13703.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: For purification, at the C-terminal of pr (chain D), an enterokinase site with a dstrep-tag sequence is added: GPFEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK.
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (WESTERN SUBTYPE) (ウイルス)
株: Neudoerfl / プラスミド: PT389 / Cell (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P14336
#2: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 47639.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: For purification, at the C-terminal of E (chain A), an enterokinase site with a dstrep-tag sequence is added: GPFEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (WESTERN SUBTYPE) (ウイルス)
株: Neudoerfl / プラスミド: PT389 / Cell (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P14336
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M (NH4)SO4, 0.1M Na acetate pH 4.6, 28% (v/v) PEG MME 550, 2.8% (v/v) tert-Butanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07197 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.56 Å / Num. obs: 21401 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.9 % / Biso Wilson estimate: 101.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.83304.82515170.3320.894.908100
12.17-49.5623.40.0593030.9980.0130.0698.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSFeb 5 2021データ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVB, 3C5X

1svb

3c5x


解像度: 2.7→49.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.403 / SU Rfree Blow DPI: 0.28 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1071 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.191 21399 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 178.58 Å2 / Biso mean: 85.14 Å2 / Biso min: 33.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3658 0 48 22 3728
Biso mean--134.39 63.69 -
残基数----480
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1285SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes552HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3795HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion495SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3902SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3795HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5160HARMONIC21.26
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.3
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3128 139 5.03 %
Rwork0.2507 2622 -
all0.2538 2761 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.13061.505-1.85564.5677-1.07523.73740.03770.1281-0.29710.4933-0.22180.43530.5442-0.32360.18410.2316-0.1520.1213-0.2134-0.0438-0.1457-29.0711-24.9148-59.5819
25.8221.9465-0.08233.50780.42522.26240.1956-0.41380.45580.5442-0.11630.11550.02750.1307-0.07930.0005-0.10070.0268-0.08650.0014-0.1576-31.923642.3835-21.6047
35.0831-2.9104-2.38313.00932.08771.56510.17720.54420.4218-0.0763-0.0594-0.39030.0096-0.2446-0.1178-0.1545-0.0044-0.0016-0.15940.0499-0.1118-32.217818.1674-39.6972
40-0.2419-0.17493.99282.32241.945-0.0155-0.0561-0.12280.0688-0.33360.39690.198-0.54420.349-0.049-0.08970.03510.1385-0.152-0.0525-34.4819-6.5751-60.3076
56.04962.370.09974.38780.58474.86880.3326-0.47510.16410.5442-0.121-0.40010.4025-0.1666-0.2116-0.0349-0.027-0.0871-0.1648-0.0804-0.062-12.424352.9467-12.6033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{D|1:80}D1 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2{A|1:48}A1 - 48
5X-RAY DIFFRACTION3{A|49:61}A49 - 61
9X-RAY DIFFRACTION4{A|62:124}A62 - 124
11X-RAY DIFFRACTION5{A|302:400}A302 - 400
3X-RAY DIFFRACTION2{A|137:192}A137 - 192
4X-RAY DIFFRACTION2{A|285:301}A285 - 301
6X-RAY DIFFRACTION3{A|125:136}A125 - 136
7X-RAY DIFFRACTION3{A|193:225}A193 - 225
8X-RAY DIFFRACTION3{A|260:284}A260 - 284
10X-RAY DIFFRACTION4{A|226:259}A226 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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