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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqd | ||||||
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タイトル | Nuclear factor one X - NFIX in P21 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Transcription Factor (転写因子) / NFI / NFIX / NF-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA複製 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II ...RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA複製 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nuclear factor one X - NFIX in P41212 著者: Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qqd.cif.gz | 205 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qqd.ent.gz | 146.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qqd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qqeC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19577.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GSHM belongs to the expression tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFIX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14938 |
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-NFI binding site ... , 2種, 2分子 DF
#2: DNA鎖 | 分子量: 4635.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 4545.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 68分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-EPE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M NaSCN, 0.1 M HEPES pH 7.0, 22% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.2705 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2705 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→49.18 Å / Num. obs: 14029 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 66.78 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1374 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.559 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.18 Å / SU ML: 0.3036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9284 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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