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- PDB-9qky: The structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qky
タイトルThe structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bound to NFI consensus DNA sequence
要素
  • (DNA (31-MER)) x 2
  • Nuclear factor 1 X-type
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / DNA-binding domain / MH1-like domain / CCCH motif / Zinc ion binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


regeneration / glial cell fate specification / skeletal muscle satellite cell differentiation / epithelium development / osteoclast proliferation / atrioventricular canal morphogenesis / neuroblast migration / glial cell development / cerebellar granule cell differentiation / lateral ventricle development ...regeneration / glial cell fate specification / skeletal muscle satellite cell differentiation / epithelium development / osteoclast proliferation / atrioventricular canal morphogenesis / neuroblast migration / glial cell development / cerebellar granule cell differentiation / lateral ventricle development / cell proliferation in forebrain / neuron fate specification / neuroblast differentiation / collateral sprouting / ear development / cerebellar cortex morphogenesis / olfactory bulb development / endochondral ossification / cerebellar Purkinje cell layer development / tissue homeostasis / cellular response to BMP stimulus / forebrain radial glial cell differentiation / skeletal muscle tissue regeneration / exit from mitosis / camera-type eye development / astrocyte differentiation / brain morphogenesis / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / generation of neurons / stem cell population maintenance / spinal cord development / bone mineralization / forebrain development / oligodendrocyte differentiation / macrophage differentiation / social behavior / neuroblast proliferation / phagocytosis / glial cell proliferation / skeletal muscle tissue development / cell maturation / Rho protein signal transduction / neurogenesis / homeostasis of number of cells within a tissue / osteoclast differentiation / cerebellum development / skeletal system development / learning / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / cerebral cortex development / brain development / response to wounding / memory / multicellular organism growth / cell morphogenesis / neuron differentiation / retina development in camera-type eye / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / DNA replication / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
CTF transcription factor/nuclear factor 1 / CTF transcription factor/nuclear factor 1, N-terminal / CTF transcription factor/nuclear factor 1, conserved site / CTF/NF-I family transcription modulation region / Nuclear factor I protein pre-N-terminus / CTF/NF-I DNA-binding domain signature. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear factor 1 X-type
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Tiberi, M. / Nardini, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Bonnet, D.M.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determinants of dimerization, activation and sequence-specific DNA binding by the transcription factor NFI-X: a prototype for the NFI family
著者: Tiberi, M. / Nardini, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Bonnet, D.M.V.
履歴
登録2025年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor 1 X-type
B: Nuclear factor 1 X-type
C: DNA (31-MER)
D: DNA (31-MER)
E: Nuclear factor 1 X-type
F: Nuclear factor 1 X-type
G: DNA (31-MER)
H: DNA (31-MER)
I: Nuclear factor 1 X-type
J: Nuclear factor 1 X-type
K: DNA (31-MER)
L: DNA (31-MER)
M: Nuclear factor 1 X-type
N: Nuclear factor 1 X-type
O: DNA (31-MER)
P: DNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,43224
ポリマ－246,90816
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Nuclear factor 1 X-type / NF1-X / Nuclear factor 1/X / CCAAT-box-binding transcription factor / CTF / Nuclear factor I/X / NF- ...NF1-X / Nuclear factor 1/X / CCAAT-box-binding transcription factor / CTF / Nuclear factor I/X / NF-I/X / NFI-X / TGGCA-binding protein


分子量: 21329.928 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The first histidine belongs to the tag / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nfix / Variant: isoform 2 / プラスミド: His-SUMO-pET21b / 詳細 (発現宿主): modified pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle(DE3) / 参照: UniProt: P70257
#2: DNA鎖
DNA (31-MER)


分子量: 9547.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: DNA鎖
DNA (31-MER)


分子量: 9520.106 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transcription factor NFI-X/DNA superhelical complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.0625 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: SHuffle
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris-HCl1
31 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1225

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 142.672 ° / 軸方向距離/サブユニット: 44.618 Å / らせん対称軸の対称性: D1
粒子像の選択選択した粒子像数: 201833
3次元再構成解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 164794 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7QQD

7qqd


PDB chain-ID: A / Accession code: 7QQD / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.86 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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