+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qqd | ||||||
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Title | Nuclear factor one X - NFIX in P21 | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Transcription Factor / NFI / NFIX / NF-1 | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA replication / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA replication / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Nuclear factor one X - NFIX in P41212 Authors: Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qqd.cif.gz | 210.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qqd.ent.gz | 146.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qqd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qqd_validation.pdf.gz | 454.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qqd_full_validation.pdf.gz | 458.6 KB | Display | |
Data in XML | 7qqd_validation.xml.gz | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7qqd_validation.cif.gz | 21.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7qqeC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 19577.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GSHM belongs to the expression tag / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NFIX / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q14938 |
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-NFI binding site ... , 2 types, 2 molecules DF
#2: DNA chain | Mass: 4635.011 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 4545.949 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 68 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-EPE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch / pH: 7 / Details: 0.2 M NaSCN, 0.1 M HEPES pH 7.0, 22% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ELETTRA / Beamline: 11.2C / Wavelength: 1.2705 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 11, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2705 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→49.18 Å / Num. obs: 14029 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 66.78 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 13.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1374 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.559 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→49.18 Å / SU ML: 0.3036 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.9284 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 96.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→49.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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