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万見
- PDB-7qqd: Nuclear factor one X - NFIX in P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qqd
タイトルNuclear factor one X - NFIX in P21
要素
  • (NFI binding site ...) x 2
  • Nuclear factor 1 X-type
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription Factor / NFI / NFIX / NF-1
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA replication / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA replication / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
CTF transcription factor/nuclear factor 1 / CTF transcription factor/nuclear factor 1, N-terminal / CTF transcription factor/nuclear factor 1, conserved site / CTF/NF-I family transcription modulation region / Nuclear factor I protein pre-N-terminus / CTF/NF-I DNA-binding domain signature. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear factor 1 X-type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nuclear factor one X - NFIX in P41212
著者: Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor 1 X-type
B: Nuclear factor 1 X-type
D: NFI binding site (forward)
F: NFI binding site (reverse)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8359
ポリマ－48,3354
非ポリマー5005
水1,13563
1
A: Nuclear factor 1 X-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7083
ポリマ－19,5771
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear factor 1 X-type
D: NFI binding site (forward)
F: NFI binding site (reverse)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1276
ポリマ－28,7583
非ポリマー3693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.171, 98.358, 61.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.702, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nuclear factor 1 X-type / NF1-X / Nuclear factor 1/X / CCAAT-box-binding transcription factor / CTF / Nuclear factor I/X / NF- ...NF1-X / Nuclear factor 1/X / CCAAT-box-binding transcription factor / CTF / Nuclear factor I/X / NF-I/X / NFI-X / TGGCA-binding protein


分子量: 19577.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GSHM belongs to the expression tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFIX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14938

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NFI binding site ... , 2種, 2分子 DF

#2: DNA鎖 NFI binding site (forward)


分子量: 4635.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 NFI binding site (reverse)


分子量: 4545.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 68分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M NaSCN, 0.1 M HEPES pH 7.0, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.2705 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2705 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.18 Å / Num. obs: 14029 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 66.78 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1374 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.559

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.18 Å / SU ML: 0.3036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 768 5.48 %
Rwork0.195 13258 -
obs0.1979 14026 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2674 615 19 63 3371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00923437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23074747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0773512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.69871401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.910.32241360.26362639X-RAY DIFFRACTION98.72
2.91-3.20.351370.2492648X-RAY DIFFRACTION98.9
3.2-3.660.29021560.21172658X-RAY DIFFRACTION99.05
3.66-4.620.19371640.1752635X-RAY DIFFRACTION99.22
4.62-49.180.23071750.17872678X-RAY DIFFRACTION98.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.993277198531.504932565-0.583009706154.86268789608-0.3726991082070.5158950485860.01961124653070.208903129584-0.666879265035-0.387217570547-0.0721907132781-0.1484067882970.06456974540290.1688513903032.49029361284E-70.683670784149-0.00445664262738-0.03524276110790.569498817877-0.1118029288120.6872466641020.1033441071720.917949908588-40.1901047102
26.21354031169-1.20356056911-0.1178438892074.692364644770.2531210703894.97196123073-0.05287955163220.0949529909158-0.180335030326-0.1738847482170.07391845357490.4155466901010.0809175056316-0.3713234510152.24663934447E-80.5002448448580.008204237856290.0003285943535540.4818058795510.02712218574460.549444120263-5.6857272234612.325531056-35.5176330457
32.724599260672.077790268060.5068537977312.01430023516-0.9702000780833.57085144988-0.144304443211-0.618052187784-1.040764072960.3587201066070.277701439272-0.442038944370.241916753439-0.160280755285-0.003288792458410.6186618358110.0551685890787-0.02457486524440.4574594516320.08964387587870.80716514761813.87439784334.78287863935-17.4005905211
44.70841261890.258952775563-0.8880765183671.963381439820.3000447767954.28289181972-0.166183551357-0.416358147147-0.5784828269210.6356718932870.2648192273940.09870261989030.432298579176-0.0567300001425-0.000153716945210.6080299983910.00140815602697-0.01628147987240.557349341459-0.002735112474930.67973492388512.78367754189.8683262318-18.1782355576
51.12587293541-0.202710497183-0.8806573480741.36336190106-0.003795015522771.42221811512-0.341487433154-1.18386176363-0.8503234665290.4049560040560.555935676121-0.892974992617-0.1046887409220.62357869590.002555745313340.6588610131960.0155012404861-0.06816664659430.705498811197-0.06189950786820.73899494716822.988388561213.0157005263-19.8072254475
62.430339659410.5923375732110.2030657491840.693551606103-0.6761210003883.98742850625-0.3127109682770.3293686782970.102974586078-0.5559061236230.432586421262-0.7877517891150.07204379166830.3847473651837.31655170313E-100.5536220046360.01526549281420.0481782950580.543281433458-0.08388413525540.64230670326818.078003025613.3983262334-32.3945735881
70.6723768830220.1061365122120.8075768077090.03797126255390.07722698229990.5107201035040.4898197848821.11593828441-0.241881088034-1.38488910762-1.25323096577-0.6384117470290.9839167387610.50312883563-0.0002289825535592.69507628086-0.189208357499-0.3989252117921.680261695210.04195869095272.3185683624224.92652575926.883832191311.25135654832
80.17538735880.1776276570270.1038826506740.1246796317220.02223033443340.6464857778581.00043026397-1.004617215060.1889735939111.52869069634-0.5216166769150.548119127430.332020720907-1.028670740181.00829721401E-62.594301018940.272236191804-0.4689956791321.661752608880.08793091607012.24491631523.39366960781.157651583812.72738280813
90.0871211206224-0.1121970718790.09186128796610.372046845872-0.1137582628860.09799058866780.0400808702706-0.517086052597-0.001019656162570.2432794184950.8355209778680.0499373769446-0.5011807296970.1514271043570.007252705014883.953923567420.224948934111-0.7644745352891.96014262034-0.7932522395682.1076150849721.101835220526.49483171564.69486906859
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 96 )AA13 - 961 - 84
22chain 'A' and (resid 97 through 174 )AA97 - 17485 - 162
33chain 'B' and (resid 13 through 43 )BB13 - 431 - 31
44chain 'B' and (resid 44 through 105 )BB44 - 10532 - 93
55chain 'B' and (resid 106 through 137 )BB106 - 13794 - 125
66chain 'B' and (resid 138 through 174 )BB138 - 174126 - 162
77chain 'D' and (resid 2 through 16 )DI2 - 16
88chain 'F' and (resid -16 through -5 )FJ-16 - -5
99chain 'F' and (resid -4 through -2 )FJ-4 - -2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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