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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqr | ||||||
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タイトル | SpCas9 bound to AAVS1 off-target5 DNA substrate | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / crispr / cas9 / off-target / ternary complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Pacesa, M. / Jinek, M. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis for Cas9 off-target activity. 著者: Pacesa, M. / Lin, C.H. / Clery, A. / Saha, A. / Arantes, P.R. / Bargsten, K. / Irby, M.J. / Allain, F.H. / Palermo, G. / Cameron, P. / Donohoue, P.D. / Jinek, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qqr.cif.gz | 837.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qqr.ent.gz | 569.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qqr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qqr_validation.pdf.gz | 484 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qqr_full_validation.pdf.gz | 498.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qqr_validation.xml.gz | 51.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qqr_validation.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qqoC 7qqpC 7qqqC 7qqsC 7qqtC 7qquC 7qqvC 7qqwC 7qqxC 7qqzC 7qr0C 7qr1C 7qr5C 7qr7C 7qr8C 7zo1C 5fq5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-AAVS1 off-target5 ... , 2種, 2分子 CD
#3: DNA鎖 | 分子量: 8487.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 3709.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 27266.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 158588.781 Da / 分子数: 1 / Mutation: D10A, H840A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-非ポリマー , 4種, 238分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→46.26 Å / Num. obs: 53929 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 69.74 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 2.15 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5348 / CC1/2: 0.343 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5FQ5 解像度: 2.75→47.7 Å / SU ML: 0.4178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8708 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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